seq1 = pF1KE5231.tfa, 675 bp
seq2 = pF1KE5231/gi568815574f_530898.tfa (gi568815574f:530898_741085), 210188 bp

>pF1KE5231 675
>gi568815574f:530898_741085 (ChrY)

1-277  (100001-100277)   100% ->
278-486  (103721-103929)   100% ->
487-544  (109924-109981)   100% ->
545-633  (110102-110190)   100% ->
634-675  (127888-127929)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGAGCTCACGGCTTTTGTATCCAAGTCTTTTGACCAGAAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGAGCTCACGGCTTTTGTATCCAAGTCTTTTGACCAGAAAAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGACGGTAACGGCGGAGGCGGAGGCGGCGGAGGTAAGAAGGATTCCATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGACGGTAACGGCGGAGGCGGAGGCGGCGGAGGTAAGAAGGATTCCATTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGTACCGGGAAGTTTTGGAGAGCGGACTGGCGCGCTCCCGGGAGCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGTACCGGGAAGTTTTGGAGAGCGGACTGGCGCGCTCCCGGGAGCTGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGTCGGATTCCAGCCTCCAGGACATCACGGAGGGCGGCGGCCACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGTCGGATTCCAGCCTCCAGGACATCACGGAGGGCGGCGGCCACTGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGCATTTGTTCAAGGACCACGTAGACAATGACAAGGAGAAACTGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGCATTTGTTCAAGGACCACGTAGACAATGACAAGGAGAAACTGAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AATTCGGCACCGCGAGAGTGGCAGAAG         GGATTTATGAATGC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100251 AATTCGGCACCGCGAGAGTGGCAGAAGGTA...CAGGGATTTATGAATGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAAGAGAAGCGCGAGGACGTGAAGTCGGAGGACGAGGACGGGCAGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103735 AAAGAGAAGCGCGAGGACGTGAAGTCGGAGGACGAGGACGGGCAGACCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCTGAAACAGAGGCGCAGCCGCACCAACTTCACGCTGGAGCAGCTGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103785 GCTGAAACAGAGGCGCAGCCGCACCAACTTCACGCTGGAGCAGCTGAACG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCTCGAGCGACTCTTCGACGAGACCCATTACCCCGACGCCTTCATGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103835 AGCTCGAGCGACTCTTCGACGAGACCCATTACCCCGACGCCTTCATGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGGAGCTCAGCCAGCGCCTGGGGCTCTCCGAGGCGCGCGTGCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103885 GAGGAGCTCAGCCAGCGCCTGGGGCTCTCCGAGGCGCGCGTGCAGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    487     GTTTGGTTCCAGAACCGGAGAGCCAAGTGCCGCAAACAAGAGAATC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103935 .AAGGTTTGGTTCCAGAACCGGAGAGCCAAGTGCCGCAAACAAGAGAATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGATGCATAAAG         GCGTCATCTTGGGCACAGCCAACCACCTA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 109970 AGATGCATAAAGGTG...CAGGCGTCATCTTGGGCACAGCCAACCACCTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GACGCCTGCCGAGTGGCACCCTACGTCAACATGGGAGCCTTACGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110131 GACGCCTGCCGAGTGGCACCCTACGTCAACATGGGAGCCTTACGGATGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TTTCCAACAG         ATGGAGTTTTGCTCTTGTCGCCCGGGCTGGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 110181 TTTCCAACAGGTA...TAGATGGAGTTTTGCTCTTGTCGCCCGGGCTGGA

    700     .    :
    665 GTATAATGGCA
        |||||||||||
 127919 GTATAATGGCA