seq1 = pF1KE5118.tfa, 435 bp
seq2 = pF1KE5118/gi568815596f_85594419.tfa (gi568815596f:85594419_85797679), 203261 bp

>pF1KE5118 435
>gi568815596f:85594419_85797679 (Chr2)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-156  (100902-101005)   100% ->
157-255  (101540-101638)   100% ->
256-429  (103088-103261)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACCTGGGCCCTCCTGCTCCTTGCAGCCATGCTCCTGGGCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACCTGGGCCCTCCTGCTCCTTGCAGCCATGCTCCTGGGCAACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         GTCTGGTCTTCTCTCGTCTGAGCCCTGAGTACTACGACC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTA...CAGGTCTGGTCTTCTCTCGTCTGAGCCCTGAGTACTACGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGCAAGAGCCCACCTGCGTGATGAGGAGAAATCCTGCCCGTGCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100941 TGGCAAGAGCCCACCTGCGTGATGAGGAGAAATCCTGCCCGTGCCTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGGAGGGCCCCCAG         GGTGACCTGTTGACCAAAACACAGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100991 CAGGAGGGCCCCCAGGTA...CAGGGTGACCTGTTGACCAAAACACAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGGGCCGTGACTACAGGACCTGTCTGACGATAGTCCAAAAACTGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101566 GCTGGGCCGTGACTACAGGACCTGTCTGACGATAGTCCAAAAACTGAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGATGGTGGATAAGCCCACCCAG         AGAAGTGTTTCCAATGCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101616 AGATGGTGGATAAGCCCACCCAGGTG...CAGAGAAGTGTTTCCAATGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCGACCCGGGTGTGTAGGACGGGGAGGTCACGATGGCGCGACGTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103106 GCGACCCGGGTGTGTAGGACGGGGAGGTCACGATGGCGCGACGTCTGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAATTTCATGAGGAGGTATCAGTCTAGAGTTACCCAGGGCCTCGTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103156 AAATTTCATGAGGAGGTATCAGTCTAGAGTTACCCAGGGCCTCGTGGCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGAAACTGCCCAGCAGATCTGTGAGGACCTCAGGTTGTGTATACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103206 GAGAAACTGCCCAGCAGATCTGTGAGGACCTCAGGTTGTGTATACCTTCT

    450     .
    424 ACAGGT
        ||||||
 103256 ACAGGT