seq1 = pF1KE5072.tfa, 450 bp
seq2 = pF1KE5072/gi568815597f_159681101.tfa (gi568815597f:159681101_159882335), 201235 bp

>pF1KE5072 450
>gi568815597f:159681101_159882335 (Chr1)

1-267  (100001-100267)   100% ->
268-450  (101053-101235)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGTGCAGCCCCCCAACTTCTCCTGGGTGCTTCCGGGCCGGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCGTGCAGCCCCCCAACTTCTCCTGGGTGCTTCCGGGCCGGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGACTGGCGCTGCCGCGGCTCCCCGCCCACTACCAGTTCCTGTTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGACTGGCGCTGCCGCGGCTCCCCGCCCACTACCAGTTCCTGTTGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGCGTGCGGCACCTGGTGTCCCTGACGGAGCGCGGGCCCCCTCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGCGTGCGGCACCTGGTGTCCCTGACGGAGCGCGGGCCCCCTCACAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GACAGCTGCCCCGGCCTCACCCTGCACCGCCTGCGCATCCCCGACTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GACAGCTGCCCCGGCCTCACCCTGCACCGCCTGCGCATCCCCGACTTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCGCCGGCCCCCGACCAGATCGACCGCTTCGTGCAGATCGTGGACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCGCCGGCCCCCGACCAGATCGACCGCTTCGTGCAGATCGTGGACGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCAACGCACGGGGAGAG         GCTGTGGGAGTGCACTGTGCTCTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAACGCACGGGGAGAGGTC...TAGGCTGTGGGAGTGCACTGTGCTCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGCTTTGGCCGCACTGGCACCATGCTGGCCTGTTACCTGGTGAAGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101077 GGCTTTGGCCGCACTGGCACCATGCTGGCCTGTTACCTGGTGAAGGAGCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGCTTGGCTGCAGGAGATGCCATTGCTGAAATCCGACGACTACGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101127 GGGCTTGGCTGCAGGAGATGCCATTGCTGAAATCCGACGACTACGACCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCTCCATCGAGACCTATGAGCAGGAGAAAGCAGTCTTCCAGTTCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101177 GCTCCATCGAGACCTATGAGCAGGAGAAAGCAGTCTTCCAGTTCTACCAG

    450     .
    442 CGAACGAAA
        |||||||||
 101227 CGAACGAAA