seq1 = pF1KE5109.tfa, 477 bp
seq2 = pF1KE5109/gi568815587f_111986908.tfa (gi568815587f:111986908_112194967), 208060 bp

>pF1KE5109 477
>gi568815587f:111986908_112194967 (Chr11)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-169  (100950-101066)   100% ->
170-314  (101960-102104)   100% ->
315-477  (107898-108060)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGTTCTCTGGAGGCTGAGTGCCGTTTGCGGTGCCCTAGGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGTTCTCTGGAGGCTGAGTGCCGTTTGCGGTGCCCTAGGAGGCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         CTCTGTTGCTTCGAACTCCAGTGGTCAGACCTGCTCATA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTG...CAGCTCTGTTGCTTCGAACTCCAGTGGTCAGACCTGCTCATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCTCAGCATTTCTTCAGGACCGACCTATCCCAGAATGGTGTGGAGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100989 TCTCAGCATTTCTTCAGGACCGACCTATCCCAGAATGGTGTGGAGTGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CACATACACTTGTCACCGAGCCACCATT         CTGGCTCCAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101039 CACATACACTTGTCACCGAGCCACCATTGTA...TAGCTGGCTCCAAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TGCATCTCTCCACTGGACTAGCGAGAGGGTTGTCAGTGTTTTGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101973 TGCATCTCTCCACTGGACTAGCGAGAGGGTTGTCAGTGTTTTGCTCCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTCTGCTTCCGGCTGCTTATTTGAATCCTTGCTCTGCGATGGACTATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102023 GTCTGCTTCCGGCTGCTTATTTGAATCCTTGCTCTGCGATGGACTATTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTGGCTGCAGCCCTCACTCTTCATGGTCACTG         GGGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102073 CTGGCTGCAGCCCTCACTCTTCATGGTCACTGGCA...TAGGGGCCTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 ACAAGTTGTTACTGACTATGTTCATGGGGATGCCTTGCAGAAAGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107907 ACAAGTTGTTACTGACTATGTTCATGGGGATGCCTTGCAGAAAGCTGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGCAGGGCTTTTGGCACTTTCAGCTTTAACCTTTGCTGGGCTTTGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107957 AGGCAGGGCTTTTGGCACTTTCAGCTTTAACCTTTGCTGGGCTTTGCTAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTCAACTATCACGATGTGGGCATCTGCAAAGCTGTTGCCATGCTGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108007 TTCAACTATCACGATGTGGGCATCTGCAAAGCTGTTGCCATGCTGTGGAA

    500 
    474 GCTC
        ||||
 108057 GCTC