seq1 = pF1KE5178.tfa, 459 bp
seq2 = pF1KE5178/gi568815587f_1850899.tfa (gi568815587f:1850899_2056417), 205519 bp

>pF1KE5178 459
>gi568815587f:1850899_2056417 (Chr11)

1-17  (96465-96481)   100% ->
18-140  (100001-100123)   100% ->
141-223  (101229-101311)   100% ->
224-297  (101884-101957)   100% ->
298-459  (105358-105519)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCGGAATGTGGT         GTACCCCCTGTACCGGCTGGGTGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
  96465 ATGGCGCGGAATGTGGTGTG...CAGGTACCCCCTGTACCGGCTGGGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCCACAACTTCGGGTGTTCCGAACCAACTTCTTCATTCAGCTGGTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 CCCACAACTTCGGGTGTTCCGAACCAACTTCTTCATTCAGCTGGTGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGGTGTGGCCCAGCCCGAGGACACCGTGCAGTTCCGGATCCCCATGGA 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100075 CCGGTGTGGCCCAGCCCGAGGACACCGTGCAGTTCCGGATCCCCATGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    141         AATGACAAGGGTGGACCTCAGGAATTACCTCGAGGGCATCTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100125 TG...CAGAATGACAAGGGTGGACCTCAGGAATTACCTCGAGGGCATCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAACGTGCCCGTGGCTGCTGTGCGGACACGGGTGCAGCATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 101271 TAACGTGCCCGTGGCTGCTGTGCGGACACGGGTGCAGCATGGTG...CAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GCTCTAACAAGAGAAGAGATCACAGAAACGTGAGGATCAAGAAGCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101884 GCTCTAACAAGAGAAGAGATCACAGAAACGTGAGGATCAAGAAGCCGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TACAAGGTCGCCTACGTGCAGCTG         GCCCATGGACAGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101934 TACAAGGTCGCCTACGTGCAGCTGGTG...TAGGCCCATGGACAGACCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CACGTTCCCAGATCTGTTTCCCGAGAAAGACGAGAGCCCTGAAGGCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105375 CACGTTCCCAGATCTGTTTCCCGAGAAAGACGAGAGCCCTGAAGGCAGCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CTGCCGACGACCTCTACAGCATGCTCGAGGAGGAGAGGCAGCAGAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105425 CTGCCGACGACCTCTACAGCATGCTCGAGGAGGAGAGGCAGCAGAGGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    415 AGCAGCGACCCGCGGCGGGGCGGCGTCCCCAGCTGGTTCGGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105475 AGCAGCGACCCGCGGCGGGGCGGCGTCCCCAGCTGGTTCGGGCTG