seq1 = pF1KE5004.tfa, 2742 bp
seq2 = pF1KE5004/gi568815597f_86368972.tfa (gi568815597f:86368972_86600042), 231071 bp

>pF1KE5004 2742
>gi568815597f:86368972_86600042 (Chr1)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-303  (104446-104586)   99% ->
304-451  (104758-104905)   100% ->
452-557  (107477-107582)   100% ->
558-735  (113234-113411)   100% ->
736-954  (116372-116590)   100% ->
955-1182  (117555-117782)   100% ->
1183-1357  (120025-120199)   100% ->
1358-1464  (122294-122400)   100% ->
1465-1680  (124413-124628)   100% ->
1681-1942  (125216-125477)   100% ->
1943-2113  (126534-126704)   100% ->
2114-2353  (129601-129840)   100% ->
2354-2742  (130683-131071)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCCATTTAAGAGTTCTGTGTTCATCTTGATTCTTCACCTTCTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCCATTTAAGAGTTCTGTGTTCATCTTGATTCTTCACCTTCTAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGGGCCCTGAGTAATTCACTCATTCAGCTGAACAACAATGGCTATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGGGCCCTGAGTAATTCACTCATTCAGCTGAACAACAATGGCTATGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCATTGTCGTTGCAATCGACCCCAATGTGCCAGAAGATGAAACACTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCATTGTCGTTGCAATCGACCCCAATGTGCCAGAAGATGAAACACTCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAACAAATAAAG         GACATGGTGACCCAGGCATCTCTGTATCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAACAAATAAAGGTA...CAGGACATGGTGACCCAGGCATCTCTGTATCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTGAAGCTACAGGAAAGCGATTTTATTTCAAAAATGTTGCCATTTTGA
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104475 GCTTGAAGCTACAGGAAAGCGATTTTATTTCAAAAATGTTGCCATTTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCCTGAAACATGGAAGACAAAGGCTGACTATGTGAGACCAAAACTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104525 TTCCTGAAACATGGAAGACAAAGGCTGACTATGTGAGACCAAAACTTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACCTACAAAAAT         GCTGATGTTCTGGTTGCTGAGTCTACTCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 104575 ACCTACAAAAATGTG...CAGGCTGATGTTCTGGTTGCTGAGTCTACTCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCCAGGTAATGATGAACCCTACACTGAGCAGATGGGCAACTGTGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104787 TCCAGGTAATGATGAACCCTACACTGAGCAGATGGGCAACTGTGGAGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGGTGAAAGGATCCACCTCACTCCTGATTTCATTGCAGGAAAAAAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104837 AGGGTGAAAGGATCCACCTCACTCCTGATTTCATTGCAGGAAAAAAGTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GCTGAATATGGACCACAAG         GTAGGGCATTTGTCCATGAGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104887 GCTGAATATGGACCACAAGGTA...CAGGTAGGGCATTTGTCCATGAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCTCATCTACGATGGGGAGTATTTGACGAGTACAATAATGATGAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107499 GGCTCATCTACGATGGGGAGTATTTGACGAGTACAATAATGATGAGAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTACTTATCCAATGGAAGAATACAAGCAGTAAG         ATGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107549 TCTACTTATCCAATGGAAGAATACAAGCAGTAAGGTA...CAGATGTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCAGGTATTACTGGTACAAATGTAGTAAAGAAGTGTCAGGGAGGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113241 GCAGGTATTACTGGTACAAATGTAGTAAAGAAGTGTCAGGGAGGCAGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTACACCAAAAGATGCACATTCAATAAAGTAACAGGACTCTATGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113291 TTACACCAAAAGATGCACATTCAATAAAGTAACAGGACTCTATGAAAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GATGTGAGTTTGTTCTCCAATCCCGCCAGACGGAGAAGGCTTCTATAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113341 GATGTGAGTTTGTTCTCCAATCCCGCCAGACGGAGAAGGCTTCTATAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTTGCACAACATGTTGATTCT         ATAGTTGAATTCTGTACAGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113391 TTTGCACAACATGTTGATTCTGTA...CAGATAGTTGAATTCTGTACAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACAAAACCACAACAAAGAAGCTCCAAACAAGCAAAATCAAAAATGCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116392 