seq1 = pF1KE5201.tfa, 654 bp
seq2 = pF1KE5201/gi568815575f_134373358.tfa (gi568815575f:134373358_134600074), 226717 bp

>pF1KE5201 654
>gi568815575f:134373358_134600074 (ChrX)

1-27  (86955-86981)   100% ->
28-134  (100002-100108)   100% ->
135-318  (101824-102007)   100% ->
319-384  (113108-113173)   100% ->
385-402  (116831-116848)   100% ->
403-485  (120151-120233)   100% ->
486-532  (125033-125079)   100% ->
533-609  (125251-125327)   100% ->
610-654  (126673-126717)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGACCCGCAGCCCTGGCGTCGTG         ATTAGTGATGATGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
  86955 ATGGCGACCCGCAGCCCTGGCGTCGTGGTG...CAGATTAGTGATGATGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ACCAGGTTATGACCTTGATTTATTTTGCATACCTAATCATTATGCTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100016 ACCAGGTTATGACCTTGATTTATTTTGCATACCTAATCATTATGCTGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATTTGGAAAGGGTGTTTATTCCTCATGGACTAATTATGGACAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100066 ATTTGGAAAGGGTGTTTATTCCTCATGGACTAATTATGGACAGGTA...T

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    135   GACTGAACGTCTTGCTCGAGATGTGATGAAGGAGATGGGAGGCCATCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101822 AGGACTGAACGTCTTGCTCGAGATGTGATGAAGGAGATGGGAGGCCATCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATTGTAGCCCTCTGTGTGCTCAAGGGGGGCTATAAATTCTTTGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101872 CATTGTAGCCCTCTGTGTGCTCAAGGGGGGCTATAAATTCTTTGCTGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCTGGATTACATCAAAGCACTGAATAGAAATAGTGATAGATCCATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101922 TGCTGGATTACATCAAAGCACTGAATAGAAATAGTGATAGATCCATTCCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGACTGTAGATTTTATCAGACTGAAGAGCTATTGT         AATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101972 ATGACTGTAGATTTTATCAGACTGAAGAGCTATTGTGTG...TAGAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCAGTCAACAGGGGACATAAAAGTAATTGGTGGAGATGATCTCTCAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113113 CCAGTCAACAGGGGACATAAAAGTAATTGGTGGAGATGATCTCTCAACTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TAACTGGAAAG         AATGTCTTGATTGTGGAA         GAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113163 TAACTGGAAAGGTA...TAGAATGTCTTGATTGTGGAAGTA...AAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATAATTGACACTGGCAAAACAATGCAGACTTTGCTTTCCTTGGTCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120154 ATAATTGACACTGGCAAAACAATGCAGACTTTGCTTTCCTTGGTCAGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTATAATCCAAAGATGGTCAAGGTCGCAAG         CTTGCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 120204 GTATAATCCAAAGATGGTCAAGGTCGCAAGGTA...CAGCTTGCTGGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 AAAGGACCCCACGAAGTGTTGGATATAAGCCAGACT         TTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 125044 AAAGGACCCCACGAAGTGTTGGATATAAGCCAGACTGTA...TAGTTGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 GGATTTGAAATTCCAGACAAGTTTGTTGTAGGATATGCCCTTGACTATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125256 GGATTTGAAATTCCAGACAAGTTTGTTGTAGGATATGCCCTTGACTATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TGAATACTTCAGGGATTTGAAT         CATGTTTGTGTCATTAGTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 125306 TGAATACTTCAGGGATTTGAATGTA...TAGCATGTTTGTGTCATTAGTG

    700     .    :    .    :    .
    629 AAACTGGAAAAGCAAAATACAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||
 126692 AAACTGGAAAAGCAAAATACAAAGCC