seq1 = pF1KE5083.tfa, 2931 bp
seq2 = pF1KE5083/gi568815597f_110239406.tfa (gi568815597f:110239406_110445606), 206201 bp

>pF1KE5083 2931
>gi568815597f:110239406_110445606 (Chr1)

1-2863  (100001-102863)   100% ->
2864-2931  (106134-106201)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGACTGCGGGGCGGGACCCTGTGCCGCGGCGGAGTCCAAGATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGACTGCGGGGCGGGACCCTGTGCCGCGGCGGAGTCCAAGATGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGTGCGGTTCCGCTGTGTGAAACGAGCGCGGGGCGGCGGGTTACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGTGCGGTTCCGCTGTGTGAAACGAGCGCGGGGCGGCGGGTTACTCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCGCGGAGACGACCTCCGACGACCCGCAACAATGAAGGGAAAAGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCGCGGAGACGACCTCCGACGACCCGCAACAATGAAGGGAAAAGAGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCGCCAGTGAAGGCCAAACGCTCCCGTGGTGGTGAGGACTCGACTTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCGCCAGTGAAGGCCAAACGCTCCCGTGGTGGTGAGGACTCGACTTCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGGTGAGCGGAGCAAGAAGTTAGGGGGCTCTGGTGGCAGCAATGGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGGTGAGCGGAGCAAGAAGTTAGGGGGCTCTGGTGGCAGCAATGGGAGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAGCGGAAAGACCGATAGCGGCGGTGGGTCGCGGCGGAGTCTCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAGCGGAAAGACCGATAGCGGCGGTGGGTCGCGGCGGAGTCTCCACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACAAGTCCAGCAGTCGAGGTGGCAGCCGCGAGTATGATACCGGTGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GACAAGTCCAGCAGTCGAGGTGGCAGCCGCGAGTATGATACCGGTGGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAGCTCCAGTAGCCGCTTGCATAGTTATAGCTCCCCGAGCACCAAAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAGCTCCAGTAGCCGCTTGCATAGTTATAGCTCCCCGAGCACCAAAAATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CTTCGGGCGGGGGCGAATCGCGCAGCAGCTCCCGGGGTGGAGGCGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CTTCGGGCGGGGGCGAATCGCGCAGCAGCTCCCGGGGTGGAGGCGGGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TCACGTTCCTCTGGGGCCGCCTCCTCAGCTCCCGGCGGCGGGGACGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TCACGTTCCTCTGGGGCCGCCTCCTCAGCTCCCGGCGGCGGGGACGGCGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGAATACAAGACTCTGAAGATAAGCGAGTTGGGGTCCCAGCTTAGTGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGAATACAAGACTCTGAAGATAAGCGAGTTGGGGTCCCAGCTTAGTGACG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AAGCGGTGGAGGACGGCCTGTTTCATGAGTTCAAACGCTTCGGTGATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AAGCGGTGGAGGACGGCCTGTTTCATGAGTTCAAACGCTTCGGTGATGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AGTGTGAAAATCAGTCATCTGTCGGGTTCTGGCAGCGGGGATGAGCGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 AGTGTGAAAATCAGTCATCTGTCGGGTTCTGGCAGCGGGGATGAGCGGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCCTTTGTGAACTTCCGGCGGCCAGAGGACGCGCGGGCGGCCAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGCCTTTGTGAACTTCCGGCGGCCAGAGGACGCGCGGGCGGCCAAGCATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCAGAGGCCGCCTGGTGCTCTATGACCGGCCTCTGAAGATAGAAGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCAGAGGCCGCCTGGTGCTCTATGACCGGCCTCTGAAGATAGAAGCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TATGTGAGCCGGCGCCGCAGCCGCTCCCCTTTAGACAAAGATACTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TATGTGAGCCGGCGCCGCAGCCGCTCCCCTTTAGACAAAGATACTTATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCCATCAGCCAGTGTGGTCGGGGCCTCTGTAGGTGGTCACCGGCACCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCCATCAGCCAGTGTGGTCGGGGCCTCTGTAGGTGGTCACCGGCACCCCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTGGAGGTGGTGGAGGCCAGAGATCACTTTCCCCTGGTGGCGCTGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTGGAGGTGGTGGAGGCCAGAGATCACTTTCCCCTGGTGGCGCTGCTTTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGATACAGAGACTACCGGCTGCAGCAGTTGGCTCTTGGCCGCCTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGATACAGAGACTACCGGCTGCAGCAGTTGGCTCTTGGCCGCCTGCCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 