seq1 = pF1KE5224.tfa, 582 bp
seq2 = pF1KE5224/gi568815597r_1442069.tfa (gi568815597r:1442069_1674557), 232489 bp

>pF1KE5224 582
>gi568815597r:1442069_1674557 (Chr1)

(complement)

1-80  (100001-100080)   100% ->
81-224  (109642-109785)   100% ->
225-364  (129556-129695)   100% ->
365-483  (130571-130689)   99% ->
484-582  (132391-132489)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCGTCGTCCCCGCTGCGGGTGGCGGTGGTGTGCTCGAGCAACCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCGTCGTCCCCGCTGCGGGTGGCGGTGGTGTGCTCGAGCAACCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGGAGCATGGAGGCGCACAACATCCTCAG         CAAACGGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100051 CCGGAGCATGGAGGCGCACAACATCCTCAGGTA...CAGCAAACGGGGAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGCGTCCGATCCTTTGGAACAGGGACTCACGTGAAGCTTCCAGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109653 TCAGCGTCCGATCCTTTGGAACAGGGACTCACGTGAAGCTTCCAGGACCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTCCCGACAAGCCCAATGTTTATGATTTCAAAACCACATATGACCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109703 GCTCCCGACAAGCCCAATGTTTATGATTTCAAAACCACATATGACCAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTACAATGATCTTCTTAGGAAAGACAAAGAACT         CTATACAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 109753 GTACAATGATCTTCTTAGGAAAGACAAAGAACTGTA...TAGCTATACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGAATGGGATTTTACATATGCTGGACAGAAATAAGAGAATCAAGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129564 AGAATGGGATTTTACATATGCTGGACAGAAATAAGAGAATCAAGCCCCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAGAAAGATTCCAGAACTGCAAAGACCTGTTTGATCTGATCCTCACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129614 CCAGAAAGATTCCAGAACTGCAAAGACCTGTTTGATCTGATCCTCACTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CGAAGAGAGAGTGTATGACCAGGTGGTGGAAG         ATCTGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 129664 CGAAGAGAGAGTGTATGACCAGGTGGTGGAAGGTG...CAGATCTGAATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAGAGAACAGGAGACCTGCCAGCCCGTGCACGTGGTCAATGTGGACATC
        ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 130580 CCAGAGAACAGGAGACCTGCCAGCCTGTGCACGTGGTCAATGTGGACATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAGGACAACCACGAGGAGGCCACCCTGGGGGCGTTTCTCATCTGTGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130630 CAGGACAACCACGAGGAGGCCACCCTGGGGGCGTTTCTCATCTGTGAGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CTGCCAGTGT         ATCCAGCACACGGAAGACATGGAGAACGAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 130680 CTGCCAGTGTGTA...CAGATCCAGCACACGGAAGACATGGAGAACGAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCGACGAGCTGCTGCAGGAGTTCGAGGAGAAGAGTGGCCGCACCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132422 TCGACGAGCTGCTGCAGGAGTTCGAGGAGAAGAGTGGCCGCACCTTTCTG

    600     .    :    .
    565 CACACCGTCTGCTTCTAC
        ||||||||||||||||||
 132472 CACACCGTCTGCTTCTAC