seq1 = pF1KE5064.tfa, 1662 bp
seq2 = pF1KE5064/gi568815594r_46828228.tfa (gi568815594r:46828228_47093424), 265197 bp

>pF1KE5064 1662
>gi568815594r:46828228_47093424 (Chr4)

(complement)

1-86  (100001-100086)   98% ->
87-205  (100479-100597)   99% ->
206-273  (114327-114394)   100% ->
274-494  (115795-116015)   100% ->
495-577  (116282-116364)   100% ->
578-721  (119050-119193)   100% ->
722-874  (122190-122342)   100% ->
875-1134  (128196-128455)   100% ->
1135-1662  (164670-165197)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTTTCTGCCAAGAAGGTACCCGCTATCGCTCTGTCCGCCGGGGTCAG
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTTTCTGCCAAGAAGGTACCCGCGATCGCTCTGTCCGCCGGGGTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTCGCCCTCCTGCGCTTCCTGTGCCTGGCGGTTTG         TTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||| |
 100051 TTTCGCCCTCCTGCGCTTCCTGTGCCTGGCGGTTTGGTG...CAGTTTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACGAATCCCCAGGACAGAACCAAAAGGAGGAGAAATTGTGCACAGAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100484 ACGAATCCCCAGGACAGAACCAAAAGGAGGAGAAATTGTGCACAGAAAAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCACCCGCATCCTGGACAGTTTGCTCGATGGTTATGACAACAGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100534 TTCACCCGCATCCTGGACAGTTTGCTCGATGGTTATGACAACAGGCTGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCTGGATTTGGGG         GTCCTGTTACAGAAGTGAAAACTGACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100584 TCCTGGATTTGGGGGTA...TAGGTCCTGTTACAGAAGTGAAAACTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TATATGTCACCAGCTTTGGACCTGTTTCTGATGTTGAAATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 114354 TATATGTCACCAGCTTTGGACCTGTTTCTGATGTTGAAATGGTA...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAATACACAATGGATGTGTTCTTCAGGCAGACATGGATTGACAAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115795 GAATACACAATGGATGTGTTCTTCAGGCAGACATGGATTGACAAAAGATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAAATATGACGGCCCCATTGAAATTTTGAGATTGAACAATATGATGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115845 AAAATATGACGGCCCCATTGAAATTTTGAGATTGAACAATATGATGGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGAAAGTGTGGACCCCTGATACTTTCTTCAGGAATGGAAAGAAATCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115895 CGAAAGTGTGGACCCCTGATACTTTCTTCAGGAATGGAAAGAAATCTGTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCACATAATATGACAGCTCCAAATAAGCTTTTTAGAATTATGAGAAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115945 TCACATAATATGACAGCTCCAAATAAGCTTTTTAGAATTATGAGAAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TACTATTTTATACACAATGAG         ACTCACCATAAGTGCGGAGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115995 TACTATTTTATACACAATGAGGTA...TAGACTCACCATAAGTGCGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTCCCATGAGATTGGTGGATTTTCCCATGGATGGTCATGCATGCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116302 GTCCCATGAGATTGGTGGATTTTCCCATGGATGGTCATGCATGCCCTTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAATTCGGGAGTT         ATGCCTATCCAAAGAGTGAGATGATCTA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 116352 AAATTCGGGAGTTGTA...TAGATGCCTATCCAAAGAGTGAGATGATCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TACCTGGACAAAAGGTCCTGAGAAATCAGTTGAAGTTCCGAAGGAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119078 TACCTGGACAAAAGGTCCTGAGAAATCAGTTGAAGTTCCGAAGGAGTCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCAGCTTAGTTCAATATGATTTGATTGGGCAAACCGTATCAAGTGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119128 CCAGCTTAGTTCAATATGATTTGATTGGGCAAACCGTATCAAGTGAAACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATCAAATCAATTACGG         GTGAATATATTGTTATGACGGTTTA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 119178 ATCAAATCAATTACGGGTG...CAGGTGAATATATTGTTATGACGGTTTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTCCACCTCAGACGGAAGATGGGTTATTTTATGATTCAGACCTATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122215 