seq1 = pF1KE5215.tfa, 723 bp
seq2 = pF1KE5215/gi568815597f_24414373.tfa (gi568815597f:24414373_24635274), 220902 bp

>pF1KE5215 723
>gi568815597f:24414373_24635274 (Chr1)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-369  (116846-117019)   100% ->
370-541  (118711-118882)   98% ->
542-723  (120721-120902)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAGGGACACTATGAAATCTTGGAATGATAGCCAGTCAGATCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGAGGGACACTATGAAATCTTGGAATGATAGCCAGTCAGATCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAGCACTGACCAAGAAGAGGAAGAAGAGATGATTTTTGGTGAAAATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGCACTGACCAAGAAGAGGAAGAAGAGATGATTTTTGGTGAAAATGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGATTTGGATGAGATGATGGATTTAAGTGATCTGCCTACCTCACTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGATTTGGATGAGATGATGGATTTAAGTGATCTGCCTACCTCACTTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTTGCAGCGTCCATGAAGCAGTGTTTGAGGCACGAGAGCAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 GCTTGCAGCGTCCATGAAGCAGTGTTTGAGGCACGAGAGCAGAAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     GAAAGATTTGAAGCACTCTTCACCATCTATGATGACCAGGTTACTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .TAGGAAAGATTTGAAGCACTCTTCACCATCTATGATGACCAGGTTACTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCAGCTGTTTAAAAGCTTTAGAAGAGTCAGAATAAATTTCAGCAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116892 TTCAGCTGTTTAAAAGCTTTAGAAGAGTCAGAATAAATTTCAGCAAACCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAAGCGGCAGCAAGAGCGCGAATAGAACTCCACGAAACAGACTTCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116942 GAAGCGGCAGCAAGAGCGCGAATAGAACTCCACGAAACAGACTTCAATGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCAGAAGCTAAAGCTATATTTTGCACAG         GTGCAGATGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116992 GCAGAAGCTAAAGCTATATTTTGCACAGGTA...CAGGTGCAGATGTCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCGAAGTGCGGGACAAGTCCTATCTCCTGCCACCCCAGCCTGTCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 118724 GCGAAGTGCGGGACAAGTCCTATCTCCTGCCGCCCCAGCCTGTCAAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCCTCATCTCCCCTCCAGCCTCTCCCCCAGTGGGGTGGAAGCAGAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 118774 TTCCTCATCTCCCCTCCAGCCTCTCCCCCGGTGGGGTGGAAGCAGAGCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGATGCGATGCCTGTTATAAATTATGATTTACTCTGTGCTGTTTCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118824 AGATGCGATGCCTGTTATAAATTATGATTTACTCTGTGCTGTTTCCAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGGGACCAG         GAGAGAAATATGAACTTCACGCGGGAACAGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 118874 TGGGACCAGGTA...CAGGAGAGAAATATGAACTTCACGCGGGAACAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCGACACCCAGCGTGGTGGTTCATGTCTGTGAAAGTGAAACTGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120753 TCGACACCCAGCGTGGTGGTTCATGTCTGTGAAAGTGAAACTGAAGAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AGAAGAGACAAAAAACCCCAAACAGAAAATTGCCCAGACAAGGCGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 120803 AGAAGAGACAAAAAACCCCAAACAGAAAATTGCCCAGACGAGGCGCCCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 ACCCTCCGACCGCAGCGTTGAATGAGCCCCAGACCTTTGATTGCGCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120853 ACCCTCCGACCGCAGCGTTGAATGAGCCCCAGACCTTTGATTGCGCGCTG