seq1 = pF1KE5139.tfa, 345 bp
seq2 = pF1KE5139/gi568815583r_75855930.tfa (gi568815583r:75855930_76109295), 253366 bp

>pF1KE5139 345
>gi568815583r:75855930_76109295 (Chr15)

(complement)

9-101  (100001-100092)   98% ->
102-251  (147319-147468)   100% ->
252-345  (153285-153376)   94%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 AGATCACGAAGAGCCCTGTGGTCCCAGTCACAAGTCGTTTTGCCTGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGATCACGAAGAGCCCTGTGGTCCCAGTCACAAGTCGTTTTGCCTGAATG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 GGGGGCTTTGTTATGTGATACCTACTATTCCCAGCCCATTTTG       
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||->>>...>
 100051 GGGGGCTTTGTTATGTGATACCTACTATTCCCAGCCCATTTT GTA...C

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    102   TAGGTGCGTTGAAAACTATACAGGAGCTCGTTGTGAAGAGGTTTTTCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147317 TGTAGGTGCGTTGAAAACTATACAGGAGCTCGTTGTGAAGAGGTTTTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 CCCAGGCTCCAGCATCCAAACTAAAAGTAACCTGTTTGAAGCTTTTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147367 CCCAGGCTCCAGCATCCAAACTAAAAGTAACCTGTTTGAAGCTTTTGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 CATTGGCGGTCCTAGTAACACTTATCATTGGAGCCTTCTACTTCCTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147417 CATTGGCGGTCCTAGTAACACTTATCATTGGAGCCTTCTACTTCCTTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 AG         GAAAGGCCACTTTCAGAGAGCCAGTTCAGTCCAGTATGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147467 AGGTA...CAGGAAAGGCCACTTTCAGAGAGCCAGTTCAGTCCAGTATGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 TATCAACCTGGTAGAGACGAGCAGTACCAGTGCCCACCACAGTCATGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |-| |-
 153324 TATCAACCTGGTAGAGACGAGCAGTACCAGTGCCCACCACAGTGA GTA 

    350     .
    341 AACAC
        ||| |
 153372 AACTC