seq1 = pF1KE5008.tfa, 1005 bp
seq2 = pF1KE5008/gi568815582f_15564779.tfa (gi568815582f:15564779_15824248), 259470 bp

>pF1KE5008 1005
>gi568815582f:15564779_15824248 (Chr16)

1-83  (100001-100083)   100% ->
84-237  (102508-102661)   100% ->
238-386  (113023-113171)   100% ->
387-523  (122597-122733)   100% ->
524-703  (126366-126545)   99% ->
704-795  (129387-129478)   100% ->
796-947  (131931-132082)   100% ->
948-1005  (159413-159470)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACTCCGGAAAGACTTTCAGCTCCGAGGAGGAAGAAGCTAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGACTCCGGAAAGACTTTCAGCTCCGAGGAGGAAGAAGCTAACTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTGGAAAGATCTGGCGATGACCTACAAACAGAG         GGCAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100051 TTGGAAAGATCTGGCGATGACCTACAAACAGAGGTC...TAGGGCAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATACGCAAGAGGAACTCCGAGAATTCCAGGAGGGAAGCCGAGAATATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102516 ATACGCAAGAGGAACTCCGAGAATTCCAGGAGGGAAGCCGAGAATATGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCTGAATTGGAGACGCAGCTGCAACAAATTGAAACCAGGAACAGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102566 GCTGAATTGGAGACGCAGCTGCAACAAATTGAAACCAGGAACAGAGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGTCCGAAAATAACCGCCTTCGCATGGAGCTGGAAACCATCAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102616 CCTGTCCGAAAATAACCGCCTTCGCATGGAGCTGGAAACCATCAAGGTG.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      GAGAAGTTTGAAGTGCAGCACTCTGAAGGCTACCGGCAGATCTCA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102666 ..CAGGAGAAGTTTGAAGTGCAGCACTCTGAAGGCTACCGGCAGATCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCCTTGGAGGATGACCTCGCGCAGACCAAAGCCATTAAAGACCAATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113068 GCCTTGGAGGATGACCTCGCGCAGACCAAAGCCATTAAAGACCAATTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAATACATCAGAGAGCTGGAGCAAGCAAATGACGACCTGGAAAGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113118 GAAATACATCAGAGAGCTGGAGCAAGCAAATGACGACCTGGAAAGAGCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCG         CGCCACGATCATGTCTCTCGAAGACTTTGAGCAGCGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113168 AGCGGTA...CAGCGCCACGATCATGTCTCTCGAAGACTTTGAGCAGCGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGAATCAGGCCATCGAAAGAAATGCCTTCCTGGAAAGTGAACTTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122634 TTGAATCAGGCCATCGAAAGAAATGCCTTCCTGGAAAGTGAACTTGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AAAAGAGAATCTCCTGGAATCTGTTCAGAGACTGAAGGATGAAGCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122684 AAAAGAGAATCTCCTGGAATCTGTTCAGAGACTGAAGGATGAAGCCAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524          ATTTGCGGCAGGAACTGGCCGTGCAGCAGAAGCAGGAGAAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122734 GTC...CAGATTTGCGGCAGGAACTGGCCGTGCAGCAGAAGCAGGAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCCAGGACCCCCATGCCCAGCTCAGTGGAAGCTGAGAGGACAGACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126407 CCCAGGACCCCCATGCCCAGCTCAGTGGAAGCTGAGAGGACAGACACAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGTGCAGGCCACGGGCTCCGTGCCGTCCACGCCCATTGCTCACCGAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126457 TGTGCAGGCCACGGGCTCCGTGCCGTCCACGCCCATTGCTCACCGAGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAGCTCAAGTTTGAACACACCTGGGAGCTTCAGACGTG         GC
        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126507 CCAGCTCAAGTTTAAACACACCTGGGAGCTTCAGACGTGGTA...CAGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTGGACGACTCCACCGGGGGGACCCCCCTCACACCTGCGGCCCGGATATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129389 CTGGACGACTCCACCGGGGGGACCCCCCTCACACCTGCGGCCCGGATATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGCCCTCAACATTGTGGGAGACCTACTGCGGAAAGTCGGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 129439 AGCCCTCAACATTGTGGGAGACCTACTGCGGAAAGTCGGGGTA...CAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACTGGAGTCCAAACTCGCTTCCTGCCGGAACCTCGTGTACGATCAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131932 CACTGGAGTCCAAACTCGCTTCCTGCCGGAACCTCGTGTACGATCAGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCAAACCGAACAGGTGGCCCAGCCTCTGGGCGGAGCAGCAAGAACAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131982 CCAAACCGAACAGGTGGCCCAGCCTCTGGGCGGAGCAGCAAGAACAGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGGCGGGGAGAGACGGCCAAGCAGCACCAGCGTGCCTTTGGGTGATAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132032 TGGCGGGGAGAGACGGCCAAGCAGCACCAGCGTGCCTTTGGGTGATAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 G         GTTGGACACGAGTTGCCGCTGGTTGTCCAAATCAACAACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132082 GGTC...CAGGTTGGACACGAGTTGCCGCTGGTTGTCCAAATCAACAACC

   1050     .    :    .
    988 AGGTCGTCCAGCTCCTGC
        ||||||||||||||||||
 159453 AGGTCGTCCAGCTCCTGC