seq1 = pF1KE5102.tfa, 441 bp
seq2 = pF1KE5102/gi568815587r_5125601.tfa (gi568815587r:5125601_5327021), 201421 bp

>pF1KE5102 441
>gi568815587r:5125601_5327021 (Chr11)

(complement)

1-92  (100001-100092)   98% ->
93-315  (100223-100445)   99% ->
316-441  (101296-101421)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCACCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGG
        |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGAAGTCTGCCGTTACTGCCCTGTGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CAAGGTGAACGTGGATGAAGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGTT...TA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  GCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100222 GGCTGCTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATCTGTCCACCCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100272 GATCTGTCCACTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100322 TGGCAAGAAAGTGCTCGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100372 ACCTCAAGGGCACCTTTGCCACACTGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACGTGGATCCTGAGAACTTCAGG         CTCCTGGGCAACGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100422 CACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGGTG...CAGCTCCTGGGCAACGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101313 GGTCTGTGTGCTGGCCCATCACTTTGGCAAAGAATTCACCCCACCAGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101363 AGGCTGCCTATCAGAAAGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCCCAC

    450     .
    433 AAGTATCAC
        |||||||||
 101413 AAGTATCAC