seq1 = pF1KE5082.tfa, 2049 bp
seq2 = pF1KE5082/gi568815597f_150224943.tfa (gi568815597f:150224943_150452976), 228034 bp

>pF1KE5082 2049
>gi568815597f:150224943_150452976 (Chr1)

1-145  (100001-100145)   100% ->
146-276  (100809-100939)   100% ->
277-423  (103378-103524)   100% ->
424-507  (107742-107825)   100% ->
508-728  (108037-108257)   100% ->
729-1035  (109993-110299)   100% ->
1036-1202  (113218-113384)   100% ->
1203-1282  (115456-115535)   100% ->
1283-1426  (118367-118510)   100% ->
1427-1526  (119220-119319)   100% ->
1527-1640  (119492-119605)   100% ->
1641-1759  (121076-121194)   100% ->
1760-1843  (121466-121549)   100% ->
1844-1905  (124215-124276)   100% ->
1906-2049  (127891-128034)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCACTGTCAAAGAGGGAGCTGGATGAGCTGAAACCATGGATAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCACTGTCAAAGAGGGAGCTGGATGAGCTGAAACCATGGATAGAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACAGTGAAGAGGGTCCTGGGTTTCTCAGAGCCTACGGTGGTCACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACAGTGAAGAGGGTCCTGGGTTTCTCAGAGCCTACGGTGGTCACAGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CATTGAACTGTGTGGGGAAGGGCATGGACAAGAAGAAGGCAGCCG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100101 CATTGAACTGTGTGGGGAAGGGCATGGACAAGAAGAAGGCAGCCGGTA..

