seq1 = pF1KE5013.tfa, 810 bp
seq2 = pF1KE5013/gi568815596f_175999802.tfa (gi568815596f:175999802_176200757), 200956 bp

>pF1KE5013 810
>gi568815596f:175999802_176200757 (Chr2)

1-574  (100001-100574)   100% ->
575-810  (100721-100956)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGTGAGCGCAGTCTCTACAGAGCGGGCTATGTGGGCTCGCTTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGTGAGCGCAGTCTCTACAGAGCGGGCTATGTGGGCTCGCTTCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCTGCAGTCGCCAGACTCTTTCTACTTCTCCAACCTGAGGCCGAATGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCTGCAGTCGCCAGACTCTTTCTACTTCTCCAACCTGAGGCCGAATGGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCAGTTGGCCGCGCTTCCCCCTATCTCCTACCCGCGCGGCGCGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCAGTTGGCCGCGCTTCCCCCTATCTCCTACCCGCGCGGCGCGCTGCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGGGCCGCCACGCCCGCCTCCTGCGCCCCCGCGCAGCCTGCGGGCGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TGGGCCGCCACGCCCGCCTCCTGCGCCCCCGCGCAGCCTGCGGGCGCCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGCCTTCGGCGGCTTCTCGCAGCCCTACCTGGCTGGCTCCGGGCCTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TGCCTTCGGCGGCTTCTCGCAGCCCTACCTGGCTGGCTCCGGGCCTCTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCCTGCAGCCCCCAACAGCCAAAGACGGACCCGAAGAGCAGGCTAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCCTGCAGCCCCCAACAGCCAAAGACGGACCCGAAGAGCAGGCTAAGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TATGCGCCCGAAGCGGCCGCTGGGCCAGAGGAGCGCGGTCGTACCCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TATGCGCCCGAAGCGGCCGCTGGGCCAGAGGAGCGCGGTCGTACCCGGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCCTTCGCCCCCGAGTCTAGCCTGGCTCCTGCAGTGGCTGCTCTCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GTCCTTCGCCCCCGAGTCTAGCCTGGCTCCTGCAGTGGCTGCTCTCAAAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGCCAAGTATGACTACGCTGGTGTGGGTCGTGCCACGCCGGGCTCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGCCAAGTATGACTACGCTGGTGTGGGTCGTGCCACGCCGGGCTCCACG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACCCTGCTCCAGGGGGCTCCCTGCGCCCCTGGCTTCAAGGACGACACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ACCCTGCTCCAGGGGGCTCCCTGCGCCCCTGGCTTCAAGGACGACACCAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGCCCGCTCAACTTGAACATGACAGTGCAGGCGGCGGGCGTTGCCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGCCCGCTCAACTTGAACATGACAGTGCAGGCGGCGGGCGTTGCCTCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCCTGCGACCTTCACTGCCCGACG         GCCTGCCGTGGGGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100551 GCCTGCGACCTTCACTGCCCGACGGTA...CAGGCCTGCCGTGGGGGGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GCCCCGGGGAGGGCCCGCAAGAAGCGGAAACCCTACACGAAGCAGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100738 GCCCCGGGGAGGGCCCGCAAGAAGCGGAAACCCTACACGAAGCAGCAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TGCGGAGTTGGAGAACGAATTCCTCGTCAACGAATTCATCAACAGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100788 TGCGGAGTTGGAGAACGAATTCCTCGTCAACGAATTCATCAACAGGCAGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AACGCAAGGAATTGTCCAATAGGCTGAACCTCAGCGACCAGCAAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100838 AACGCAAGGAATTGTCCAATAGGCTGAACCTCAGCGACCAGCAAGTCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ATCTGGTTCCAGAACAGGCGTATGAAGAAGAAGCGCGTGGTGCTTCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100888 ATCTGGTTCCAGAACAGGCGTATGAAGAAGAAGCGCGTGGTGCTTCGGGA

    800     .    :    .
    792 GCAGGCGCTGGCGCTCTAC
        |||||||||||||||||||
 100938 GCAGGCGCTGGCGCTCTAC