seq1 = pF1KE5235.tfa, 588 bp
seq2 = pF1KE5235/gi568815593f_177955604.tfa (gi568815593f:177955604_178156191), 200588 bp

>pF1KE5235 588
>gi568815593f:177955604_178156191 (Chr5)

1-588  (100001-100588)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTATGCTCAGGCTTCAGAAGAGGCTCGCCTCTAGTGTCCTCCGCTG
        ||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCATGCTCGGGCCTCAGAAGAGGCTCGCCTCTAGTGTCCTCCGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGCAAGAAGAAGGTCTGGTTAGACCCCAATGAGACCAATGAAATCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100051 TGGCAAGAAGAAGGTCTGGTTAGACCCCAGTGAGACCAATGAAATCGCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGCCAACTCCCGTCAGCAGATCCGGAAGCTCATCAAAGATGGGCTGATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100101 ATGCCAACTCCCGTCAGCAGATCCGGAAGCTCATCAAAGACGGGCTGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCGCAAGCCTGTGACGGTCCATTCCCGGGCTCGATGCCGGAAAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCGCAAGCCTGTGACGGTCCATTCCCGGGCTCGATGCCGGAAAAACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CTTGGCCCGCCGGAAGGGCAGGCACATGGGCATAGGTAAGCGGAAGGGTA
        ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||
 100201 CTTGGCCCGCCGGAAGGGCAGGCACGTGGCCATAGGTGAGCAGAAGGGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CAGCCAATGCCCGAATGCCAGAGAAGGTCACATGGATGAGGAGAATGAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 100251 CAGCCAATGCCCGAATGCCAGAGAAGGTCACATGGATGAGGAGAATGACG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATTTTGCGCCGGCTGCTCAGAAGATACCGTGAATCTAAGAAGATCGATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATTTTGCGCCGGCTGCTCAGAAGATACCGTGAATCTAAGAAGATCGATCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCACATGTATCACAGCCTGTACCTGAAGGTGAAGGGGAATGTGTTCAAAA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100351 CCACACGTATCACAGCCTGTACCTGAAGGTGAAGGGGAATGTGTTCAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACAAGCGGATTCTCATGGAACACATCCACAAGCTGAAGGCAGACAAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACAAGCGGATTCTCATGGAACACATCCACAAGCTGAAGGCAGACAAGGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CGCAAGAAGCTCCTGGCTGACCAGGCTGAGGCCCGCAGGTCTAAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CGCAAGAAGCTCCTGGCTGACCAGGCTGAGGCCCGCAGGTCTAAGACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAAGCACGCAAGCGCCGTGAAGAGCGCCTCCAGGCCAAGAAGGAGGAGA
        ||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100501 GGAAGCAGGCAAGTGCCCTGAAGAGCGCCTCCAGGCCAAGAAGGAGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .
    551 TCATCAAGACTTTATCCAAGGAGGAAGAGACCAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCATCAAGACTTTATCCAAGGAGGAAGAGACCAAGAAA