TCCACCTCCGCCACCATTGCCTCGAGACCTGGAGAGAGAAAGAGACTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 TCCACCTCCGCCACCATTGCCTCGAGACCTGGAGAGAGAAAGAGACTACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CGTTCTATGAGAGAGTGCGCCCTGCATACAGTCTTGAGCCAAGGGTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CGTTCTATGAGAGAGTGCGCCCTGCATACAGTCTTGAGCCAAGGGTGGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GCTGGAGCAGGTGCTGCTCCTTTCAGAGAAGTGGATGAGATTTCACCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GCTGGAGCAGGTGCTGCTCCTTTCAGAGAAGTGGATGAGATTTCACCCGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGATGATCAGCGAGCTAACCGGACGCTCTTCTTGGGCAACCTAGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGATGATCAGCGAGCTAACCGGACGCTCTTCTTGGGCAACCTAGACATCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 CTGTAACGGAGAGTGATTTAAGAAGGGCGTTTGATCGCTTTGGAGTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 CTGTAACGGAGAGTGATTTAAGAAGGGCGTTTGATCGCTTTGGAGTCATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 ACAGAAGTAGATATCAAGAGGCCTTCTCGCGGCCAGACTAGTACTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 ACAGAAGTAGATATCAAGAGGCCTTCTCGCGGCCAGACTAGTACTTACGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CTTTCTCAAATTTGAGAACTTAGATATGTCTCACCGGGCCAAATTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 CTTTCTCAAATTTGAGAACTTAGATATGTCTCACCGGGCCAAATTAGCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TGTCTGGCAAAATTATAATTCGGAATCCTATCAAAATTGGTTATGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TGTCTGGCAAAATTATAATTCGGAATCCTATCAAAATTGGTTATGGTAAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GCTACACCCACCACCCGCCTCTGGGTGGGAGGCCTGGGACCTTGGGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GCTACACCCACCACCCGCCTCTGGGTGGGAGGCCTGGGACCTTGGGTTCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 TCTTGCTGCCCTGGCACGAGAATTTGATCGATTTGGCACCATACGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 TCTTGCTGCCCTGGCACGAGAATTTGATCGATTTGGCACCATACGCACCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TAGACTACCGAAAAGGTGATAGTTGGGCATATATCCAGTATGAAAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 TAGACTACCGAAAAGGTGATAGTTGGGCATATATCCAGTATGAAAGCCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GATGCAGCGCATGCTGCCTGGACCCATATGCGGGGCTTCCCACTTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GATGCAGCGCATGCTGCCTGGACCCATATGCGGGGCTTCCCACTTGGTGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 CCCAGATCGACGCCTTAGAGTAGACTTTGCCGACACCGAACATCGTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 CCCAGATCGACGCCTTAGAGTAGACTTTGCCGACACCGAACATCGTTACC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 AGCAGCAGTATCTGCAGCCTCTGCCCTTGACTCATTATGAGCTGGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 AGCAGCAGTATCTGCAGCCTCTGCCCTTGACTCATTATGAGCTGGTGACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 GATGCTTTTGGACATCGGGCACCAGACCCTTTGAGGGGTGCTCGGGATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 GATGCTTTTGGACATCGGGCACCAGACCCTTTGAGGGGTGCTCGGGATAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GACACCACCCTTACTATACAGAGATCGTGATAGGGACCTTTATCCTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GACACCACCCTTACTATACAGAGATCGTGATAGGGACCTTTATCCTGACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 CTGATTGGGTGCCACCCCCACCCCCAGTCCGAGAACGCAGCACTCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 CTGATTGGGTGCCACCCCCACCCCCAGTCCGAGAACGCAGCACTCGGACT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 GCAGCTACTTCTGTGCCTGCTTACGAGCCACTGGATAGCCTAGATCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 GCAGCTACTTCTGTGCCTGCTTACGAGCCACTGGATAGCCTAGATCGCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GCGGGATGGTTGGTCCTTGGACCGGGACAGAGGTGATCGAGATCTGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 GCGGGATGGTTGGTCCTTGGACCGGGACAGAGGTGATCGAGATCTGCCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 GCAGCAGAGACCAGCCTAGGAAGCGAAGGCTGCCTGAGGAGAGTGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 