seq1 = pF1KE5003.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KE5003/gi568815584r_63276012.tfa (gi568815584r:63276012_63639685), 363674 bp

>pF1KE5003 1401
>gi568815584r:63276012_63639685 (Chr14)

(complement)

1-157  (100001-100157)   100% ->
158-354  (185801-185997)   100% ->
355-456  (217592-217693)   100% ->
457-549  (224454-224546)   100% ->
550-680  (242970-243100)   100% ->
681-740  (244401-244460)   100% ->
741-849  (245758-245866)   100% ->
850-903  (247661-247714)   100% ->
904-954  (247819-247869)   100% ->
955-1074  (249955-250074)   99% ->
1075-1202  (255115-255242)   100% ->
1203-1304  (257529-257630)   100% ->
1305-1401  (263578-263674)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTCAGCACCAACTACTCCTCCATCAGTGGATAAAGTAGACGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTCAGCACCAACTACTCCTCCATCAGTGGATAAAGTAGACGGATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTCTCGGAAGTCCGTCAGAAAAGCCAGACAGAAGAGGTCGCAAAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTCTCGGAAGTCCGTCAGAAAAGCCAGACAGAAGAGGTCGCAAAGTTCCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CACAGTTTAGGTCTCAAGGCAAGCCTATTGAGTTAACACCTCTGCCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CACAGTTTAGGTCTCAAGGCAAGCCTATTGAGTTAACACCTCTGCCGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTAAAAG         ACGTTCCATCCTCAGAGCAGCCTGAACTGTTCCT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTAAAAGGTA...TAGACGTTCCATCCTCAGAGCAGCCTGAACTGTTCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGAAACTTCAGCAGTGCTGTGTCATTTTTGACTTCATGGACACGCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185835 AAAGAAACTTCAGCAGTGCTGTGTCATTTTTGACTTCATGGACACGCTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGATCTTAAAATGAAAGAATACAAGCGCTCCACTCTTAATGAACTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185885 CTGATCTTAAAATGAAAGAATACAAGCGCTCCACTCTTAATGAACTGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GACTACATTACAATAAGCAGAGGCTGTTTGACAGAGCAGACTTACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185935 GACTACATTACAATAAGCAGAGGCTGTTTGACAGAGCAGACTTACCCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTAGTTAGAATG         GTATCTTGCAATATATTCAGAACTCTCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 185985 AGTAGTTAGAATGGTG...TAGGTATCTTGCAATATATTCAGAACTCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCCTAGTGACAGCAATGAATTTGATCCAGAAGAAGATGAACCTACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 217620 CTCCTAGTGACAGCAATGAATTTGATCCAGAAGAAGATGAACCTACCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAGGCATCGTGGCCACACTTACAG         CTTGTATATGAATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 217670 GAGGCATCGTGGCCACACTTACAGGTA...CAGCTTGTATATGAATTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATACGATTTTTGGAAAGCCAAGAATTCCAACCCAGCATTGCCAAAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 224471 CATACGATTTTTGGAAAGCCAAGAATTCCAACCCAGCATTGCCAAAAAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ATATAGATCAGAAATTTGTATTACAG         CTTCTGGAGCTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 224521 ATATAGATCAGAAATTTGTATTACAGGTA...CAGCTTCTGGAGCTATTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GACAGCGAAGACCCTCGGGAACGGGACTACTTAAAAACAGTCTTACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 242985 GACAGCGAAGACCCTCGGGAACGGGACTACTTAAAAACAGTCTTACACAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AATTTATGGCAAGTTTCTTGGTCTTAGAGCATTTATCCGAAAACAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 243035 AATTTATGGCAAGTTTCTTGGTCTTAGAGCATTTATCCGAAAACAGATTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACAATATTTTTCTAAG         GTTTGTTTATGAAACAGAACACTTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 243085 ACAATATTTTTCTAAGGTA...CAGGTTTGTTTATGAAACAGAACACTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AATGGTGTAGCTGAACTGCTGGAAATATTAGGAAG         TATTAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 244426 AATGGTGTAGCTGAACTGCTGGAAATATTAGGAAGGTG...TAGTATTAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CAATGGCTTTGCTTTACCTCTTAAGGCAGAACACAAACAGTTTCTGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245764 CAATGGCTTTGCTTTACCTCTTAAGGCAGAACACAAACAGTTTCTGGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGTATTGATCCCTTTACACACTGTCAGGAGCTTATCACTCTTCCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245814 AAGTATTGATCCCTTTACACACTGTCAGGAGCTTATCACTCTTCCATGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAG         CTGGCATATTGTATAGTACAGTTTCTGGAGAAAGATCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 245864 CAGGTA...CAGCTGGCATATTGTATAGTACAGTTTCTGGAGAAAGATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TTCACTCACAGAACCA         GTTATTAGGGGGTTAATGAAATTTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 247699 TTCACTCACAGAACCAGTA...TAGGTTATTAGGGGGTTAATGAAATTTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGCCTAAAACATGTAGTCAAAAAGAG         GTCATGTTCCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 247844 GGCCTAAAACATGTAGTCAAAAAGAGGTA...CAGGTCATGTTCCTTGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GAACTGGAAGAAATATTGGATGTGATTGAACCTTCACAATTTGTTAAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 249970 GAACTGGAAGAAATATTGGATGTGATTGAACCTTCACAATTTGTTAAAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CCAAGAACCTTTGTTCAAACAAATCGCCAAGTGTGTATCTAGCCCCCATT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250020 CCAAGAACCTTTGTTTAAACAAATCGCCAAGTGTGTATCTAGCCCCCATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TTCAG         GTGGCAGAAAGAGCACTCTATTATTGGAATAATGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250070 TTCAGGTT...AAGGTGGCAGAAAGAGCACTCTATTATTGGAATAATGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TACATCATGAGTTTGATAGAAGAAAACTCTAACGTCATCCTTCCCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 255151 TACATCATGAGTTTGATAGAAGAAAACTCTAACGTCATCCTTCCCATCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTTTTCCAGCCTTTATAGGATTTCAAAAGAACATTGGAATCC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 255201 GTTTTCCAGCCTTTATAGGATTTCAAAAGAACATTGGAATCCGTA...CA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1203  GGCTATTGTGGCGTTGGTGTACAATGTGTTGAAGGCATTTATGGAAATG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257528 GGGCTATTGTGGCGTTGGTGTACAATGTGTTGAAGGCATTTATGGAAATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AACAGCACCATGTTTGACGAGCTGACAGCCACATACAAGTCAGATCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257578 AACAGCACCATGTTTGACGAGCTGACAGCCACATACAAGTCAGATCGTCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GCG         TGAGAAAAAGAAAGAAAAGGAGCGTGAAGAATTGTGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 257628 GCGGTA...CAGTGAGAAAAAGAAAGAAAAGGAGCGTGAAGAATTGTGGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AAAAATTGGAGGATCTGGAGTTAAAGAGAGGTCTTAGACGTGATGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 263616 AAAAATTGGAGGATCTGGAGTTAAAGAGAGGTCTTAGACGTGATGGAATA

   1500     .
   1393 ATTCCAACT
        |||||||||
 263666 ATTCCAACT