seq1 = pF1KE5208.tfa, 732 bp
seq2 = pF1KE5208/gi568815579f_36015561.tfa (gi568815579f:36015561_36225779), 210219 bp

>pF1KE5208 732
>gi568815579f:36015561_36225779 (Chr19)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-258  (100481-100624)   100% ->
259-355  (105150-105246)   100% ->
356-547  (105967-106158)   100% ->
548-620  (109891-109963)   100% ->
621-732  (110108-110219)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGTGACGGGGGTGTCGGCACCCACGGTGACCGTTTTCATCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGTGACGGGGGTGTCGGCACCCACGGTGACCGTTTTCATCAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCCCTCAACACCTTCCGCTCCGAGAAGCGATACAGCCGCAGCCTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCCCTCAACACCTTCCGCTCCGAGAAGCGATACAGCCGCAGCCTCACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCGCTGAGTTCAAG         TGTAAACTGGAGTTGCTGGTGGGCAGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCGCTGAGTTCAAGGTG...CAGTGTAAACTGGAGTTGCTGGTGGGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGCTTCCTGCATGGAACTGGAGCTGTATGGAGTTGACGACAAGTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100508 CCTGCTTCCTGCATGGAACTGGAGCTGTATGGAGTTGACGACAAGTTCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCAAGCTGGATCAAGAGGATGCGCTCCTGGGCTCCTACCCTGTAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100558 CAGCAAGCTGGATCAAGAGGATGCGCTCCTGGGCTCCTACCCTGTAGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACGGCTGCCGCATCCAC         GTCATTGACCACAGTGGCGCCCGC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100608 ACGGCTGCCGCATCCACGTG...CAGGTCATTGACCACAGTGGCGCCCGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTGGTGAGTATGAGGACGTGTCCCGGGTGGAGAAGTACACGATCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105174 CTTGGTGAGTATGAGGACGTGTCCCGGGTGGAGAAGTACACGATCTCACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGAAGCCTACGACCAGAGGCAAG         ACACGGTCCGCTCTTTCC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 105224 AGAAGCCTACGACCAGAGGCAAGGTA...CAGACACGGTCCGCTCTTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGAAGCGCAGCAAGCTCGGCCGGTACAACGAGGAGGAGCGGGCTCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105985 TGAAGCGCAGCAAGCTCGGCCGGTACAACGAGGAGGAGCGGGCTCAGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGGCCGAGGCCGCCCAGCGCCTGGCCGAGGAGAAGGCCCAGGCCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106035 GAGGCCGAGGCCGCCCAGCGCCTGGCCGAGGAGAAGGCCCAGGCCAGCTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATCCCCGTGGGCAGCCGCTGTGAGGTGCGGGCGGCGGGACAATCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106085 CATCCCCGTGGGCAGCCGCTGTGAGGTGCGGGCGGCGGGACAATCCCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCCGGGGCACCGTCATGTATGTAG         GTCTCACAGATTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 106135 GCCGGGGCACCGTCATGTATGTAGGTG...CAGGTCTCACAGATTTCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTGGCTACTGGATTGGTGTCCGCTATGATGAGCCACTGGGGAAAAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109908 CCTGGCTACTGGATTGGTGTCCGCTATGATGAGCCACTGGGGAAAAATGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGCAG         TGTGAATGGGAAACGCTACTTCGAATGCCAGGCCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109958 TGGCAGGTA...CAGTGTGAATGGGAAACGCTACTTCGAATGCCAGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTATGGCGCCTTTGTCAAGCCAGCAGTCGTGACGGTGGGGGACTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110143 AGTATGGCGCCTTTGTCAAGCCAGCAGTCGTGACGGTGGGGGACTTCCCG

    750     .    :    .    :    .
    706 GAGGAGGACTACGGGTTGGACGAGATA
        |||||||||||||||||||||||||||
 110193 GAGGAGGACTACGGGTTGGACGAGATA