seq1 = pF1KE5154.tfa, 300 bp
seq2 = pF1KE5154/gi568815589r_93852167.tfa (gi568815589r:93852167_94052948), 200782 bp

>pF1KE5154 300
>gi568815589r:93852167_94052948 (Chr9)

(complement)

1-53  (100001-100053)   100% ->
54-138  (100136-100220)   100% ->
139-300  (100621-100782)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCCTGGAGAAACGCTTCGAGAAGCAGAAGTACCTTTCCACGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCCTGGAGAAACGCTTCGAGAAGCAGAAGTACCTTTCCACGCCGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAG         AATAGATCTTGCTGAGTCCCTGGGCCTGAGCCAGTTGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGTA...CAGAATAGATCTTGCTGAGTCCCTGGGCCTGAGCCAGTTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGTGAAGACGTGGTACCAGAATCGGAGGATGAAGTGGAAGAAAATA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100174 AGGTGAAGACGTGGTACCAGAATCGGAGGATGAAGTGGAAGAAAATAGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       GTGCTGCAGGGCGGCGGCCTGGAGTCTCCCACCAAGCCCAAGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100224 ...CAGGTGCTGCAGGGCGGCGGCCTGGAGTCTCCCACCAAGCCCAAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCGGCCCAAGAAGAACTCAATTCCAACGAGCGAGCAGCTTACTGAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100665 GCGGCCCAAGAAGAACTCAATTCCAACGAGCGAGCAGCTTACTGAGCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCGCGCCAAGGATGCAGAGAAACCGGCGGAGGTGCCGGGCGAGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100715 AGCGCGCCAAGGATGCAGAGAAACCGGCGGAGGTGCCGGGCGAGCCCAGC

    300     .    :    .
    283 GACAGGAGCCGCGAGGAC
        ||||||||||||||||||
 100765 GACAGGAGCCGCGAGGAC