seq1 = pF1KE5170.tfa, 486 bp
seq2 = pF1KE5170/gi568815595f_131281904.tfa (gi568815595f:131281904_131483338), 201435 bp

>pF1KE5170 486
>gi568815595f:131281904_131483338 (Chr3)

1-39  (100001-100039)   100% ->
40-309  (100143-100412)   100% ->
310-486  (101259-101435)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCTTCGGCCGCATCCCGCTGCGCTACGCCATACTG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100001 ATGCTCTTCGGCCGCATCCCGCTGCGCTACGCCATACTGGTG...CAGAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGATGCGCTTCGATGGACGCCTGGGCTTCCCCGGCGGATTCGTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100145 GCAGATGCGCTTCGATGGACGCCTGGGCTTCCCCGGCGGATTCGTGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGCAGGACAGAAGCCTAGAGGACGGGCTGAACCGCGAGCTGCGCGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100195 CGCAGGACAGAAGCCTAGAGGACGGGCTGAACCGCGAGCTGCGCGAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGGGCGAAGCGGCTGCCGCTTTCCGCGTGGAGCGCACTGACTACCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100245 CTGGGCGAAGCGGCTGCCGCTTTCCGCGTGGAGCGCACTGACTACCGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCCACGTCGGGTCAGGGCCACGCGTTGTGGCCCACTTCTATGCCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100295 CTCCCACGTCGGGTCAGGGCCACGCGTTGTGGCCCACTTCTATGCCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTCTGACGCTCGAGGAGCTGTTGGCTGTGGAGGCCGGCGCAACACGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100345 GTCTGACGCTCGAGGAGCTGTTGGCTGTGGAGGCCGGCGCAACACGCGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGGACCACGGGCTGGAG         GTGCTGGGCCTGGTGCGAGTGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100395 AAGGACCACGGGCTGGAGGTG...CAGGTGCTGGGCCTGGTGCGAGTGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGTATACCCTGCGGGATGGTGTAGGAGGCCTGCCTACCTTCCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101282 CCTGTATACCCTGCGGGATGGTGTAGGAGGCCTGCCTACCTTCCTGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTCCTTTATTGGCTCTGCGCGGGAGCAGTTACTTGAAGCTCTCCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101332 ATTCCTTTATTGGCTCTGCGCGGGAGCAGTTACTTGAAGCTCTCCAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTGGGACTGCTGCAGTCTGGCTCTATTTCAGGCCTTAAGATTCCAGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101382 TTGGGACTGCTGCAGTCTGGCTCTATTTCAGGCCTTAAGATTCCAGCTCA

    500 
    483 TCAC
        ||||
 101432 TCAC