CTTCCACCTCAGACGGAAGATGGGTTATTTTATGATTCAGACCTATATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CGTGCATTATGACAGTGATTCTTTCTCAAGTTTCATTTTGGATAAATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122265 CGTGCATTATGACAGTGATTCTTTCTCAAGTTTCATTTTGGATAAATAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GAATCAGTTCCCGCTAGGACTGTATTTG         GAATAACAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 122315 GAATCAGTTCCCGCTAGGACTGTATTTGGTA...AAGGAATAACAACTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTCACCATGACCACACTAAGCATCAGTGCACGACATTCTTTGCCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128209 CCTCACCATGACCACACTAAGCATCAGTGCACGACATTCTTTGCCCAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGTCCTATGCTACCGCCATGGACTGGTTCATAGCTGTCTGCTTTGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128259 TGTCCTATGCTACCGCCATGGACTGGTTCATAGCTGTCTGCTTTGCTTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GTATTTTCGGCCCTTATCGAGTTTGCTGCTGTCAACTATTTCACCAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128309 GTATTTTCGGCCCTTATCGAGTTTGCTGCTGTCAACTATTTCACCAATAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TCAAATGGAAAAAGCCAAAAGGAAGACATCAAAGCCCCCTCAGGAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128359 TCAAATGGAAAAAGCCAAAAGGAAGACATCAAAGCCCCCTCAGGAAGTTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CCGCTGCTCCAGTGCAGAGAGAGAAGCATCCTGAAGCCCCTCTGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 128409 CCGCTGCTCCAGTGCAGAGAGAGAAGCATCCTGAAGCCCCTCTGCAGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1135       AATACAAATGCCAATTTGAACATGAGAAAAAGAACAAATGCTTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128459 ...CAGAATACAAATGCCAATTTGAACATGAGAAAAAGAACAAATGCTTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGTTCACTCTGAATCTGATGTTGGCAACAGAACTGAGGTGGGAAACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164714 GGTTCACTCTGAATCTGATGTTGGCAACAGAACTGAGGTGGGAAACCATT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CAAGCAAATCTTCCACAGTTGTTCAAGAATCTTCTAAAGGCACACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164764 CAAGCAAATCTTCCACAGTTGTTCAAGAATCTTCTAAAGGCACACCTCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCTTACTTAGCTTCCAGTCCAAACCCATTCAGCCGTGCAAATGCAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164814 TCTTACTTAGCTTCCAGTCCAAACCCATTCAGCCGTGCAAATGCAGCTGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 AACCATATCTGCAGCAAGAGCACTTCCATCTGCTTCTCCTACTTCTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164864 AACCATATCTGCAGCAAGAGCACTTCCATCTGCTTCTCCTACTTCTATCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GAACTGGATATATGCCTCGAAAGGCTTCAGTTGGATCTGCTTCTACTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164914 GAACTGGATATATGCCTCGAAAGGCTTCAGTTGGATCTGCTTCTACTCGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 CACGTGTTTGGATCAAGACTGCAGAGGATAAAGACCACAGTTAATACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164964 CACGTGTTTGGATCAAGACTGCAGAGGATAAAGACCACAGTTAATACCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AGGGGCTACTGGGAAGTTGTCAGCTACTCCTCCTCCATCGGCTCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165014 AGGGGCTACTGGGAAGTTGTCAGCTACTCCTCCTCCATCGGCTCCACCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CTTCTGGATCTGGCACAAGTAAAATAGACAAATATGCCCGTATTCTCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165064 CTTCTGGATCTGGCACAAGTAAAATAGACAAATATGCCCGTATTCTCTTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CCAGTCACATTTGGGGCATTTAACATGGTTTATTGGGTTGTTTATTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165114 CCAGTCACATTTGGGGCATTTAACATGGTTTATTGGGTTGTTTATTTATC

   1700     .    :    .    :    .    :
   1629 TAAGGACACTATGGAGAAATCAGAAAGTCTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165164 TAAGGACACTATGGAGAAATCAGAAAGTCTAATG