seq1 = pF1KE5138.tfa, 375 bp
seq2 = pF1KE5138/gi568815577f_33973701.tfa (gi568815577f:33973701_34242597), 268897 bp

>pF1KE5138 375
>gi568815577f:33973701_34242597 (Chr21)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-185  (151641-151780)   100% ->
186-375  (168708-168897)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCCGCTACGAGCTGGCTTTAATCCTGAAAGCCATGCAGCGG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGCCCCGCTACGAGCTGGCTTTAATCCTGAAAGCCATGCAGCGGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     CCAGAGACTGCTGCTACTTTGAAACGTACGATAGAGGCCCTGATGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGCCAGAGACTGCTGCTACTTTGAAACGTACGATAGAGGCCCTGATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACAGAGGAGCAATAGTGAGGGACTTGGAAAACCTGGGTGAACGAGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151687 ACAGAGGAGCAATAGTGAGGGACTTGGAAAACCTGGGTGAACGAGCGCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTTATAGGATCTCTGCCCACAGTCAGCAGCACAACAGAGGCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 151737 CCTTATAGGATCTCTGCCCACAGTCAGCAGCACAACAGAGGCGGGTA...

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    186    GTATTTCTTGGTGGATTTTTATGCACCCACCGCAGCTGTTGAAAGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168705 CAGGTATTTCTTGGTGGATTTTTATGCACCCACCGCAGCTGTTGAAAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTGGAGCACTTGTCTCGAGATATAGATGTGATTAGAGGGAATATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168755 TGGTGGAGCACTTGTCTCGAGATATAGATGTGATTAGAGGGAATATTGTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACACCCTCTGACCCAGGAACTAAAAGAATGTGAAGGGATTGTCCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168805 AAACACCCTCTGACCCAGGAACTAAAAGAATGTGAAGGGATTGTCCCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCACTCGCAGAAAAATTATATTCCACAAAGAAGAGGAAGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168855 CCCACTCGCAGAAAAATTATATTCCACAAAGAAGAGGAAGAAG