seq1 = pF1KE5181.tfa, 342 bp
seq2 = pF1KE5181/gi568815597r_168440955.tfa (gi568815597r:168440955_168643964), 203010 bp

>pF1KE5181 342
>gi568815597r:168440955_168643964 (Chr1)

1-61  (135684-135744)   100% ->
62-176  (139109-139223)   100% ->
177-342  (140098-140263)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGACTTCTCATCCTGGCCCTCCTTGGCATCTGCTCTCTCACTGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135684 ATGAGACTTCTCATCCTGGCCCTCCTTGGCATCTGCTCTCTCACTGCATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATTGTGGAAG         GTGTAGGGAGTGAAGTCTCAGATAAGAGGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 135734 CATTGTGGAAGGTA...CAGGTGTAGGGAGTGAAGTCTCAGATAAGAGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTGTGTGAGCCTCACTACCCAGCGACTGCCGGTTAGCAGAATCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139139 CCTGTGTGAGCCTCACTACCCAGCGACTGCCGGTTAGCAGAATCAAGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACACCATCACGGAAGGCTCCTTGAGAGCAGTAAT         TTTTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 139189 TACACCATCACGGAAGGCTCCTTGAGAGCAGTAATGTG...CAGTTTTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TACCAAACGTGGCCTAAAAGTCTGTGCTGATCCACAAGCCACATGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140104 TACCAAACGTGGCCTAAAAGTCTGTGCTGATCCACAAGCCACATGGGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGACGTGGTCAGGAGCATGGACAGGAAATCCAACACCAGAAATAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140154 GAGACGTGGTCAGGAGCATGGACAGGAAATCCAACACCAGAAATAACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATCCAGACCAAGCCAACAGGAACCCAGCAATCGACCAATACAGCTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140204 ATCCAGACCAAGCCAACAGGAACCCAGCAATCGACCAATACAGCTGTGAC

    350     .    :
    333 TCTGACTGGC
        ||||||||||
 140254 TCTGACTGGC