seq1 = pF1KE5203.tfa, 660 bp
seq2 = pF1KE5203/gi568815579f_29508657.tfa (gi568815579f:29508657_29715377), 206721 bp

>pF1KE5203 660
>gi568815579f:29508657_29715377 (Chr19)

5-60  (99999-100053)   98% ->
61-284  (101753-101976)   100% ->
285-362  (103206-103283)   100% ->
363-424  (103461-103522)   100% ->
425-526  (105215-105316)   100% ->
527-660  (106588-106721)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      5 AGAGTGTGATCTACCATGCATTGTCTCAGAAAGAGGCGAATGACTCCGAT
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AG GTGTGATCTACCATGCATTGTCTCAGAAAGAGGCGAATGACTCCGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     55 GTCCAG         CCTTCAGGAGCACAGCGGGCCGAGGCCTTCGTGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 GTCCAGGTC...CAGCCTTCAGGAGCACAGCGGGCCGAGGCCTTCGTGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     96 GGCCTTCCTGAAGCGCAGCACGCCCCGCATGAGCCCGCAGGCCCGCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101788 GGCCTTCCTGAAGCGCAGCACGCCCCGCATGAGCCCGCAGGCCCGCGAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146 ACCAGCTGCAGCGCAAGGCGGTGGTCCTGGAGTACTTCACCCGCCACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101838 ACCAGCTGCAGCGCAAGGCGGTGGTCCTGGAGTACTTCACCCGCCACAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196 CGCAAGGAGAAGAAGAAGAAAGCCAAAGGCCTCTCTGCCAGGCAAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101888 CGCAAGGAGAAGAAGAAGAAAGCCAAAGGCCTCTCTGCCAGGCAAAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    246 GGAGCTGCGGCTCTTTGACATTAAACCAGAGCAGCAGAG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 101938 GGAGCTGCGGCTCTTTGACATTAAACCAGAGCAGCAGAGGTA...CAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287 ACAGCCTTTTCCTCCCTCTCCATGAACTCTGGAAACAGTACATCAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103208 ACAGCCTTTTCCTCCCTCTCCATGAACTCTGGAAACAGTACATCAGGGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    337 CTGTGCAGTGGGCTCAAGCCAGACAC         GCAGCCACAGATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 103258 CTGTGCAGTGGGCTCAAGCCAGACACGTA...CAGGCAGCCACAGATGAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    378 TCAGGCCAAGCTCTTAAAGGCAGATCTTCACGGGGCTATTATTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103476 TCAGGCCAAGCTCTTAAAGGCAGATCTTCACGGGGCTATTATTTCAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    425       TGACAAAATCCAAATGCCCCTCTTATGTGGGTATTACAGGAATC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103526 ...CAGTGACAAAATCCAAATGCCCCTCTTATGTGGGTATTACAGGAATC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469 CTTCTACAGGAAACAAAGCACATTTTCAAAATTATCACCAAAGAAGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105259 CTTCTACAGGAAACAAAGCACATTTTCAAAATTATCACCAAAGAAGACCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    519 CCTGAAAG         TTATCCCCAAGCTAAACTGCGTGTTCACTGTGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105309 CCTGAAAGGTA...CAGTTATCCCCAAGCTAAACTGCGTGTTCACTGTGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    560 AAACCGATGGCTTTATTTCCTACATTTACGGGAGCAAATTCCAGCTTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106621 AAACCGATGGCTTTATTTCCTACATTTACGGGAGCAAATTCCAGCTTCGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610 TCAAGTGAACGGTCTGCGAAGAAGTTCAAAGCGAAGGGAACAATTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 106671 TCAAGTGAACGGTCTGCGAAGAAGTTCAAAGCGAAGGGAACGATTGACCT

    700 
    660 G
        |
 106721 G