seq1 = pF1KE5140.tfa, 348 bp
seq2 = pF1KE5140/gi568815592r_86985759.tfa (gi568815592r:86985759_87188200), 202442 bp

>pF1KE5140 348
>gi568815592r:86985759_87188200 (Chr6)

(complement)

1-88  (100001-100088)   100% ->
89-273  (101767-101951)   99% ->
274-348  (102368-102442)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTACTACAGAAAATATGCAGCTATCTTTCTGGTCACATTGTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTACTACAGAAAATATGCAGCTATCTTTCTGGTCACATTGTCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTTCTGCATGTTCTCCATTCCGCTCCTGATGTGCAGG         ATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100051 GTTTCTGCATGTTCTCCATTCCGCTCCTGATGTGCAGGGTG...TAGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCAGAATGCACGCTACAGGAAAACCCACTCTTCTCCCAGCCGGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 101770 GCCCAGAATGCACGCTACAGGAAAACCCATTCTTCTCCCAGCCGGGTGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAATACTTCAGTGCATGGGCTGCTGCTTCTCTAGAGCATATCCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101820 CCAATACTTCAGTGCATGGGCTGCTGCTTCTCTAGAGCATATCCCACTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTAAGGTCCAAGAAGACGATGTTGGTCCAAAAGAACGTCACCTCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101870 ACTAAGGTCCAAGAAGACGATGTTGGTCCAAAAGAACGTCACCTCAGAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCACTTGCTGTGTAGCTAAATCATATAACAGG         GTCACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101920 CCACTTGCTGTGTAGCTAAATCATATAACAGGGTA...TAGGTCACAGTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATGGGGGGTTTCAAAGTGGAGAACCACACGGCGTGCCACTGCAGTACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102377 ATGGGGGGTTTCAAAGTGGAGAACCACACGGCGTGCCACTGCAGTACTTG

    350     .    :    .
    333 TTATTATCACAAATCT
        ||||||||||||||||
 102427 TTATTATCACAAATCT