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    146     ATCATCTGAAACCTTTTCTTGATGATTCTACTCTCCGATTTGTGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 .CAGATCATCTGAAACCTTTTCTTGATGATTCTACTCTCCGATTTGTGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAACTGTTTGAGGCTGTGGAGGAAGGCCGAAGCTCTAGGCATTCCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100855 CAAACTGTTTGAGGCTGTGGAGGAAGGCCGAAGCTCTAGGCATTCCAAGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTAGCAGTGACAGGAGCAGAAAACGAGAGCTAAAG         GAGGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100905 CTAGCAGTGACAGGAGCAGAAAACGAGAGCTAAAGGTA...TAGGAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGGTGATGACTCTGAGATCTCTAAAGAATCATCAGGAGTAAAGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103384 TTTGGTGATGACTCTGAGATCTCTAAAGAATCATCAGGAGTAAAGAAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACGAATACCCCGTTTTGAGGAGGTGGAAGAAGAGCCAGAGGTGATCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103434 ACGAATACCCCGTTTTGAGGAGGTGGAAGAAGAGCCAGAGGTGATCCCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGCCTCCATCAGAGAGCCCTGGCATGCTGACTAAGCTCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 103484 GGCCTCCATCAGAGAGCCCTGGCATGCTGACTAAGCTCCAGGTT...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCAAACAGATGATGGAGGCAGCAACACGACAAATCGAGGAGAGGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107742 ATCAAACAGATGATGGAGGCAGCAACACGACAAATCGAGGAGAGGAAAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACAGCTGAGCTTCATTAGCCCCCCTACACCTCAG         CCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107792 ACAGCTGAGCTTCATTAGCCCCCCTACACCTCAGGTA...CAGCCAAAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCCTTCTTCCTCCCAACCAGAACGACTTCCTATTGGCAACACTATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108044 CTCCTTCTTCCTCCCAACCAGAACGACTTCCTATTGGCAACACTATTCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCTCCCAGGCTGCCACTTTCATGAATGATGCCATTGAGAAGGCAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108094 CCCTCCCAGGCTGCCACTTTCATGAATGATGCCATTGAGAAGGCAAGGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCAGCTGAACTGCAAGCTCGAATCCAAGCCCAGCTGGCACTGAAGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108144 AGCAGCTGAACTGCAAGCTCGAATCCAAGCCCAGCTGGCACTGAAGCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GACTCATCGGCAATGCCAACATGGTGGGCCTGGCTAATCTCCATGCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108194 GACTCATCGGCAATGCCAACATGGTGGGCCTGGCTAATCTCCATGCCATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GGCATTGCTCCCCC         GAAGGTGGAGTTAAAAGACCAAACGAA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 108244 GGCATTGCTCCCCCGTG...CAGGAAGGTGGAGTTAAAAGACCAAACGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACCTACACCACTGATCCTGGATGAGCAAGGGCGCACTGTAGATGCAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110020 ACCTACACCACTGATCCTGGATGAGCAAGGGCGCACTGTAGATGCAACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCAAGGAGATTGAGCTGACACACCGCATGCCTACTCTGAAAGCCAATATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110070 GCAAGGAGATTGAGCTGACACACCGCATGCCTACTCTGAAAGCCAATATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGTGCTGTGAAGAGGGAACAATTCAAGCAACAACTAAAGGAAAAGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110120 CGTGCTGTGAAGAGGGAACAATTCAAGCAACAACTAAAGGAAAAGCCATC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 AGAAGACATGGAATCCAATACCTTTTTTGACCCCCGAGTCTCCATTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110170 AGAAGACATGGAATCCAATACCTTTTTTGACCCCCGAGTCTCCATTGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTTCCCAGCGCCAGAGACGCACTTTTAAATTCCATGACAAGGGCAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110220 CTTCCCAGCGCCAGAGACGCACTTTTAAATTCCATGACAAGGGCAAATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAGAAGATTGCTCAGCGATTACGGACAAAG         GCTCAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 110270 GAGAAGATTGCTCAGCGATTACGGACAAAGGTA...TAGGCTCAACTGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GAAGCTACAGGCAGAGATTTCACAAGCAGCTCGAAAAACAGGCATCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113229 GAAGCTACAGGCAGAGATTTCACAAGCAGCTCGAAAAACAGGCATCCATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 CTTCGACTAGGCTTGCCCTCATTGCTCCTAAGAAGGAGCTAAAGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113279 CTTCGACTAGGCTTGCCCTCATTGCTCCTAAGAAGGAGCTAAAGGAAGGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GATATTCCTGAAATTGAGTGGTGGGACTCTTACATAATCCCCAATGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113329 GATATTCCTGAAATTGAGTGGTGGGACTCTTACATAATCCCCAATGGCTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TGATCT         TACAGAGGAAAATCCCAAGAGAGAAGATTATTTTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113379 TGATCTGTG...TAGTACAGAGGAAAATCCCAAGAGAGAAGATTATTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GAATCACAAATCTTGTTGAACATCCAGCCCAGCTCAATCCTCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 115491 GAATCACAAATCTTGTTGAACATCCAGCCCAGCTCAATCCTCCAGGTA..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283     TTGACAATGACACACCAGTTACTCTGGGAGTATATCTTACCAAGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115541 .CAGTTGACAATGACACACCAGTTACTCTGGGAGTATATCTTACCAAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GGAACAGAAAAAACTTCGGAGACAAACAAGGAGGGAAGCACAGAAGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118413 GGAACAGAAAAAACTTCGGAGACAAACAAGGAGGGAAGCACAGAAGGAAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TACAAGAAAAAGTCAGGCTGGGCCTGATGCCTCCTCCAGAACCCAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118463 TACAAGAAAAAGTCAGGCTGGGCCTGATGCCTCCTCCAGAACCCAAAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1427        TGAGAATTTCTAATTTGATGCGAGTATTAGGAACAGAAGCTGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118513 G...CAGTGAGAATTTCTAATTTGATGCGAGTATTAGGAACAGAAGCTGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 TCAAGACCCCACGAAGGTAGAAGCCCACGTCAGAGCTCAGATGGCAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119263 TCAAGACCCCACGAAGGTAGAAGCCCACGTCAGAGCTCAGATGGCAAAAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GACAGAA         AGCGCATGAAGAGGCCAACGCTGCCCGAAAACTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119313 GACAGAAGTA...CAGAGCGCATGAAGAGGCCAACGCTGCCCGAAAACTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 ACAGCAGAACAGAGAAAGGTCAAGAAAATTAAAAAGCTTAAAGAAGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119526 ACAGCAGAACAGAGAAAGGTCAAGAAAATTAAAAAGCTTAAAGAAGACAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TTCACAGGGGGTACACATATCTGTATATAG         AGTTCGAAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 119576 TTCACAGGGGGTACACATATCTGTATATAGGTA...CAGAGTTCGAAATT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 TGAGCAACCCAGCCAAGAAGTTCAAGATTGAAGCCAATGCTGGGCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121087 TGAGCAACCCAGCCAAGAAGTTCAAGATTGAAGCCAATGCTGGGCAACTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 TACCTGACAGGGGTGGTGGTACTGCACAAGGATGTCAACGTGGTAGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121137 TACCTGACAGGGGTGGTGGTACTGCACAAGGATGTCAACGTGGTAGTAGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GGAAGGGG         GCCCCAAGGCCCAGAAGAAATTTAAGCGTCTTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 121187 GGAAGGGGGTG...CAGGCCCCAAGGCCCAGAAGAAATTTAAGCGTCTTA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TGCTGCATCGGATAAAGTGGGATGAACAGACATCTAACACAAAGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121499 TGCTGCATCGGATAAAGTGGGATGAACAGACATCTAACACAAAGGGAGAT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 G         ATGATGAGGAGTCTGATGAGGAAGCTGTGAAGAAAACCAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121549 GGTG...CAGATGATGAGGAGTCTGATGAGGAAGCTGTGAAGAAAACCAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 CAAATGTGTACTAGTCTGGGAG         GGTACAGCCAAAGACCGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124255 CAAATGTGTACTAGTCTGGGAGGTA...TAGGGTACAGCCAAAGACCGGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 GCTTTGGAGAGATGAAGTTCAAACAGTGTCCTACAGAGAACATGGCTCGT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 127910 GCTTTGGAGAGATGAAGTTTAAACAGTGTCCTACAGAGAACATGGCTCGT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 GAGCATTTCAAAAAGCATGGGGCTGAACACTACTGGGACCTTGCGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127960 GAGCATTTCAAAAAGCATGGGGCTGAACACTACTGGGACCTTGCGCTGAG

   2150     .    :    .    :    .
   2025 TGAATCTGTGTTAGAGTCCACTGAT
        |||||||||||||||||||||||||
 128010 TGAATCTGTGTTAGAGTCCACTGAT