seq1 = pF1KE5065.tfa, 1770 bp
seq2 = pF1KE5065/gi568815588f_132297227.tfa (gi568815588f:132297227_132506270), 209044 bp

>pF1KE5065 1770
>gi568815588f:132297227_132506270 (Chr10)

1-125  (100001-100125)   100% ->
126-1770  (107400-109044)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCCGCGCGCCGGCTGCCGGCTGCCGGTGCGGGTGGAGCAGGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCCGCGCGCCGGCTGCCGGCTGCCGGTGCGGGTGGAGCAGGTCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACGGCGCGCTGGTGGTCACGGTGAGCTGCGGCGAGCGGAGCTTCGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACGGCGCGCTGGTGGTCACGGTGAGCTGCGGCGAGCGGAGCTTCGCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGATCCTGCTGGACTGCACGAAAAA         GTCCGGCCTCTTTGGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100101 GGATCCTGCTGGACTGCACGAAAAAGTG...CAGGTCCGGCCTCTTTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTACCCCCGTTGGCTCCGCTGCCCCAGGTCGATGAGTCCCCTGTCAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107416 CTACCCCCGTTGGCTCCGCTGCCCCAGGTCGATGAGTCCCCTGTCAACGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAGCCATGGCCGGGCTCCCGAGGAGGGGGATGCAGAGGTGATGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107466 CAGCCATGGCCGGGCTCCCGAGGAGGGGGATGCAGAGGTGATGCAGCTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGTCCAGCTCCCCCCCTCCTGCCCGCGGGGTTCAGCCCCCCGAGACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107516 GGTCCAGCTCCCCCCCTCCTGCCCGCGGGGTTCAGCCCCCCGAGACCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCCCCGAGCCACCCCCGCCCCTCGTGCCGCCGCTGCCCGCCGGAAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107566 CGCCCCGAGCCACCCCCGCCCCTCGTGCCGCCGCTGCCCGCCGGAAGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCCCCGTACCCTCCCTACTTCGAAGGCGCCCCCTTCCCTCACCCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107616 GCCCCCGTACCCTCCCTACTTCGAAGGCGCCCCCTTCCCTCACCCGCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGCTCCGGGACACGTACAAGCTGTGGGTGCCCCAGCCGCCGCCCAGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107666 GGCTCCGGGACACGTACAAGCTGTGGGTGCCCCAGCCGCCGCCCAGGACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATCAAGCGCACGCGGCGGCGTCTGTCCCGCAACCGCGACCCGGGGCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107716 ATCAAGCGCACGCGGCGGCGTCTGTCCCGCAACCGCGACCCGGGGCGCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CATCCTCAGCACCATCCGCCTGCGGCCGCGCCAGGTGCTCTGTGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107766 CATCCTCAGCACCATCCGCCTGCGGCCGCGCCAGGTGCTCTGTGAGAAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCAAGAGCACGCTGAGCCCCCCGGAGGCCAGCCCCGGACCCCCAGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107816 GCAAGAGCACGCTGAGCCCCCCGGAGGCCAGCCCCGGACCCCCAGCCGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCCAGGGCCCGCAGGAGGCTGGGCAGCGGCCCGGACAGGGAGCTCCGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107866 CCCAGGGCCCGCAGGAGGCTGGGCAGCGGCCCGGACAGGGAGCTCCGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GCCGGAGGAGCCGGAGAACGGCGAGCCCACGGCTGCGGCCACCGCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107916 GCCGGAGGAGCCGGAGAACGGCGAGCCCACGGCTGCGGCCACCGCCAGGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GGAGCAAGAGGGAGAGGCGCGAGGAGGACAGGGCCCCGGCAGAGCAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107966 GGAGCAAGAGGGAGAGGCGCGAGGAGGACAGGGCCCCGGCAGAGCAGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCGCGGAGCCCGGTCATCAAGATCTCCTACAGCACGCCCCAGGGCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108016 CCGCGGAGCCCGGTCATCAAGATCTCCTACAGCACGCCCCAGGGCAAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGAGGTGGTCAAGATCCCCTCCCGCGTGCACGGCTCTCTGGAGCCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108066 AGAGGTGGTCAAGATCCCCTCCCGCGTGCACGGCTCTCTGGAGCCCTTCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GTCCCCAGCAGGCCCCGCAGGACGACGGCAGCCAGGACCCCGAGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108116 