seq1 = pF1KE5161.tfa, 402 bp
seq2 = pF1KE5161/gi568815597r_11758214.tfa (gi568815597r:11758214_11958833), 200620 bp

>pF1KE5161 402
>gi568815597r:11758214_11958833 (Chr1)

(complement)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-388  (100365-100620)   100% ->
389-402  (101163-101176)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCCCAGACAGCACCTTCCCGGGCGCTCCTGCTCCTGCTCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCCCCAGACAGCACCTTCCCGGGCGCTCCTGCTCCTGCTCTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCATCTGGCTTTCCTGGGAGGTCGTTCCCACCCGCTGGGCAGCCCCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCATCTGGCTTTCCTGGGAGGTCGTTCCCACCCGCTGGGCAGCCCCGGTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCCTCGGACTTGGAAACGTCCGGGTTACAG         GAGCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 CAGCCTCGGACTTGGAAACGTCCGGGTTACAGGTG...CAGGAGCAGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACCATTTGCAGGGCAAACTGTCGGAGCTGCAGGTGGAGCAGACATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100374 AACCATTTGCAGGGCAAACTGTCGGAGCTGCAGGTGGAGCAGACATCCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGCCCCTCCAGGAGAGCCCCCGTCCCACAGGTGTCTGGAAGTCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100424 GGAGCCCCTCCAGGAGAGCCCCCGTCCCACAGGTGTCTGGAAGTCCCGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGTAGCCACCGAGGGCATCCGTGGGCACCGCAAAATGGTCCTCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100474 AGGTAGCCACCGAGGGCATCCGTGGGCACCGCAAAATGGTCCTCTACACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGCGGGCACCACGAAGCCCCAAGATGGTGCAAGGGTCTGGCTGCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100524 CTGCGGGCACCACGAAGCCCCAAGATGGTGCAAGGGTCTGGCTGCTTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAGGAAGATGGACCGGATCAGCTCCTCCAGTGGCCTGGGCTGCAAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100574 GAGGAAGATGGACCGGATCAGCTCCTCCAGTGGCCTGGGCTGCAAAGGTA

    400     .    :    .    :
    389       TGCTGAGGCGGCAT
        ...>>>||||||||||||||
 100624 ...CAGTGCTGAGGCGGCAT