seq1 = pF1KE5010.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KE5010/gi568815587f_123806432.tfa (gi568815587f:123806432_124007373), 200942 bp

>pF1KE5010 942
>gi568815587f:123806432_124007373 (Chr11)

1-942  (100001-100942)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGTAAAAAACCATTCCACAGTGACTGAGTTTCTTCTTTCAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGTAAAAAACCATTCCACAGTGACTGAGTTTCTTCTTTCAGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACTGAACAAGCAGAGCTTCAGCTGCCCCTCTTCTGCCTCTTCTTAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACTGAACAAGCAGAGCTTCAGCTGCCCCTCTTCTGCCTCTTCTTAGGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTACACAGTTACTGTGGTGGGAAACCTCAGCATGATCTCAATTATTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTACACAGTTACTGTGGTGGGAAACCTCAGCATGATCTCAATTATTAGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGAATCGTCAACTTCATACCCCCATGTACTATTTCCTGAGTAGTTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGAATCGTCAACTTCATACCCCCATGTACTATTTCCTGAGTAGTTTGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TTTTTTAGATTTCTGCTATTCTTCTGTCATTACCCCTAAAATGCTATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TTTTTTAGATTTCTGCTATTCTTCTGTCATTACCCCTAAAATGCTATCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGTTTTTATGCAGAGATAGATCCATCTCCTATTCTGGATGCATGATTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGTTTTTATGCAGAGATAGATCCATCTCCTATTCTGGATGCATGATTCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGTTTTTTTTCTGTGTTTGTGTTATTTCTGAATGCTACATGCTGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGTTTTTTTTCTGTGTTTGTGTTATTTCTGAATGCTACATGCTGGCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGCCTGCGATCGTTACGTGGCCATCTGCAGCCCACTGCTCTACAAGG
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100351 CATGGCCTGCGATCGCTACGTGGCCATCTGCAGCCCACTGCTCTACAGGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCATCATGTCCCCTAGGGTCTGTTCTCTGCTGGTGGCTGCTGTCTTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCATCATGTCCCCTAGGGTCTGTTCTCTGCTGGTGGCTGCTGTCTTCTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GTAGGTTTCACTGATGCTGTGATCCATGGAGGTTGTATACTCAGGTTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GTAGGTTTCACTGATGCTGTGATCCATGGAGGTTGTATACTCAGGTTGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TTTCTGTGGATCAAACATCATTAAACATTATTTCTGTGACATTGTCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TTTCTGTGGATCAAACATCATTAAACATTATTTCTGTGACATTGTCCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 TTATTAAACTCTCCTGCTCCAGCACTTATATTGATGAGCTTTTGATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TTATTAAACTCTCCTGCTCCAGCACTTATATTGATGAGCTTTTGATTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCATTGGTGGATTTAACATGGTGGCCACAAGCCTAACAATCATTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCATTGGTGGATTTAACATGGTGGCCACAAGCCTAACAATCATTATTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATATGCTTTTATCCTCACCAGCATCCTGCGCATCCACTCTAAAAAGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATATGCTTTTATCCTCACCAGCATCCTGCGCATCCACTCTAAAAAGGGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 GGTGCAAAGCGTTTAGCACCTGTAGCTCCCACCTGACAGCTGTTCTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 GGTGCAAAGCGTTTAGCACCTGTAGCTCCCACCTGACAGCTGTTCTTATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTTTATGGGTCTCTGATGTCCATGTATCTCAAACCTGCTTCTAGCAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TTTTATGGGTCTCTGATGTCCATGTATCTCAAACCTGCTTCTAGCAGTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACTCACCCAGGAGAAAGTATCCTCAGTATTTTATACCACTGTGATTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100801 ACTCACCCAGGAGAAAGTATCCTCAGTATTTTATACCACTGTGATTCTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TGTTGAATCCCTTGATATATAGTCTGAGGAACAATGAAGTAAAAAATGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 100851 TGTTGAATCCCTTGATATATAGTCTGAGGAACAATGAAGTAAGAAATGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGATGAAACTTTTAAGAAGAAAAATATCTTTATCTCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGATGAAACTTTTAAGAAGAAAAATATCTTTATCTCCAGGA