seq1 = pF1KE5124.tfa, 252 bp
seq2 = pF1KE5124/gi568815594r_56710142.tfa (gi568815594r:56710142_56921662), 211521 bp

>pF1KE5124 252
>gi568815594r:56710142_56921662 (Chr4)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-99  (101084-101127)   100% ->
100-209  (109869-109978)   100% ->
210-252  (111479-111521)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTGTCGGTGCTGCGCTTGGCGCTGCTGCTCCTGGCAGTTACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTGTCGGTGCTGCGCTTGGCGCTGCTGCTCCTGGCAGTTACCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCAG         CCTCTCTGATCCCTCAATTTGGTCTGTTTTCAAAAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGCAGGTA...CAGCCTCTCTGATCCCTCAATTTGGTCTGTTTTCAAAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATAGAACG         CCAAACTGCTCTCAGTATAGATTACCAGGATGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 101120 ATAGAACGGTA...CAGCCAAACTGCTCTCAGTATAGATTACCAGGATGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCCAGACACTTTAACCCTGTGTGTGGCAGTGACATGTCCACTTATGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109902 CCCAGACACTTTAACCCTGTGTGTGGCAGTGACATGTCCACTTATGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGAATGTACTCTGTGCATGAAAATCAG         GGAAGGTGGTCATA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 109952 TGAATGTACTCTGTGCATGAAAATCAGGTA...CAGGGAAGGTGGTCATA

    250     .    :    .    :    .
    224 ATATTAAAATCATTCGAAATGGACCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||
 111493 ATATTAAAATCATTCGAAATGGACCCTGC