seq1 = pF1KE5016.tfa, 1002 bp
seq2 = pF1KE5016/gi568815589r_137068857.tfa (gi568815589r:137068857_137269886), 201030 bp

>pF1KE5016 1002
>gi568815589r:137068857_137269886 (Chr9)

(complement)

1-673  (99944-100616)   99% ->
674-1002  (100702-101030)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGGGGCCCTTCCTGGTTGCGGCCTCGGCCGCTGCTGCTGCTGTTGCT
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
  99944 ATGCGGGGCCCTTCCTGGTCGCGGCCTCGGCCGCTGCTGCTGCTGTTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGCTGTCGCCTTGGCCTGTCTGGGCCCATGTGTCGGCCACGGCCTCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
  99994 GCTGCTGTCGCCTTGGCCTGTCTGGGCCCAGGTGTCGGCCACGGCCTCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTCGGGGTCCCTGGGCGCCCCGGACTGCCCCGAGGTGTGCACGTGCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100044 CCTCGGGGTCCCTGGGCGCCCCGGACTGCCCCGAGGTGTGCACGTGCGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGGAGGCCTGGCCAGCTGCTCGGCACTCTCGCTGCCCGCCGTGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100094 CCGGGAGGCCTGGCCAGCTGCTCGGCACTCTCGCTGCCCGCCGTGCCCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCCTGAGCCTGCGCCTGCGCGCGCTGCTGCTGGACCACAACCGCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100144 GGGCCTGAGCCTGCGCCTGCGCGCGCTGCTGCTGGACCACAACCGCGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GTGCGCTGCCGCCAGGTGCCTTCGCGGGAGCGGGCGCGCTACAGCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100194 GTGCGCTGCCGCCAGGTGCCTTCGCGGGAGCGGGCGCGCTACAGCGCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GACCTGCGCGAGAACGGGCTGCACTCGGTGCATGTGCGAGCCTTCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100244 GACCTGCGCGAGAACGGGCTGCACTCGGTGCATGTGCGAGCCTTCTGGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CCTGGGCGCGCTGCAGCTGCTGGACCTGAGCGCCAACCAGCTGGAAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100294 CCTGGGCGCGCTGCAGCTGCTGGACCTGAGCGCCAACCAGCTGGAAGCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGCACCAGGGACTTTCGCGCCGCTGCGCGCGCTGCGCAACCTCTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100344 TGGCACCAGGGACTTTCGCGCCGCTGCGCGCGCTGCGCAACCTCTCATTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GCCGGCAACCGGCTGGCGCGCCTGGAGCCCGCGGCGCTAGGCGCGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100394 GCCGGCAACCGGCTGGCGCGCCTGGAGCCCGCGGCGCTAGGCGCGCTCCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCTGCTGCGCTCACTCAGCCTGCAGGACAACGAGCTGGCGGCACTCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100444 GCTGCTGCGCTCACTCAGCCTGCAGGACAACGAGCTGGCGGCACTCGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGGGGCTGCTGGGCCGCCTGCCCGCTCTAGACGCGCTGCACCTGCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100494 CGGGGCTGCTGGGCCGCCTGCCCGCTCTAGACGCGCTGCACCTGCGCGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 AACCCTTGGGGCTGCGGGTGCGCGCTGCGCCCGCTCTGCGCCTGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100544 AACCCTTGGGGCTGCGGGTGCGCGCTGCGCCCGCTCTGCGCCTGGCTGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CCGGCACCCGCTGCCCGCGTCAG         AGGCCGAGACGGTGCTCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100594 CCGGCACCCGCTGCCCGCGTCAGGTG...CAGAGGCCGAGACGGTGCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCGTGTGGCCGGGACGCCTGACGCTCAGCCCCCTGACTGCCTTTTCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100720 GCGTGTGGCCGGGACGCCTGACGCTCAGCCCCCTGACTGCCTTTTCCGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GCCGCCTTTAGCCATTGCGCGCAGCCGCTCGCCCTGCGGGACCTGGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100770 GCCGCCTTTAGCCATTGCGCGCAGCCGCTCGCCCTGCGGGACCTGGCCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGTTTACACGCTCGGGCCGGCCTCCTTCCTCGTCAGCCTGGCTTCCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100820 GGTTTACACGCTCGGGCCGGCCTCCTTCCTCGTCAGCCTGGCTTCCTGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGCGCTGGGCTCTGGGCTCACCGCCTGCCGTGCGCGCCGCCGCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100870 TGGCGCTGGGCTCTGGGCTCACCGCCTGCCGTGCGCGCCGCCGCCGCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CGCACCGCCGCCCTCCGCCCGCCGAGACCGCCAGACCCGAACCCCGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100920 CGCACCGCCGCCCTCCGCCCGCCGAGACCGCCAGACCCGAACCCCGATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CGACCCCCACGGCTGTGCCTCGCCCGCGGACCCGGGGAGCCCCGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100970 CGACCCCCACGGCTGTGCCTCGCCCGCGGACCCGGGGAGCCCCGCCGCTG

   1000     .    :
    992 CCGCCCAAGCC
        |||||||||||
 101020 CCGCCCAAGCC