seq1 = pF1KE5155.tfa, 339 bp
seq2 = pF1KE5155/gi568815595f_40210892.tfa (gi568815595f:40210892_40412011), 201120 bp

>pF1KE5155 339
>gi568815595f:40210892_40412011 (Chr3)

1-31  (99051-99081)   100% ->
32-195  (100002-100165)   100% ->
196-297  (100579-100680)   100% ->
298-339  (101079-101120)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCACTATCCAGAACCTCCAATCTTTCG         ACCCCTTTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  99051 ATGTCCACTATCCAGAACCTCCAATCTTTCGGTA...CAGACCCCTTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGATGCAACTAAGGGTGACGACTTACTCCCGGCAGGGACTGAGGATTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 TGATGCAACTAAGGGTGACGACTTACTCCCGGCAGGGACTGAGGATTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTCATATAAGAATCCAGCAACGGAACGGCAGAAAGACACTGACTACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100062 TTCATATAAGAATCCAGCAACGGAACGGCAGAAAGACACTGACTACTGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGGCATTGCAGATGATTATGACAAAAAGAAACTTGTGAAAGCTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100112 CAGGGCATTGCAGATGATTATGACAAAAAGAAACTTGTGAAAGCTTTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAG         AAATTTGCCTGTAATGGTACTGTGATTGAACATCCTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100162 AAAGGTA...CAGAAATTTGCCTGTAATGGTACTGTGATTGAACATCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATACGGAGAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGACCAAAGAAAAAACATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100616 AATACGGAGAGGTTATTCAGCTTCAAGGTGACCAAAGAAAAAACATCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGTTTCTCTTGGAG         GTTGGCATTGTAAAGGAGGAACAGCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100666 CAGTTTCTCTTGGAGGTG...CAGGTTGGCATTGTAAAGGAGGAACAGCT

    350     .    :    .
    324 TAAGGTTCATGGATTC
        ||||||||||||||||
 101105 TAAGGTTCATGGATTC