seq1 = pF1KE5158.tfa, 444 bp
seq2 = pF1KE5158/gi568815587f_8583201.tfa (gi568815587f:8583201_8785803), 202603 bp

>pF1KE5158 444
>gi568815587f:8583201_8785803 (Chr11)

1-67  (100000-100065)   98% ->
68-143  (100806-100881)   100% ->
144-318  (101518-101692)   100% ->
319-444  (102478-102603)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCATCCAGACTGAGGAAGACCCGGAAACTTAGGGGCCACGTGAGCCA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GCCATCCAGACTGAGGAAGACCCGGAAACTTAGGGGCCACGTGAGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCCACGGCCGCATAG         GCAAGCACCGGAAGCACCCCGGCG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100049 CGGCCACGGCCGCATAGGTA...CAGGCAAGCACCGGAAGCACCCCGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCGCGGTAATGCTGGTGGTCTGCATCACCACCGGATCAACTTCGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100830 GCCGCGGTAATGCTGGTGGTCTGCATCACCACCGGATCAACTTCGACAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TA         CCACCCAGGCTACTTTGGGAAAGTTGGTATGAAGCATTA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100880 TAGTA...TAGCCACCCAGGCTACTTTGGGAAAGTTGGTATGAAGCATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCACTTAAAGAGGAACCAGAGCTTCTGCCCAACTGTCAACCTTGACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101557 CCACTTAAAGAGGAACCAGAGCTTCTGCCCAACTGTCAACCTTGACAAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTGGACTTTGGTCAGTGAACAGACACGGGTGAATGCTGCTAAAAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101607 TGTGGACTTTGGTCAGTGAACAGACACGGGTGAATGCTGCTAAAAACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACTGGGGCTGCTCCCATCATTGATGTGGTGCGATCG         GGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 101657 ACTGGGGCTGCTCCCATCATTGATGTGGTGCGATCGGTA...TAGGGCTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTACAAAGTTCTGGGAAAGGGAAAGCTCCCAAAGCAGCCTGTCATCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102483 CTACAAAGTTCTGGGAAAGGGAAAGCTCCCAAAGCAGCCTGTCATCGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGCCAAATTCTTCAGCAGAAGAGCTGAGGAGAAGATTAAGAGTGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102533 AGGCCAAATTCTTCAGCAGAAGAGCTGAGGAGAAGATTAAGAGTGTTGGG

    450     .    :    .    :
    424 GGGGCCTGTGTCCTGGTGGCT
        |||||||||||||||||||||
 102583 GGGGCCTGTGTCCTGGTGGCT