seq1 = pF1KE5228.tfa, 708 bp
seq2 = pF1KE5228/gi568815587f_2277550.tfa (gi568815587f:2277550_2496863), 219314 bp

>pF1KE5228 708
>gi568815587f:2277550_2496863 (Chr11)

1-66  (100001-100066)   100% ->
67-181  (112863-112977)   100% ->
182-279  (116546-116643)   100% ->
280-354  (117423-117497)   100% ->
355-459  (117867-117971)   100% ->
460-561  (118320-118421)   100% ->
562-648  (119079-119165)   100% ->
649-708  (119255-119314)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGAGTGGAGGGCTGCACCAAGTGCATCAAGTACCTGCTCTTCGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGAGTGGAGGGCTGCACCAAGTGCATCAAGTACCTGCTCTTCGTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAATTTCGTCTTCTGG         CTGGCTGGAGGCGTGATCCTGGGTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100051 CAATTTCGTCTTCTGGGTA...CAGCTGGCTGGAGGCGTGATCCTGGGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCCCTGTGGCTCCGCCATGACCCGCAGACCACCAACCTCCTGTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112888 TGGCCCTGTGGCTCCGCCATGACCCGCAGACCACCAACCTCCTGTATCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTGGGAGACAAGCCCGCGCCCAACACCTTCTATGTAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 112938 GAGCTGGGAGACAAGCCCGCGCCCAACACCTTCTATGTAGGTG...AAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATCTACATCCTCATCGCTGTGGGCGCTGTCATGATGTTCGTTGGCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116547 CATCTACATCCTCATCGCTGTGGGCGCTGTCATGATGTTCGTTGGCTTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGGCTGCTACGGGGCCATCCAGGAATCCCAGTGCCTGCTGGGGACG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116597 TGGGCTGCTACGGGGCCATCCAGGAATCCCAGTGCCTGCTGGGGACGGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    280       TTCTTCACCTGCCTGGTCATCCTGTTTGCCTGTGAGGTGGCCGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116647 ...CAGTTCTTCACCTGCCTGGTCATCCTGTTTGCCTGTGAGGTGGCCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGGCATCTGGGGCTTTGTCAACAAGGACCAG         ATCGCCAAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 117467 CGGCATCTGGGGCTTTGTCAACAAGGACCAGGTG...CAGATCGCCAAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ATGTGAAGCAGTTCTATGACCAGGCCCTACAGCAGGCCGTGGTGGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117877 ATGTGAAGCAGTTCTATGACCAGGCCCTACAGCAGGCCGTGGTGGATGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GACGCCAACAACGCCAAGGCTGTGGTGAAGACCTTCCACGAGACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 117927 GACGCCAACAACGCCAAGGCTGTGGTGAAGACCTTCCACGAGACGGTG..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    460     CTTGACTGCTGTGGCTCCAGCACACTGACTGCTTTGACCACCTCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117977 .CAGCTTGACTGCTGTGGCTCCAGCACACTGACTGCTTTGACCACCTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGCTCAAGAACAATTTGTGTCCCTCGGGCAGCAACATCATCAGCAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118366 TGCTCAAGAACAATTTGTGTCCCTCGGGCAGCAACATCATCAGCAACCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTCAAG         GAGGACTGCCACCAGAAGATCGATGACCTCTTCTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118416 TTCAAGGTG...CAGGAGGACTGCCACCAGAAGATCGATGACCTCTTCTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CGGGAAGCTGTACCTCATCGGCATTGCTGCCATCGTGGTCGCTGTGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119114 CGGGAAGCTGTACCTCATCGGCATTGCTGCCATCGTGGTCGCTGTGATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TG         ATCTTCGAGATGATCCTGAGCATGGTGCTGTGCTGTGGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119164 TGGTG...CAGATCTTCGAGATGATCCTGAGCATGGTGCTGTGCTGTGGC

    750     .    :    .    :
    688 ATCCGGAACAGCTCCGTGTAC
        |||||||||||||||||||||
 119294 ATCCGGAACAGCTCCGTGTAC