seq1 = pF1KE5005.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KE5005/gi568815583f_74519197.tfa (gi568815583f:74519197_74729880), 210684 bp

>pF1KE5005 1401
>gi568815583f:74519197_74729880 (Chr15)

1-152  (100001-100152)   100% ->
153-369  (100813-101029)   99% ->
370-466  (102924-103020)   100% ->
467-581  (105706-105822)   97% ->
582-748  (106606-106772)   100% ->
749-843  (108156-108250)   100% ->
844-973  (108343-108472)   100% ->
974-1056  (108774-108856)   100% ->
1057-1136  (109408-109487)   100% ->
1137-1227  (109746-109836)   100% ->
1228-1401  (110511-110684)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCATCACTGTAAGCGATACCGCTCCCCTGAACCAGACCCGTACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCATCACTGTAAGCGATACCGCTCCCCTGAACCAGACCCGTACCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACCGATGGAAGAGGAGGAGGTCCTACAGTCGGGAACATGAAGGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTACCGATGGAAGAGGAGGAGGTCCTACAGTCGGGAACATGAAGGGAGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCGATACCCGTCCCGAAGGGAGCCTCCCCCACGAAGATCTCGGTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCGATACCCGTCCCGAAGGGAGCCTCCCCCACGAAGATCTCGGTCCAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AG         CCATGACCGCCTGCCCTACCAGAGGAGGTACCGGGAGCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGTG...CAGCCATGACCGCCTGCCCTACCAGAGGAGGTACCGGGAGCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCGTGACAGCGATACATACCGGTGTGAAGAGCGGAGCCCATCCTTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100852 CCGTGACAGCGATACATACCGGTGTGAAGAGCGGAGCCCATCCTTTGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGACTACTATGGACCTTCACGTTCTCGTCATCGTCGGCGATCACGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 100902 AGGACTACTATGGACCTTCACGTTCTCGTCATCGTCGGCGATCGCGGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AGGGGGCCATACCGGACCCGCAAGCATGCCCACCACTGCCACAAACGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100952 AGGGGGCCATACCGGACCCGCAAGCATGCCCACCACTGCCACAAACGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACCAGGTCTTGTAGCAGCGCCTCCTCG         AGAAGCCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101002 CACCAGGTCTTGTAGCAGCGCCTCCTCGGTG...CAGAGAAGCCAACAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCAGTAAGCGCAGCAGCCGGAGTGTGGAAGATGACAAGGAGGGTCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102937 GCAGTAAGCGCAGCAGCCGGAGTGTGGAAGATGACAAGGAGGGTCACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGTGCCGGATCGGCGATTGGCTCCAAGAGCGAT         A TGA G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|- ||-|
 102987 GTGTGCCGGATCGGCGATTGGCTCCAAGAGCGATGTA...CAGAGGGAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    472 TCTCAGGTTGCCCTGAAGATCATCCGCAACGTGGGCAAGTACCGGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105713 TCTCAGGTTGCCCTGAAGATCATCCGCAACGTGGGCAAGTACCGGGAGGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522 TGCCCGGCTAGAAATCAACGTGCTCAAAAAAATCAAGGAGAAGGACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105763 TGCCCGGCTAGAAATCAACGTGCTCAAAAAAATCAAGGAGAAGGACAAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    572 AAAACAAGTT         CCTGTGTGTCTTGATGTCTGACTGGTTCAAC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 105813 AAAACAAGTTGTG...CAGCCTGTGTGTCTTGATGTCTGACTGGTTCAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    613 TTCCACGGTCACATGTGCATCGCCTTTGAGCTCCTGGGCAAGAACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106637 TTCCACGGTCACATGTGCATCGCCTTTGAGCTCCTGGGCAAGAACACCTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    663 TGAGTTCCTGAAGGAGAATAACTTCCAGCCTTACCCCCTACCACATGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106687 TGAGTTCCTGAAGGAGAATAACTTCCAGCCTTACCCCCTACCACATGTCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    713 GGCACATGGCCTACCAGCTCTGCCACGCCCTTAGAT         TTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 106737 GGCACATGGCCTACCAGCTCTGCCACGCCCTTAGATGTA...TAGTTCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754 CATGAGAATCAGCTGACCCATACAGACTTGAAACCAGAGAACATCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108161 CATGAGAATCAGCTGACCCATACAGACTTGAAACCAGAGAACATCCTGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    804 TGTGAATTCTGAGTTTGAAACCCTCTACAATGAGCACAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108211 TGTGAATTCTGAGTTTGAAACCCTCTACAATGAGCACAAGGTA...CAGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845 GCTGTGAGGAGAAGTCAGTGAAGAACACCAGCATCCGAGTGGCTGACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108344 GCTGTGAGGAGAAGTCAGTGAAGAACACCAGCATCCGAGTGGCTGACTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895 GGCAGTGCCACATTTGACCATGAGCACCACACCACCATTGTGGCCACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108394 GGCAGTGCCACATTTGACCATGAGCACCACACCACCATTGTGGCCACCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    945 TCACTATCGCCCGCCTGAGGTGATCCTTG         AGCTGGGCTGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108444 TCACTATCGCCCGCCTGAGGTGATCCTTGGTG...CAGAGCTGGGCTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    986 CACAGCCCTGTGACGTCTGGAGCATTGGCTGCATTCTCTTTGAGTACTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108786 CACAGCCCTGTGACGTCTGGAGCATTGGCTGCATTCTCTTTGAGTACTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1036 CGGGGCTTCACACTCTTCCAG         ACCCACGAAAACCGAGAGCA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 108836 CGGGGCTTCACACTCTTCCAGGTA...CAGACCCACGAAAACCGAGAGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1077 CCTGGTGATGATGGAGAAGATCCTAGGGCCCATCCCATCACACATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109428 CCTGGTGATGATGGAGAAGATCCTAGGGCCCATCCCATCACACATGATCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1127 ACCGTACCAG         GAAGCAGAAATATTTCTACAAAGGGGGCCTA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109478 ACCGTACCAGGTA...CAGGAAGCAGAAATATTTCTACAAAGGGGGCCTA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1168 GTTTGGGATGAGAACAGCTCTGACGGCCGGTATGTGAAGGAGAACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109777 GTTTGGGATGAGAACAGCTCTGACGGCCGGTATGTGAAGGAGAACTGCAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1218 ACCTCTGAAG         AGTTACATGCTCCAAGACTCCCTGGAGCACG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109827 ACCTCTGAAGGTC...CAGAGTTACATGCTCCAAGACTCCCTGGAGCACG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1259 TGCAGCTGTTTGACCTGATGAGGAGGATGTTAGAATTTGACCCTGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110542 TGCAGCTGTTTGACCTGATGAGGAGGATGTTAGAATTTGACCCTGCCCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1309 CGCATCACACTGGCCGAGGCCCTGCTGCACCCCTTCTTTGCTGGCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110592 CGCATCACACTGGCCGAGGCCCTGCTGCACCCCTTCTTTGCTGGCCTGAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1359 CCCTGAGGAGCGGTCCTTCCACACCAGCCGCAACCCAAGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110642 CCCTGAGGAGCGGTCCTTCCACACCAGCCGCAACCCAAGCAGA