seq1 = pF1KE5056.tfa, 672 bp
seq2 = pF1KE5056/gi568815592f_40953348.tfa (gi568815592f:40953348_41161868), 208521 bp

>pF1KE5056 672
>gi568815592f:40953348_41161868 (Chr6)

1-131  (100001-100131)   100% ->
132-672  (107981-108521)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGAAGGAAGAGGCTGCTGTGGCCACTGAGGCTGCCTCCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAGAAGGAAGAGGCTGCTGTGGCCACTGAGGCTGCCTCCCAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGGGGAGGATCTGGAGAACCTGGACGACCCTGAGAAGCTGAAAGAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGGGGAGGATCTGGAGAACCTGGACGACCCTGAGAAGCTGAAAGAGCTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGAGCTGCCGCCCTTTGAGATTGTCACAGG         AGAACGGCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100101 TTGAGCTGCCGCCCTTTGAGATTGTCACAGGGTA...CAGAGAACGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCTGCCAACTTCTTTAAATTCCAGTTCCGGAATGTGGAGTACAGTTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107991 CCTGCCAACTTCTTTAAATTCCAGTTCCGGAATGTGGAGTACAGTTCCGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGGAACAAGACCTTCCTCTGCTATGTGGTTGAAGCACAGGGCAAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108041 GAGGAACAAGACCTTCCTCTGCTATGTGGTTGAAGCACAGGGCAAGGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCCAAGTGCAGGCATCTCGGGGATACCTAGAGGATGAGCATGCGGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108091 GCCAAGTGCAGGCATCTCGGGGATACCTAGAGGATGAGCATGCGGCTGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CATGCAGAGGAAGCTTTCTTCAACACCATCCTGCCAGCCTTCGACCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108141 CATGCAGAGGAAGCTTTCTTCAACACCATCCTGCCAGCCTTCGACCCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTGCGGTACAATGTCACCTGGTATGTGTCCTCCAGCCCCTGTGCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108191 CCTGCGGTACAATGTCACCTGGTATGTGTCCTCCAGCCCCTGTGCAGCGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GTGCTGACCGCATTATCAAAACCCTTAGCAAGACCAAGAACCTGCGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108241 GTGCTGACCGCATTATCAAAACCCTTAGCAAGACCAAGAACCTGCGTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CTCATTCTGGTGGGTCGACTCTTCATGTGGGAGGAGCCGGAGATCCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108291 CTCATTCTGGTGGGTCGACTCTTCATGTGGGAGGAGCCGGAGATCCAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TGCTCTGAAGAAGCTGAAGGAGGCTGGCTGTAAACTGCGCATCATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108341 TGCTCTGAAGAAGCTGAAGGAGGCTGGCTGTAAACTGCGCATCATGAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCCAGGACTTCGAATATGTCTGGCAGAATTTTGTGGAGCAAGAAGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108391 CCCAGGACTTCGAATATGTCTGGCAGAATTTTGTGGAGCAAGAAGAGGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAATCCAAGGCCTTTCAGCCCTGGGAGGACATTCAGGAGAACTTCCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108441 GAATCCAAGGCCTTTCAGCCCTGGGAGGACATTCAGGAGAACTTCCTATA

    650     .    :    .    :    .    :
    642 CTACGAGGAGAAGTTGGCAGACATCCTGAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 108491 CTACGAGGAGAAGTTGGCAGACATCCTGAAG