seq1 = pF1KE5019.tfa, 1050 bp
seq2 = pF1KE5019/gi568815586f_57355537.tfa (gi568815586f:57355537_57556845), 201309 bp

>pF1KE5019 1050
>gi568815586f:57355537_57556845 (Chr12)

1-298  (100001-100298)   100% ->
299-1050  (100558-101309)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGCTCCCTGATGTCCAGCTCTGGCTGGTGCTGCTGTGGGCACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGGCTCCCTGATGTCCAGCTCTGGCTGGTGCTGCTGTGGGCACTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGAGCACAGGGGACAGGGTCTGTGTGTCCCTCCTGTGGGGGCTCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGAGCACAGGGGACAGGGTCTGTGTGTCCCTCCTGTGGGGGCTCCAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCACCCCAAGCAGAACGAGCTCTGGTGCTGGAGCTAGCCAAGCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCACCCCAAGCAGAACGAGCTCTGGTGCTGGAGCTAGCCAAGCAGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCCTGGATGGGTTGCACCTGACCAGTCGTCCCAGAATAACTCATCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCCTGGATGGGTTGCACCTGACCAGTCGTCCCAGAATAACTCATCCTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACCCCAGGCAGCGCTGACCAGAGCCCTCCGGAGACTACAGCCAGGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACCCCAGGCAGCGCTGACCAGAGCCCTCCGGAGACTACAGCCAGGGAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGCTCCAGGGAATGGGGAGGAGGTCATCAGCTTTGCTACTGTCACAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100251 TGGCTCCAGGGAATGGGGAGGAGGTCATCAGCTTTGCTACTGTCACAGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    299        ACTCCACTTCAGCCTACAGCTCCCTGCTCACTTTTCACCTGTC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 G...CAGACTCCACTTCAGCCTACAGCTCCCTGCTCACTTTTCACCTGTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACTCCTCGGTCCCACCACCTGTACCATGCCCGCCTGTGGCTGCACGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CACTCCTCGGTCCCACCACCTGTACCATGCCCGCCTGTGGCTGCACGTGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TCCCCACCCTTCCTGGCACTCTTTGCTTGAGGATCTTCCGATGGGGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCCCCACCCTTCCTGGCACTCTTTGCTTGAGGATCTTCCGATGGGGACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGGAGGAGGCGCCAAGGGTCCCGCACTCTCCTGGCTGAGCACCACATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 AGGAGGAGGCGCCAAGGGTCCCGCACTCTCCTGGCTGAGCACCACATCAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAACCTGGGCTGGCATACCTTAACTCTGCCCTCTAGTGGCTTGAGGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAACCTGGGCTGGCATACCTTAACTCTGCCCTCTAGTGGCTTGAGGGGTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGAAGTCTGGTGTCCTGAAACTGCAACTAGACTGCAGACCCCTAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 AGAAGTCTGGTGTCCTGAAACTGCAACTAGACTGCAGACCCCTAGAAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AACAGCACAGTTACTGGACAACCGAGGCGGCTCTTGGACACAGCAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 AACAGCACAGTTACTGGACAACCGAGGCGGCTCTTGGACACAGCAGGACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCAGCAGCCCTTCCTAGAGCTTAAGATCCGAGCCAATGAGCCTGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCAGCAGCCCTTCCTAGAGCTTAAGATCCGAGCCAATGAGCCTGGAGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCCGGGCCAGGAGGAGGACCCCCACCTGTGAGCCTGCGACCCCCTTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCCGGGCCAGGAGGAGGACCCCCACCTGTGAGCCTGCGACCCCCTTATGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TGCAGGCGAGACCATTACGTAGACTTCCAGGAACTGGGATGGCGGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGCAGGCGAGACCATTACGTAGACTTCCAGGAACTGGGATGGCGGGACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GATACTGCAGCCCGAGGGGTACCAGCTGAATTACTGCAGTGGGCAGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GATACTGCAGCCCGAGGGGTACCAGCTGAATTACTGCAGTGGGCAGTGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CTCCCCACCTGGCTGGCAGCCCAGGCATTGCTGCCTCTTTCCATTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CTCCCCACCTGGCTGGCAGCCCAGGCATTGCTGCCTCTTTCCATTCTGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTCTTCAGCCTCCTCAAAGCCAACAATCCTTGGCCTGCCAGTACCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 GTCTTCAGCCTCCTCAAAGCCAACAATCCTTGGCCTGCCAGTACCTCCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TTGTGTCCCTACTGCCCGAAGGCCCCTCTCTCTCCTCTACCTGGATCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 TTGTGTCCCTACTGCCCGAAGGCCCCTCTCTCTCCTCTACCTGGATCATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 ATGGCAATGTGGTCAAGACGGATGTGCCAGATATGGTGGTGGAGGCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 ATGGCAATGTGGTCAAGACGGATGTGCCAGATATGGTGGTGGAGGCCTGT

   1050     .
   1042 GGCTGCAGC
        |||||||||
 101301 GGCTGCAGC