GTCCCCAGCAGGCCCCGCAGGACGACGGCAGCCAGGACCCCGAGGTGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GACAGAGAGTCCCGGGACCGGCCGTCCTGCGCGCCCTCGGCCTCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108166 GACAGAGAGTCCCGGGACCGGCCGTCCTGCGCGCCCTCGGCCTCCATCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CAAGTTGAAACTGACACGGCCTGTGCCGGCCGGCGCGGACCTGCCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108216 CAAGTTGAAACTGACACGGCCTGTGCCGGCCGGCGCGGACCTGCCGCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTAAGATCCGCCTGAAGCCCCACCGTCTGGGGGACAGCGAGCACGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108266 CTAAGATCCGCCTGAAGCCCCACCGTCTGGGGGACAGCGAGCACGAGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GTGTACCGGGCCGAGCTGGTGGGGGAGCTGAACGGGTACCTGCGGGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108316 GTGTACCGGGCCGAGCTGGTGGGGGAGCTGAACGGGTACCTGCGGGACAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CTCGCCGGCGCCCTGTGCGGACGGCCCTGCCGGTGGGCTGGCGGACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108366 CTCGCCGGCGCCCTGTGCGGACGGCCCTGCCGGTGGGCTGGCGGACTTGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CTTCTGGAAGTTCGGGTGAGGACGATGACTTCAAGAGCTGTCCCCAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108416 CTTCTGGAAGTTCGGGTGAGGACGATGACTTCAAGAGCTGTCCCCAGGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 CCACAGGGACGCGAGGGCTTGGCTTTTCTCGTCAGCTGCCCTGAGGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108466 CCACAGGGACGCGAGGGCTTGGCTTTTCTCGTCAGCTGCCCTGAGGGGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 AGCGGACTGTGCCAGTGAGTCGGCGTGCAGCAGCGACAGCCTGGACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108516 AGCGGACTGTGCCAGTGAGTCGGCGTGCAGCAGCGACAGCCTGGACGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 CCAGATCGTCCGGCTCGGAAGGGACGCCGGCAGACACGGGTGACCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108566 CCAGATCGTCCGGCTCGGAAGGGACGCCGGCAGACACGGGTGACCTCTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 CCTGGCCACGGCGCGTCAGCGCCCTCGGTGTCCAGAGAGGCTCGCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108616 CCTGGCCACGGCGCGTCAGCGCCCTCGGTGTCCAGAGAGGCTCGCCAAAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GGTGCCGCCCCTGACGGTCAGGCTGCACACACAGAGCGTGTCGGAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108666 GGTGCCGCCCCTGACGGTCAGGCTGCACACACAGAGCGTGTCGGAGTGCA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 TCACGGAGGACGGCAGGACTGTGGCCGTGGGGGACATCGTCTGGGGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108716 TCACGGAGGACGGCAGGACTGTGGCCGTGGGGGACATCGTCTGGGGTAAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 ATCCATGGTTTTCCTTGGTGGCCGGCGCGTGTTCTTGACATCAGTCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108766 ATCCATGGTTTTCCTTGGTGGCCGGCGCGTGTTCTTGACATCAGTCTCGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CCAGAAGGAGGACGGAGAGCCGTCTTGGCGAGAAGCGAAGGTCTCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108816 CCAGAAGGAGGACGGAGAGCCGTCTTGGCGAGAAGCGAAGGTCTCGTGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 TTGGTTCTCCGACTACGTCGTTCTTGTCTATTTCAAAACTCTCCCCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108866 TTGGTTCTCCGACTACGTCGTTCTTGTCTATTTCAAAACTCTCCCCTTTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 TCTGAATTTTTCAAACTGAGATTTAATCGTAAGAAGAAGGGGATGTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108916 TCTGAATTTTTCAAACTGAGATTTAATCGTAAGAAGAAGGGGATGTATCG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1692 GAAAGCTATAACCGAGGCTGCAAATGCCGCAAGACACGTGGCCCCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108966 GAAAGCTATAACCGAGGCTGCAAATGCCGCAAGACACGTGGCCCCGGAAA

   1750     .    :    .    :    .
   1742 TCAGGGAGCTCTTAACCCAGTTTGAAACG
        |||||||||||||||||||||||||||||
 109016 TCAGGGAGCTCTTAACCCAGTTTGAAACG