seq1 = pF1KE5110.tfa, 471 bp
seq2 = pF1KE5110/gi568815589f_70117197.tfa (gi568815589f:70117197_70317665), 200469 bp

>pF1KE5110 471
>gi568815589f:70117197_70317665 (Chr9)

1-471  (99999-100469)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGTCGAGCTGTGCAGTTTTAGCGGGTACAAGATCTACCCCGGACA
        | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
  99999 ACGAAGGTCGAGCTGTGCAGTTTTAGTGGGTACAAGATCTACCCGGGACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGAGGCGCTACGCCAGGACCGACGGGAAGGTTTTCCAGTTTCTTAATG
         ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 100049 GGGGAGGCACTACGCCAGGACCGACGGGAAGGTTTTCGAGTTTCTTAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGAAATGCGAGTCGGCTTTCCTTTCCAAGAGGAATCCTCGGCAGATAAAC
        |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100099 CGAAATGCGAGTCGGCATTCCTTTCCAAGAGGAATCCTTGGCAGATAAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGACTGTCCTCTACAGAAGGAAGCACAAAAAGGGACAGTCGGAAGAAAT
        |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100149 TGGACTGTCCTCCACAGAAGGAAGCACAAAAAGGGAGAGTCGGAAGAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCAAAAGAAAAGAACCCGCCGAGCAGTCAAATTCCAGAGGGCCATTACTG
        ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
 100199 TCAAAAGAAAAGAACCCACCCAGCAGTCAAATTCCAGAGGGCCATTACTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGCATCTCTTGCTGATATAATGGCCAAGAGGAATCAGAAACCTGAAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100249 GTGCATCTCTTGCTGATATAATGGCCAAGAGGAATCAGAAACCTTAAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGAAAGGCTCAACGAGAACAAGCTATCAGGGCTGCTAAGGAAGCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 AGAAAGGCTCAACGAGAACAAGCTATCAGGGCTGCTAAGGAAGCAAAAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGCTAAGCAAGCATCTAAAAAGACTGCAATGGCTGCTGCTAAGGCACCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 100349 GGCTAAGCAAGCATCTAAAAAGACTGCAATGGCTACTGCTAAGGCACCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAAAGGCAGCACCTAAGCAAAAGATTGTGAAGCCTGTGAAAGTTTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 CAAAGGCAGCACCTAAGCAAAAGATTGTGAAGCCTGTGAAAGTTTCAGCT

    450     .    :    .    :
    451 CCCCGAGTTGGTGGAAAACGC
        |||| ||||||||||||||||
 100449 CCCCAAGTTGGTGGAAAACGC