seq1 = pF1KE5216.tfa, 597 bp
seq2 = pF1KE5216/gi568815587f_65470603.tfa (gi568815587f:65470603_65671731), 201129 bp

>pF1KE5216 597
>gi568815587f:65470603_65671731 (Chr11)

1-19  (99890-99908)   100% ->
20-171  (100002-100153)   100% ->
172-256  (100284-100368)   100% ->
257-597  (100789-101129)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCTGAACGGAGCTG         AAGTCGACGACTTCTCCTGGGA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  99890 ATGGCCCTGAACGGAGCTGGTG...CAGAAGTCGACGACTTCTCCTGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCCCCCGACTGAGGCGGAGACGAAGGTGCTGCAGGCGCGACGGGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 GCCCCCGACTGAGGCGGAGACGAAGGTGCTGCAGGCGCGACGGGAGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGATCGCATCTCCCGGCTCATGGGCGACTATCTGCTGCGCGGTTACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 AAGATCGCATCTCCCGGCTCATGGGCGACTATCTGCTGCGCGGTTACCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGCTGGGCGAGACGTGTGCGGACTGCGGG         ACGATCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100124 ATGCTGGGCGAGACGTGTGCGGACTGCGGGGTG...TAGACGATCCTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAAGACAAACAGCGGAAAATCTACTGCGTGGCTTGTCAGGAACTCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100295 CCAAGACAAACAGCGGAAAATCTACTGCGTGGCTTGTCAGGAACTCGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGACGTGGATAAAGATAATCCCG         CTCTGAATGCCCAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100345 CAGACGTGGATAAAGATAATCCCGGTA...TAGCTCTGAATGCCCAGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCCCTCTCCCAAGCTCGGGAGCACCAGCTGGCCTCAGCCTCAGAGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100806 GCCCTCTCCCAAGCTCGGGAGCACCAGCTGGCCTCAGCCTCAGAGCTCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGGGCTCTCGACCTGCGCCCCAGCCCCCAGTACCTCGTCCGGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100856 CCTGGGCTCTCGACCTGCGCCCCAGCCCCCAGTACCTCGTCCGGAGCACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GTGAGGGAGCTGCAGCAGGACTCAAGGCAGCCCAGGGGCCACCTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100906 GTGAGGGAGCTGCAGCAGGACTCAAGGCAGCCCAGGGGCCACCTGCTCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGTGCCTCCAAATACAGATGTCATGGCCTGCACACAGACAGCCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100956 GCTGTGCCTCCAAATACAGATGTCATGGCCTGCACACAGACAGCCCTCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCAGAAGCTGACCTGGGCCTCTGCTGAACTGGGCTCTAGCACCTCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101006 GCAGAAGCTGACCTGGGCCTCTGCTGAACTGGGCTCTAGCACCTCCCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGACTAGCATCCAGCTGTGTGGCCTTATCCGCGCATGTGCGGAGGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 AGACTAGCATCCAGCTGTGTGGCCTTATCCGCGCATGTGCGGAGGCCCTG

    600     .    :    .    :
    574 CGCAGCCTGCAGCAGCTACAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||
 101106 CGCAGCCTGCAGCAGCTACAGCAC