seq1 = pF1KE5238.tfa, 777 bp
seq2 = pF1KE5238/gi568815596f_98509760.tfa (gi568815596f:98509760_98718301), 208542 bp

>pF1KE5238 777
>gi568815596f:98509760_98718301 (Chr2)

1-280  (100001-100280)   100% ->
281-401  (101016-101136)   100% ->
402-541  (106448-106587)   100% ->
542-643  (106673-106774)   100% ->
644-777  (108409-108542)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTACCGAGTACTTCAGTGAATTCCTTAGTGCAGGGGAACGGAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTACCGAGTACTTCAGTGAATTCCTTAGTGCAGGGGAACGGAGTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAATTCCAGGGATGCGGCAAGACACACAGCCGGAGCGAAACGCTACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAATTCCAGGGATGCGGCAAGACACACAGCCGGAGCGAAACGCTACAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCTGAGAAGGCTTTTCCGCTTTCGGCAAATGGACTTTGAATTTGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCTGAGAAGGCTTTTCCGCTTTCGGCAAATGGACTTTGAATTTGCTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGCAGATGCTCTACCTGTTCACATCCCCACAGAGAGTTTACAGAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGCAGATGCTCTACCTGTTCACATCCCCACAGAGAGTTTACAGAAATTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCATTATCGAAAACAGACGAAGGACCAGTGGGCCAGAGATGACCCTGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCATTATCGAAAACAGACGAAGGACCAGTGGGCCAGAGATGACCCTGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCTTGGTCCTGTTAAGTATCTGGCTCTGTG         TGTCCACTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100251 TCTTGGTCCTGTTAAGTATCTGGCTCTGTGGTA...CAGTGTCCACTATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGATTTGGCTTTGTGCTGGACATGGGATTCTTTGAGACAATAAAGCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101027 GGATTTGGCTTTGTGCTGGACATGGGATTCTTTGAGACAATAAAGCTTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTTTGGGTTGTACTCATAGATTGTGTAGGCGTTGGTCTTCTGATAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101077 CCTTTGGGTTGTACTCATAGATTGTGTAGGCGTTGGTCTTCTGATAGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CTTTAATGTG         GTTCATCTCTAACAAGTATTTAGTGAAACGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 101127 CTTTAATGTGGTA...TAGGTTCATCTCTAACAAGTATTTAGTGAAACGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGAGCAGAGACTATGATGTGGAATGGGGCTATGCTTTTGATGTGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106479 CAGAGCAGAGACTATGATGTGGAATGGGGCTATGCTTTTGATGTGCATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CAATGCTTTTTATCCACTCCTGGTCATTTTGCATTTTATCCAGCTTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106529 CAATGCTTTTTATCCACTCCTGGTCATTTTGCATTTTATCCAGCTTTTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCATCAACC         ATGTTATCCTGACAGACACATTTATTGGATAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106579 TCATCAACCGTA...CAGATGTTATCCTGACAGACACATTTATTGGATAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTAGTTGGAAATACCTTATGGTTGGTTGCAGTTGGCTATTATATCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106705 TTAGTTGGAAATACCTTATGGTTGGTTGCAGTTGGCTATTATATCTATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AACTTTCCTGGGATACAGTG         CATTGCCATTTTTGAAAAATA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106755 AACTTTCCTGGGATACAGTGGTA...CAGCATTGCCATTTTTGAAAAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CAGTAATTCTTCTGTATCCATTTGCACCTCTGATTCTGCTCTACGGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108430 CAGTAATTCTTCTGTATCCATTTGCACCTCTGATTCTGCTCTACGGGCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TCCCTGGCACTGGGATGGAACTTCACCCATACTCTCTGTTCTTTCTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108480 TCCCTGGCACTGGGATGGAACTTCACCCATACTCTCTGTTCTTTCTATAA

    800     .    :
    765 GTACAGAGTGAAA
        |||||||||||||
 108530 GTACAGAGTGAAA