seq1 = pF1KE5112.tfa, 432 bp
seq2 = pF1KE5112/gi568815574f_20479606.tfa (gi568815574f:20479606_20689575), 209970 bp

>pF1KE5112 432
>gi568815574f:20479606_20689575 (ChrY)

1-16  (96267-96282)   100% ->
17-100  (100003-100086)   100% ->
101-204  (102985-103088)   100% ->
205-255  (104869-104919)   100% ->
256-337  (108419-108500)   100% ->
338-432  (109879-109972)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAAGAATAAAG         GTAAAGGAGGTAAAAACAGGCGCAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
  96267 ATGCCCAAGAATAAAGGTA...TAGGTAAAGGAGGTAAAAACAGGCGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGGTAAAAATGAGAATGAATCTGAAAAAAGAGAGTTGGTGTTTAAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100028 GGGTAAAAATGAGAATGAATCTGAAAAAAGAGAGTTGGTGTTTAAAGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGACAAG         AGTATGCTCAGGTAATCAAAATGTTGGGAAAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 100078 ATGGACAAGGTA...CAGAGTATGCTCAGGTAATCAAAATGTTGGGAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GGACGATTGGAAGCATTGTGTTTTGATGGTGTAAAGAGGTTATGCCATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103017 GGACGATTGGAAGCATTGTGTTTTGATGGTGTAAAGAGGTTATGCCATAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGAGGGAAATTGAGAAAAAAG         GTTTGGATAAATACATCAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103067 CAGAGGGAAATTGAGAAAAAAGGTA...CAGGTTTGGATAAATACATCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ACATTATATTGGTTGGTCTACGGGACTATCAG         GATAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104888 ACATTATATTGGTTGGTCTACGGGACTATCAGGTA...AAGGATAACAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GCTGATGTAATTTTAAAGTACAATGCAGATGAAGCTAGAAGCCTGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108428 GCTGATGTAATTTTAAAGTACAATGCAGATGAAGCTAGAAGCCTGAAGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 ATATGGCGAGCTTCCAGAACATG         CTAAAATCAATGAAACAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 108478 ATATGGCGAGCTTCCAGAACATGGTA...TAGCTAAAATCAATGAAACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 ACACATTTGGTCCTGGAGATGATGATGAAATCCAGTTTGACGATATTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109897 ACACATTTGGTCCTGGAGATGATGATGAAATCCAGTTTGACGATATTGGA

    450     .    :    .    :    .
    406 GATGATGATGAAGACATTGATGATATC
        |||||||||||||||||||||||| |-
 109947 GATGATGATGAAGACATTGATGATGT