seq1 = pF1KE5006.tfa, 963 bp
seq2 = pF1KE5006/gi568815597r_84926154.tfa (gi568815597r:84926154_85145360), 219207 bp

>pF1KE5006 963
>gi568815597r:84926154_85145360 (Chr1)

(complement)

1-228  (100001-100228)   100% ->
229-396  (104184-104351)   100% ->
397-550  (111110-111263)   99% ->
551-635  (112405-112489)   100% ->
636-732  (112569-112665)   98% ->
733-832  (116156-116255)   100% ->
833-963  (119077-119207)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAGATCCTGAGGTAGTTGTGAGTAGCTGCAGCTCTCATGAAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAGATCCTGAGGTAGTTGTGAGTAGCTGCAGCTCTCATGAAGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAATCGCTGCAATTTTAACCAGCAAACATCTCCATCTGAGGAGCTTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AAATCGCTGCAATTTTAACCAGCAAACATCTCCATCTGAGGAGCTTCTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGAAGACCAGATGAGGCGAAAACTCAAATTTTTTTTCATGAATCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGAAGACCAGATGAGGCGAAAACTCAAATTTTTTTTCATGAATCCCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGAAGTTCTGGGCTCGAGGTAGAAAACCATGGAAACTTGCCATACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GAGAAGTTCTGGGCTCGAGGTAGAAAACCATGGAAACTTGCCATACAAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTAAAAATTGCAATGGTGACTATCCAG         CTGGTCTTATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100201 TCTAAAAATTGCAATGGTGACTATCCAGGTA...AAGCTGGTCTTATTTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCTAAGTAACCAGATGGTGGTAGCTTTCAAGGAAGAGAATACTATAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104197 GGCTAAGTAACCAGATGGTGGTAGCTTTCAAGGAAGAGAATACTATAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTCAAACACCTTTTCCTAAAAGGATATATGGACCGAATGGATGACACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104247 TTCAAACACCTTTTCCTAAAAGGATATATGGACCGAATGGATGACACATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGCAGTGTACACACAAAGTGACGTGTATGATCAGTTAATCTTCGCAGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104297 TGCAGTGTACACACAAAGTGACGTGTATGATCAGTTAATCTTCGCAGTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ACCAG         TACTTGCAGCTATACAATGTCTCCGTTGGGAATCAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104347 ACCAGGTA...AAGTACTTGCAGCTATACAATGTCTCCGTTGGGAATCAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTTATGAGAACAAAGGTACCAAGCAATCTGCTATGGCAATCTGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111146 GCTTATGAGAACAAAGGTACCAAGCAATCTGCTATGGCAATCTGTCAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CTTATACAAGCGAGGAAACATCTACCCTGGAAATGATACCTTTGACATCG
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111196 CTTCTACAAGCGAGGAAACATCTACCCTGGAAATGATACCTTTGACATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATCCAGAAATTGAAACTG         AGTGTTTCTTTGTGGAGCCAGAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 111246 ATCCAGAAATTGAAACTGGTG...CAGAGTGTTTCTTTGTGGAGCCAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAACCTTTTCACATTGGGACACCAGCAGAAAATAAACTGAACTTAACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112428 GAACCTTTTCACATTGGGACACCAGCAGAAAATAAACTGAACTTAACACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GGACTTCCACAG         ACTCCTAACAGTGGAGCTTCAGTTCAAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||| ||||
 112478 GGACTTCCACAGGTG...TAGACTCCTAACAGTGGAGCTTCAGTTTAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGAAAGCCATTAATCTGCAGACAGTTCGTCATCAAGAACTCCCTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112598 TGAAAGCCATTAATCTGCAGACAGTTCGTCATCAAGAACTCCCTGACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TATGACTTTACTCTGACT         ATAACATTTGACAACAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 112648 TATGACTTTACTCTGACTGTA...CAGATAACATTTGACAACAAGGCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TAGTGGAAGAATTAAAATAAGTTTAGATAATGACATTTCCATCAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116179 TAGTGGAAGAATTAAAATAAGTTTAGATAATGACATTTCCATCAGAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTAAAGACTGGCATGTATCTGGATCAA         TTCAGAAGAACACT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 116229 GTAAAGACTGGCATGTATCTGGATCAAGTA...CAGTTCAGAAGAACACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CATTACATGATGATCTTTGATGCCTTTGTCATTCTGACTTGCTTGGTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119091 CATTACATGATGATCTTTGATGCCTTTGTCATTCTGACTTGCTTGGTTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATTAATCCTCTGCATTAGATCTGTGATTAGAGGACTTCAGCTTCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119141 ATTAATCCTCTGCATTAGATCTGTGATTAGAGGACTTCAGCTTCAGCAGG

   1000     .    :    .
    947 TAGGGAACGTTGCTTTC
        |||||||||||||||||
 119191 TAGGGAACGTTGCTTTC