seq1 = pF1KE5204.tfa, 624 bp
seq2 = pF1KE5204/gi568815582f_67074170.tfa (gi568815582f:67074170_67274944), 200775 bp

>pF1KE5204 624
>gi568815582f:67074170_67274944 (Chr16)

1-295  (100001-100295)   100% ->
296-624  (100452-100777)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAACGCGCAGGAGCGGCCGTCAGAGACTATCGACCGCGAGCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAACGCGCAGGAGCGGCCGTCAGAGACTATCGACCGCGAGCGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACGCCTGGTCGAGACGCTGCAGGCGGACTCGGGACTGCTGTTGGACGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACGCCTGGTCGAGACGCTGCAGGCGGACTCGGGACTGCTGTTGGACGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTGGCGCGGGGCGTGCTCACCGGGCCAGAGTACGAGGCATTGGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTGGCGCGGGGCGTGCTCACCGGGCCAGAGTACGAGGCATTGGATGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGCCTGATGCCGAGCGCAGGGTGCGCCGCCTACTGCTGCTGGTGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGCCTGATGCCGAGCGCAGGGTGCGCCGCCTACTGCTGCTGGTGCAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAAGGGCGAGGCCGCCTGCCAGGAGCTGCTACGCTGTGCCCAGCGTACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAAGGGCGAGGCCGCCTGCCAGGAGCTGCTACGCTGTGCCCAGCGTACCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGGCGCGCCGGACCCCGCTTGGGACTGGCAGCACGTGGGTCCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100251 CGGGCGCGCCGGACCCCGCTTGGGACTGGCAGCACGTGGGTCCGGGTG..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    296     GCTACCGGGACCGCAGCTATGACCCTCCATGCCCAGGCCACTGGAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 .CAGGCTACCGGGACCGCAGCTATGACCCTCCATGCCCAGGCCACTGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCGGAGGCACCCGGCTCGGGGACCACATGCCCCGGGTTGCCCAGAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100498 GCCGGAGGCACCCGGCTCGGGGACCACATGCCCCGGGTTGCCCAGAGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGACCCTGACGAGGCCGGGGGCCCTGAGGGCTCCGAGGCGGTGCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100548 CAGACCCTGACGAGGCCGGGGGCCCTGAGGGCTCCGAGGCGGTGCAATCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GGGACCCCGGAGGAGCCAGAGCCAGAGCTGGAAGCTGAGGCCTCTAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100598 GGGACCCCGGAGGAGCCAGAGCCAGAGCTGGAAGCTGAGGCCTCTAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCTGAACCGGAGCCGGAGCCAGAGCCAGAGCTGGAACCCGAGGCTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100648 GGCTGAACCGGAGCCGGAGCCAGAGCCAGAGCTGGAACCCGAGGCTGAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CAGAACCAGAGCCGGAACTGGAGCCAGAACCGGACCCAGAGCCCGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100698 CAGAACCAGAGCCGGAACTGGAGCCAGAACCGGACCCAGAGCCCGAGCCC

    600     .    :    .    :    .    :
    592 GACTTCGAGGAAAGGGACGAGTCCGAAGATTCC
        |||||||||||||||||||||||||||| |---
 100748 GACTTCGAGGAAAGGGACGAGTCCGAAGGT