seq1 = pF1KE5079.tfa, 1077 bp
seq2 = pF1KE5079/gi568815586f_48425632.tfa (gi568815586f:48425632_48628100), 202469 bp

>pF1KE5079 1077
>gi568815586f:48425632_48628100 (Chr12)

1-888  (100001-100888)   99% ->
889-1077  (102281-102469)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTTGGGGAATCACAGCACCATCACCGAGTTCCTCCTCCTTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTTGGGGAATCACAGCACCATCACCGAGTTCCTCCTCCTTGGGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTCTGCCGACCCCAACATCCGGGCTCTGCTCTTTGTGCTGTTCCTGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTCTGCCGACCCCAACATCCGGGCTCTGCTCTTTGTGCTGTTCCTGGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTACCTCCTGACCATAATGGAAAACCTGATGCTGCTGCTCGTGATCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100101 TTTACCTCCTGACCATAATGGAAAACCTGATGCTGCTGCTCATGATCAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTGATTCTTGTCTCCATAAGCCCATGTATTTCTTCCTGAGTCACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTGATTCTTGTCTCCATAAGCCCATGTATTTCTTCCTGAGTCACCTCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTGTTGATCTCTGCTTCTCTTCAGTCATTGTGCCCAAGATGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTTGTTGATCTCTGCTTCTCTTCAGTCATTGTGCCCAAGATGCTGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACCTCCTGTCACAGAGGAAAACCATTTCAGTAGAGGGCTGCCTGGCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACCTCCTGTCACAGAGGAAAACCATTTCAGTAGAGGGCTGCCTGGCTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCTTCTTTGTGTTTGTCACTGCAGGGACTGAAGCCTGCCTTCTCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCTTCTTTGTGTTTGTCACTGCAGGGACTGAAGCCTGCCTTCTCTCAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATGGCCTATGACCGCCATGCTGCCATCTGCCGCCCACTACTTTATGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATGGCCTATGACCGCCATGCTGCCATCTGCCGCCCACTACTTTATGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGATCATGGGTAAACAGCTGTATATGCACCTTGTGTGGGGCTCATGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGATCATGGGTAAACAGCTGTATATGCACCTTGTGTGGGGCTCATGGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CTGGGCTTTCTGGACGCACTCATCAATGTCCTCCTAGCTGTAAACATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 CTGGGCTTTCTGGACGCACTCATCAATGTCCTCCTAGCTGTAAACATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CTTTTGTGAAGCCAAAATCATTCACCACTACAGCTATGAGATGCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CTTTTGTGAAGCCAAAATCATTCACCACTACAGCTATGAGATGCCATCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TCCTCCCTCTGTCCTGCTCTGATATCTCCAGAAGCCTCATCGCCTTGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTCCCTCTGTCCTGCTCTGATATCTCCAGAAGCCTCATCGCCTTGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGCTCCACTCTCCTACATGGGCTGGGAAACTTCCTTTTGGTCTTCTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGCTCCACTCTCCTACATGGGCTGGGAAACTTCCTTTTGGTCTTCTTATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CTACACCCGTATAATCTCTACCATCCTAAGCATCAGCTCTACCTCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CTACACCCGTATAATCTCTACCATCCTAAGCATCAGCTCTACCTCGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GAAGCAAGGCCTTCTCCACCTGCTCTGCCCACCTCACTGCAGTGACACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GAAGCAAGGCCTTCTCCACCTGCTCTGCCCACCTCACTGCAGTGACACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TACTATGGCTCAGGTTTGCTCCGCCATCTCATGCCAAACTCAGGTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TACTATGGCTCAGGTTTGCTCCGCCATCTCATGCCAAACTCAGGTTCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 CATAGAGTTGATCTTCTCTGTGCAGTATACTGTAGTCACTCCCATGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATAGAGTTGATCTTCTCTGTGCAGTATACTGTAGTCACTCCCATGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATTCCCTCATCTATAGCCTGAAAAATAAGGAAGTGAAG         GGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100851 ATTCCCTCATCTATAGCCTGAAAAATAAGGAAGTGAAGGTA...AAGGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GAAAGAAGCCTCCGGGACAGCAGTCATTTGCCTCAGCTGCACAAAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102284 GAAAGAAGCCTCCGGGACAGCAGTCATTTGCCTCAGCTGCACAAAGGCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GGCCAGATGGAAGAGACCAGCCTTCACCGAAGGCCGCAGGGAGCCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102334 GGCCAGATGGAAGAGACCAGCCTTCACCGAAGGCCGCAGGGAGCCCGGAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ACCCGGAGCTGAGCATTCCGGTCACGCCTCAACCCCAAGGGGCCTGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102384 ACCCGGAGCTGAGCATTCCGGTCACGCCTCAACCCCAAGGGGCCTGCGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .
   1042 TGCTCCGCGCTGCGCGCGGCGCCCACGGCCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102434 TGCTCCGCGCTGCGCGCGGCGCCCACGGCCCTGCCC