seq1 = pF1KE5169.tfa, 471 bp
seq2 = pF1KE5169/gi568815587f_11852752.tfa (gi568815587f:11852752_12056172), 203421 bp

>pF1KE5169 471
>gi568815587f:11852752_12056172 (Chr11)

1-120  (100001-100120)   100% ->
121-168  (102146-102193)   100% ->
169-299  (102283-102413)   99% ->
300-471  (103250-103421)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTCCATGTCACAGCTTGCAGTTTTGTCAAGACGGTGGAAGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTCCATGTCACAGCTTGCAGTTTTGTCAAGACGGTGGAAGCCTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGATGAAGTTGGATCCCTTCCAGGAGGTTGTATTGGAAAGCAGTAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGATGAAGTTGGATCCCTTCCAGGAGGTTGTATTGGAAAGCAGTAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGACGAATTGCGAGAGAAG         CTTAGTGAAATCAGTGGGATT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100101 TGGACGAATTGCGAGAGAAGGTA...CAGCTTAGTGAAATCAGTGGGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTTTGGATGATATTGAATTTGCTAAG         GGTAGAGGAACATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 102167 CCTTTGGATGATATTGAATTTGCTAAGGTA...TAGGGTAGAGGAACATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCCTGTGATATTTCTGTCCTTGATATTCATCAAGATTTAGACTGGAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 102297 TCCCTGTGATATTTCTGTCCTTGATATTCATCAGGATTTAGACTGGAATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTAAAGTTTCTACCCTGAATGTCTGGCCTCTTTATATCTGTGATGATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102347 CTAAAGTTTCTACCCTGAATGTCTGGCCTCTTTATATCTGTGATGATGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCGGTCATATTTTATAG         GGATAAAACAGAAGAATTAATGGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 102397 GCGGTCATATTTTATAGGTA...TAGGGATAAAACAGAAGAATTAATGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ATTGACAGATGAGCAAAGAAATGAACTGATGAAAAAAGAAAGCAGTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103274 ATTGACAGATGAGCAAAGAAATGAACTGATGAAAAAAGAAAGCAGTCGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TCCAGAAGACTGGACATCGTGTAACATACTCACCTCGTAAAGAGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103324 TCCAGAAGACTGGACATCGTGTAACATACTCACCTCGTAAAGAGAAAGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    424 CTAAAAATATATCTGGATGGAGCACCAAATAAAGATCTGACTCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103374 CTAAAAATATATCTGGATGGAGCACCAAATAAAGATCTGACTCAAGAC