seq1 = pF1KE5210.tfa, 540 bp
seq2 = pF1KE5210/gi568815582f_69239830.tfa (gi568815582f:69239830_69441649), 201820 bp

>pF1KE5210 540
>gi568815582f:69239830_69441649 (Chr16)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-143  (100177-100263)   100% ->
144-282  (100365-100503)   100% ->
283-423  (101351-101491)   100% ->
424-540  (101704-101820)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCCTTTGACTGAAGAGGAGACCCGTGTCATGTTTGAGAAGATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCCTTTGACTGAAGAGGAGACCCGTGTCATGTTTGAGAAGATAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAATA         CATTGGGGAGAATCTTCAACTGCTGGTGGACCGGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAATAGTA...CAGCATTGGGGAGAATCTTCAACTGCTGGTGGACCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGATGGCACCTACTGTTTCCGTCTGCACAACGACCGGGTGTACTATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100212 CCGATGGCACCTACTGTTTCCGTCTGCACAACGACCGGGTGTACTATGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AG         TGAGAAGATTATGAAGCTGGCCGCCAATATTTCCGGGGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100262 AGGTG...TAGTGAGAAGATTATGAAGCTGGCCGCCAATATTTCCGGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAAGCTGGTGTCGCTGGGGACCTGCTTTGGAAAATTCACTAAAACCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100404 CAAGCTGGTGTCGCTGGGGACCTGCTTTGGAAAATTCACTAAAACCCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTTTCGGTTGCACGTCACAGCTCTGGATTACCTTGCACCTTATGCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100454 AGTTTCGGTTGCACGTCACAGCTCTGGATTACCTTGCACCTTATGCCAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283          TATAAAGTTTGGATAAAGCCTGGTGCAGAGCAGTCCTTCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100504 GTT...TAGTATAAAGTTTGGATAAAGCCTGGTGCAGAGCAGTCCTTCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTATGGGAACCATGTGTTGAAATCTGGTCTGGGTCGAATCACTGAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101392 GTATGGGAACCATGTGTTGAAATCTGGTCTGGGTCGAATCACTGAAAATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTTCTCAGTACCAGGGCGTGGTGGTGTACTCCATGGCAGACATCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101442 CTTCTCAGTACCAGGGCGTGGTGGTGTACTCCATGGCAGACATCCCTTTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424          GGTTTTGGGGTGGCAGCCAAATCTACACAAGACTGCAGAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101492 GTG...CAGGGTTTTGGGGTGGCAGCCAAATCTACACAAGACTGCAGAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGTAGACCCCATGGCGATTGTGGTATTTCATCAAGCAGACATTGGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101745 AGTAGACCCCATGGCGATTGTGGTATTTCATCAAGCAGACATTGGGGAAT

    550     .    :    .    :    .
    515 ATGTGCGGCATGAAGAGACGTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||
 101795 ATGTGCGGCATGAAGAGACGTTGACT