ACAAAACCACAACAAAGAAGCTCCAAACAAGCAAAATCAAAAATGCAATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCCGAAGCACATGGGAAGTGATCCGTGATTCTGAGGACTTTAAGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116442 TCCGAAGCACATGGGAAGTGATCCGTGATTCTGAGGACTTTAAGAAAACC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ACTCCTATGACAACACAGCCACCAAATCCCACCTTCTCATTGCTGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116492 ACTCCTATGACAACACAGCCACCAAATCCCACCTTCTCATTGCTGCAGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 TGGACAAAGAATTGTGTGTTTAGTCCTTGACAAATCTGGAAGCATGGCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 116542 TGGACAAAGAATTGTGTGTTTAGTCCTTGACAAATCTGGAAGCATGGCGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    955         ACTGGTAACCGCCTCAATCGACTGAATCAAGCAGGCCAGCTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116592 TA...TAGACTGGTAACCGCCTCAATCGACTGAATCAAGCAGGCCAGCTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTCCTGCTGCAGACAGTTGAGCTGGGGTCCTGGGTTGGGATGGTGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117597 TTCCTGCTGCAGACAGTTGAGCTGGGGTCCTGGGTTGGGATGGTGACATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGACAGTGCTGCCCATGTACAAAATGAACTCATACAGATAAACAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117647 TGACAGTGCTGCCCATGTACAAAATGAACTCATACAGATAAACAGTGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GTGACAGGGACACACTCGCCAAAAGATTACCTGCAGCAGCTTCAGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117697 GTGACAGGGACACACTCGCCAAAAGATTACCTGCAGCAGCTTCAGGAGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 ACGTCCATCTGCAGCGGGCTTCGATCGGCATTTACT         GTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 117747 ACGTCCATCTGCAGCGGGCTTCGATCGGCATTTACTGTG...TAGGTGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TAGGAAGAAATATCCAACTGATGGATCTGAAATTGTGCTGCTGACGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120030 TAGGAAGAAATATCCAACTGATGGATCTGAAATTGTGCTGCTGACGGATG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GGGAAGACAACACTATAAGTGGGTGCTTTAACGAGGTCAAACAAAGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120080 GGGAAGACAACACTATAAGTGGGTGCTTTAACGAGGTCAAACAAAGTGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCCATCATCCACACAGTCGCTTTGGGGCCCTCTGCAGCTCAAGAACTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120130 GCCATCATCCACACAGTCGCTTTGGGGCCCTCTGCAGCTCAAGAACTAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 GGAGCTGTCCAAAATGACAG         GAGGTTTACAGACATATGCTT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 120180 GGAGCTGTCCAAAATGACAGGTG...TAGGAGGTTTACAGACATATGCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 CAGATCAAGTTCAGAACAATGGCCTCATTGATGCTTTTGGGGCCCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122315 CAGATCAAGTTCAGAACAATGGCCTCATTGATGCTTTTGGGGCCCTTTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 TCAGGAAATGGAGCTGTCTCTCAGCGCTCCATCCAG         CTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 122365 TCAGGAAATGGAGCTGTCTCTCAGCGCTCCATCCAGGTT...CAGCTTGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GAGTAAGGGATTAACCCTCCAGAACAGCCAGTGGATGAATGGCACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124418 GAGTAAGGGATTAACCCTCCAGAACAGCCAGTGGATGAATGGCACAGTGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TCGTGGACAGCACCGTGGGAAAGGACACTTTGTTTCTTATCACCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124468 TCGTGGACAGCACCGTGGGAAAGGACACTTTGTTTCTTATCACCTGGACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ATGCAGCCTCCCCAAATCCTTCTCTGGGATCCCAGTGGACAGAAGCAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124518 ATGCAGCCTCCCCAAATCCTTCTCTGGGATCCCAGTGGACAGAAGCAAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TGGCTTTGTAGTGGACAAAAACACCAAAATGGCCTACCTCCAAATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124568 TGGCTTTGTAGTGGACAAAAACACCAAAATGGCCTACCTCCAAATCCCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GCATTGCTAAG         GTTGGCACTTGGAAATACAGTCTGCAAGCA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 124618 GCATTGCTAAGGTA...CAGGTTGGCACTTGGAAATACAGTCTGCAAGCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 AGCTCACAAACCTTGACCCTGACTGTCACGTCCCGTGCGTCCAATGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125246 AGCTCACAAACCTTGACCCTGACTGTCACGTCCCGTGCGTCCAATGCTAC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 