GCAGCAGAGACCAGCCTAGGAAGCGAAGGCTGCCTGAGGAGAGTGGAGGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CGTCATCTGGATAGGTCTCCTGAGAGTGACCGCCCACGAAAACGTCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CGTCATCTGGATAGGTCTCCTGAGAGTGACCGCCCACGAAAACGTCACTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 CGCTCCTTCTCCTGACCGCAGTCCAGAATTGAGCAGTAGCCGGGATCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 CGCTCCTTCTCCTGACCGCAGTCCAGAATTGAGCAGTAGCCGGGATCGTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 ACAACAGCGACAATGATCGATCTTCCCGTCTTCTCTTGGAAAGGCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 ACAACAGCGACAATGATCGATCTTCCCGTCTTCTCTTGGAAAGGCCCTCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 CCAATCAGAGACAGACGAGGTAGTTTGGAGAAGAGCCAGGGTGACAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 CCAATCAGAGACAGACGAGGTAGTTTGGAGAAGAGCCAGGGTGACAAGCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 AGACCGTAAAAACTCTGCATCAGCTGAACGAGATAGGAAGCACCGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 AGACCGTAAAAACTCTGCATCAGCTGAACGAGATAGGAAGCACCGGACAA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 CTGCTCCCACTGAGGGAAAAAGCCCTCTGAAAAAAGAAGACCGCTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 CTGCTCCCACTGAGGGAAAAAGCCCTCTGAAAAAAGAAGACCGCTCTGAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 GGGAGTGCACCTAGCACCAGCACTGCTTCCTCCAAGCTGAAGTCCCCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102251 GGGAGTGCACCTAGCACCAGCACTGCTTCCTCCAAGCTGAAGTCCCCGTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 CCAGAAACAGGATGGGGGGACAGCCCCTGTGGCATCAGCCTCTCCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102301 CCAGAAACAGGATGGGGGGACAGCCCCTGTGGCATCAGCCTCTCCCAAAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 TCTGTTTGGCCTGGCAGGGCATGCTTCTACTGAAGAACAGCAACTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102351 TCTGTTTGGCCTGGCAGGGCATGCTTCTACTGAAGAACAGCAACTTTCCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 TCCAACATGCATCTGTTGCAGGGTGACCTCCAAGTGGCTAGTAGTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102401 TCCAACATGCATCTGTTGCAGGGTGACCTCCAAGTGGCTAGTAGTCTTCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 TGTGGAGGGTTCAACTGGAGGCAAAGTGGCCCAGCTCAAGATCACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102451 TGTGGAGGGTTCAACTGGAGGCAAAGTGGCCCAGCTCAAGATCACTCAGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2501 GTCTCCGTTTGGACCAGCCCAAGTTGGATGAAGTAACTCGACGCATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102501 GTCTCCGTTTGGACCAGCCCAAGTTGGATGAAGTAACTCGACGCATCAAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2551 GTAGCAGGGCCCAATGGTTATGCCATTCTTTTGGCTGTGCCTGGAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102551 GTAGCAGGGCCCAATGGTTATGCCATTCTTTTGGCTGTGCCTGGAAGTTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2601 TGACAGCCGGTCCTCCTCTTCCTCAGCTGCATCAGACACTGCCACTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102601 TGACAGCCGGTCCTCCTCTTCCTCAGCTGCATCAGACACTGCCACTTCTA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2651 CTCAGAGGCCACTTAGGAACCTTGTGTCCTATTTAAAGCAAAAGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102651 CTCAGAGGCCACTTAGGAACCTTGTGTCCTATTTAAAGCAAAAGCAGGCA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2701 GCCGGGGTGATCAGCCTCCCTGTGGGGGGCAACAAAGACAAGGAAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102701 GCCGGGGTGATCAGCCTCCCTGTGGGGGGCAACAAAGACAAGGAAAACAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2751 CGGGGTCCTTCATGCCTTCCCACCTTGTGAGTTCTCCCAGCAGTTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102751 CGGGGTCCTTCATGCCTTCCCACCTTGTGAGTTCTCCCAGCAGTTCCTGG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2801 ATTCCCCTGCCAAGGCACTGGCCAAATCTGAAGAAGATTACCTGGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102801 ATTCCCCTGCCAAGGCACTGGCCAAATCTGAAGAAGATTACCTGGTCATG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2851 ATCATTGTCCGTG         GGTTTGGTTTTCAGATAGGAGTTAGGTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102851 ATCATTGTCCGTGGTG...CAGGGTTTGGTTTTCAGATAGGAGTTAGGTA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :
   2892 TGAGAACAAGAAGAGAGAAAACTTGGCGCTGACCCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106162 TGAGAACAAGAAGAGAGAAAACTTGGCGCTGACCCTGTTA