seq1 = pF1KE5221.tfa, 777 bp
seq2 = pF1KE5221/gi568815593f_6533577.tfa (gi568815593f:6533577_6768265), 234689 bp

>pF1KE5221 777
>gi568815593f:6533577_6768265 (Chr5)

1-293  (100001-100293)   99% ->
294-460  (118266-118432)   100% ->
461-562  (122502-122603)   100% ->
563-713  (129240-129390)   100% ->
714-777  (134626-134689)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACGGCGACGGGGGTGGCGGAGGAGCGCCTGCTGGCCGCGCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACGGCGACGGGGGTGGCGGAGGAGCGCCTGCTGGCCGCGCTCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACCTGCAGTGCGCCGTGGGCTGCGCGGTCTTCGCGCGGAATCGTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 100051 CTACCTGCAGTGCGCCGTGGGCTGCGCGGTCTTCGCGCGCAATCGTCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAACTCAGTGTACGGCCGCCACGCGCTGCCCAGCCACAGGCTCCGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGAACTCAGTGTACGGCCGCCACGCGCTGCCCAGCCACAGGCTCCGAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGCGCGGGCCGCCTGGGTGGTGCAGGAGCTGCCCTCGCTGGCCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCGGCGCGGGCCGCCTGGGTGGTGCAGGAGCTGCCCTCGCTGGCCCTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTCTACCAGTACGCCAGCGAGTCCGCCCCGCGTCTCCGCAGCGCGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTCTACCAGTACGCCAGCGAGTCCGCCCCGCGTCTCCGCAGCGCGCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACTGCATCCTCCTGGCCATGTTCCTCGTCCACTACGGGCATCG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100251 ACTGCATCCTCCTGGCCATGTTCCTCGTCCACTACGGGCATCGGTA...A

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    294   GTGCTTAATTTACCCATTTCTGATGCGAGGAGGAAAGCCTATGCCACT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118264 AGGTGCTTAATTTACCCATTTCTGATGCGAGGAGGAAAGCCTATGCCACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTTGGCGTGTACAATGGCGATTATGTTCTGTACCTGTAACGGCTATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118314 GTTGGCGTGTACAATGGCGATTATGTTCTGTACCTGTAACGGCTATTTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AAAGCAGATACTTGAGCCATTGTGCAGTGTATGCTGATGACTGGGTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118364 AAAGCAGATACTTGAGCCATTGTGCAGTGTATGCTGATGACTGGGTAACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GATCCCCGTTTTCTAATAG         GTTTTGGCTTGTGGTTAACGGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 118414 GATCCCCGTTTTCTAATAGGTG...TAGGTTTTGGCTTGTGGTTAACGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATGTTGATAAACATCCATTCAGATCATATCCTAAGGAATCTCAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122524 CATGTTGATAAACATCCATTCAGATCATATCCTAAGGAATCTCAGAAAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CAGGAGATACTGGATACAAAATACCAAGGG         GAGGCTTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122574 CAGGAGATACTGGATACAAAATACCAAGGGGTA...TAGGAGGCTTATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAATACGTAACTGCAGCCAACTATTTTGGAGAAATCATGGAGTGGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129251 GAATACGTAACTGCAGCCAACTATTTTGGAGAAATCATGGAGTGGTGTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTATGCCCTGGCCAGCTGGTCTGTCCAAGGCGCGGCTTTTGCTTTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129301 CTATGCCCTGGCCAGCTGGTCTGTCCAAGGCGCGGCTTTTGCTTTCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CGTTTTGTTTTTTATCTGGTAGAGCAAAAGAGCATCATGA         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 129351 CGTTTTGTTTTTTATCTGGTAGAGCAAAAGAGCATCATGAGTA...TAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGGTACCTCCGGAAATTTGAAGAGTATCCAAAGTTCAGAAAAATTATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134627 TGGTACCTCCGGAAATTTGAAGAGTATCCAAAGTTCAGAAAAATTATAAT

    800     .    :
    765 TCCATTTTTGTTT
        |||||||||||||
 134677 TCCATTTTTGTTT