CCTGCCTCCAATTACAGTGACTTCCAAAACGAACAAGGACACCAGCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125296 CCTGCCTCCAATTACAGTGACTTCCAAAACGAACAAGGACACCAGCAAAT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 TCCCCAGCCCTCTGGTAGTTTATGCAAATATTCGCCAAGGAGCCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125346 TCCCCAGCCCTCTGGTAGTTTATGCAAATATTCGCCAAGGAGCCTCCCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 ATTCTCAGGGCCAGTGTCACAGCCCTGATTGAATCAGTGAATGGAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125396 ATTCTCAGGGCCAGTGTCACAGCCCTGATTGAATCAGTGAATGGAAAAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 AGTTACCTTGGAACTACTGGATAATGGAGCAG         GTGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 125446 AGTTACCTTGGAACTACTGGATAATGGAGCAGGTA...AAGGTGCTGATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 CTACTAAGGATGACGGTGTCTACTCAAGGTATTTCACAACTTATGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126543 CTACTAAGGATGACGGTGTCTACTCAAGGTATTTCACAACTTATGACACG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 AATGGTAGATACAGTGTAAAAGTGCGGGCTCTGGGAGGAGTTAACGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126593 AATGGTAGATACAGTGTAAAAGTGCGGGCTCTGGGAGGAGTTAACGCAGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 CAGACGGAGAGTGATACCCCAGCAGAGTGGAGCACTGTACATACCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126643 CAGACGGAGAGTGATACCCCAGCAGAGTGGAGCACTGTACATACCTGGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 GGATTGAGAATG         ATGAAATACAATGGAATCCACCAAGACCT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 126693 GGATTGAGAATGGTA...CAGATGAAATACAATGGAATCCACCAAGACCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 GAAATTAATAAGGATGATGTTCAACACAAGCAAGTGTGTTTCAGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129630 GAAATTAATAAGGATGATGTTCAACACAAGCAAGTGTGTTTCAGCAGAAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2193 ATCCTCGGGAGGCTCATTTGTGGCTTCTGATGTCCCAAATGCTCCCATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129680 ATCCTCGGGAGGCTCATTTGTGGCTTCTGATGTCCCAAATGCTCCCATAC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2243 CTGATCTCTTCCCACCTGGCCAAATCACCGACCTGAAGGCGGAAATTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129730 CTGATCTCTTCCCACCTGGCCAAATCACCGACCTGAAGGCGGAAATTCAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GGGGGCAGTCTCATTAATCTGACTTGGACAGCTCCTGGGGATGATTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129780 GGGGGCAGTCTCATTAATCTGACTTGGACAGCTCCTGGGGATGATTATGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 CCATGGAACAG         CTCACAAGTATATCATTCGAATAAGTACAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 129830 CCATGGAACAGGTA...TAGCTCACAAGTATATCATTCGAATAAGTACAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2384 GTATTCTTGATCTCAGAGACAAGTTCAATGAATCTCTTCAAGTGAATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130713 GTATTCTTGATCTCAGAGACAAGTTCAATGAATCTCTTCAAGTGAATACT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 ACTGCTCTCATCCCAAAGGAAGCCAACTCTGAGGAAGTCTTTTTGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 130763 ACTGCTCTCATCCCAAAGGAAGCCAACTCTGAGGAAGTCTTTTTGTTTAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 ACCAGAAAACATTACTTTTGAAAATGGCACAGATCTTTTCATTGCTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130813 ACCAGAAAACATTACTTTTGAAAATGGCACAGATCTTTTCATTGCTATTC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 AGGCTGTTGATAAGGTCGATCTGAAATCAGAAATATCCAACATTGCACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130863 AGGCTGTTGATAAGGTCGATCTGAAATCAGAAATATCCAACATTGCACGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 GTATCTTTGTTTATTCCTCCACAGACTCCGCCAGAGACACCTAGTCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130913 GTATCTTTGTTTATTCCTCCACAGACTCCGCCAGAGACACCTAGTCCTGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 TGAAACGTCTGCTCCTTGTCCTAATATTCATATCAACAGCACCATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130963 TGAAACGTCTGCTCCTTGTCCTAATATTCATATCAACAGCACCATTCCTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 GCATTCACATTTTAAAAATTATGTGGAAGTGGATAGGAGAACTGCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131013 GCATTCACATTTTAAAAATTATGTGGAAGTGGATAGGAGAACTGCAGCTG

   2850     .
   2734 TCAATAGCC
        |||||||||
 131063 TCAATAGCC