seq1 = pF1KE5117.tfa, 354 bp
seq2 = pF1KE5117/gi568815589f_5792475.tfa (gi568815589f:5792475_6008705), 216231 bp

>pF1KE5117 354
>gi568815589f:5792475_6008705 (Chr9)

1-77  (100001-100077)   100% ->
78-174  (105083-105179)   100% ->
175-288  (114411-114524)   100% ->
289-354  (116166-116231)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAAGAGAAGATGCTCACTTCATCTATGGTTACCCCAAGAAGGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAAGAGAAGATGCTCACTTCATCTATGGTTACCCCAAGAAGGGGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCCACTCTTACACCACGGCTGAAGA         GGCCGCTGGGATCG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100051 CGGCCACTCTTACACCACGGCTGAAGAGTA...CAGGGCCGCTGGGATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCATCCTGACAGTGATCCTGGGAGTCTTACTGCTCATCGGCTGTTGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105097 GCATCCTGACAGTGATCCTGGGAGTCTTACTGCTCATCGGCTGTTGGTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTAGAAGACGAAATGGATACAGAGCCTTGATG         GATAAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105147 TGTAGAAGACGAAATGGATACAGAGCCTTGATGGTT...CAGGATAAAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTTCATGTTGGCACTCAATGTGCCTTAACAAGAAGATGCCCACAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114419 TCTTCATGTTGGCACTCAATGTGCCTTAACAAGAAGATGCCCACAAGAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGTTTGATCATCGGGACAGCAAAGTGTCTCTTCAAGAGAAAAACTGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114469 GGTTTGATCATCGGGACAGCAAAGTGTCTCTTCAAGAGAAAAACTGTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGTG         GTTCCCAATGCTCCACCTGCTTATGAGAAACTCTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114519 CCTGTGGTA...CAGGTTCCCAATGCTCCACCTGCTTATGAGAAACTCTC

    350     .    :    .    :    .    :
    324 TGCAGAACAGTCACCACCACCTTATTCACCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 116201 TGCAGAACAGTCACCACCACCTTATTCACCT