seq1 = pF1KE5232.tfa, 753 bp
seq2 = pF1KE5232/gi568815592f_22469576.tfa (gi568815592f:22469576_22670328), 200753 bp

>pF1KE5232 753
>gi568815592f:22469576_22670328 (Chr6)

1-753  (100001-100753)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGCCTACGGCATGCCCATGTACAAGAGCGGGGACCTGGTGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGCCTACGGCATGCCCATGTACAAGAGCGGGGACCTGGTGTTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGTTAAAGGGCTATGCCCACTGGCCGGCGAGGATAGAGCACATGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGTTAAAGGGCTATGCCCACTGGCCGGCGAGGATAGAGCACATGACCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCCAACCGCTACCAGGTGTTTTTCTTCGGGACCCACGAGACGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCCAACCGCTACCAGGTGTTTTTCTTCGGGACCCACGAGACGGCCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGAGTCCCAAACGCCTGTTCCCGTACAAGGAGTGCAAGGAGAAGTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGAGTCCCAAACGCCTGTTCCCGTACAAGGAGTGCAAGGAGAAGTTCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGCCCAACAAGAGGCGCGGCTTCAGCGCGGGGCTGTGGGAAATCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGCCCAACAAGAGGCGCGGCTTCAGCGCGGGGCTGTGGGAAATCGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACAACCCCACGGTCCAGGCCTCCGACTGCCCATTAGCCTCAGAGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACAACCCCACGGTCCAGGCCTCCGACTGCCCATTAGCCTCAGAGAAGGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCGGAGACGGGCCTTGGCCGGAGCCCGAGGCCGCAGAGGGCGACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCGGAGACGGGCCTTGGCCGGAGCCCGAGGCCGCAGAGGGCGACGAGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAAGCCGACCCACGCTGGTGGCGGCGGCGACGAATTGGGGAAGCCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAAGCCGACCCACGCTGGTGGCGGCGGCGACGAATTGGGGAAGCCGGACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 ACGACAAGCCCACTGAGGAGGAGAAGGGGCCGCTGAAGAGGAGCGCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 ACGACAAGCCCACTGAGGAGGAGAAGGGGCCGCTGAAGAGGAGCGCGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GACCCGCCGGAGGACGCCCCCAAACGACCCAAGGAGGCAGCCCCCGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GACCCGCCGGAGGACGCCCCCAAACGACCCAAGGAGGCAGCCCCCGACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGAGGAGGAGGCGGAGGCGGAGAGGGCGGCGGAAGCGGAGAGGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGAGGAGGAGGCGGAGGCGGAGAGGGCGGCGGAAGCGGAGAGGGCGGCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGGCGGCGGCGGCGACGGCCGTCGACGAGGAGAGTCCGTTCCTCGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CGGCGGCGGCGGCGACGGCCGTCGACGAGGAGAGTCCGTTCCTCGTGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTGGAGAACGGCAGCGCCCCTAGCGAGCCGGGCCTGGTCTGCGAGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTGGAGAACGGCAGCGCCCCTAGCGAGCCGGGCCTGGTCTGCGAGCCGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TCAGCCAGAGGAGGAGGAGCTCCGGGAGGAAGAAGTCGCGGACGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCAGCCAGAGGAGGAGGAGCTCCGGGAGGAAGAAGTCGCGGACGAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCTCCCAGGAGTGGCATGCCGAGGCACCGGGCGGCGGAGATCGCGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCTCCCAGGAGTGGCATGCCGAGGCACCGGGCGGCGGAGATCGCGACAGC

    750 
    751 CTG
        |||
 100751 CTG