seq1 = pF1KE5001.tfa, 3147 bp
seq2 = pF1KE5001/gi568815575f_12785511.tfa (gi568815575f:12785511_12988655), 203145 bp

>pF1KE5001 3147
>gi568815575f:12785511_12988655 (ChrX)

1-3147  (100000-103145)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTTTCCAATGTGGACACTGAAGAGACAAATTCTTATCCTTTTTAA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGTGTTTCCAATGTGGACACTGAAGAGACAAATTCTTATCCTTTTTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATAATCCTAATTTCCAAACTCCTTGGGGCTAGATGGTTTCCTAAAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CATAATCCTAATTTCCAAACTCCTTGGGGCTAGATGGTTTCCTAAAACTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCCCTGTGATGTCACTCTGGATGTTCCAAAGAACCATGTGATCGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TGCCCTGTGATGTCACTCTGGATGTTCCAAAGAACCATGTGATCGTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGCACAGACAAGCATTTGACAGAAATTCCTGGAGGTATTCCCACGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 TGCACAGACAAGCATTTGACAGAAATTCCTGGAGGTATTCCCACGAACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CACGAACCTCACCCTCACCATTAACCACATACCAGACATCTCCCCAGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 CACGAACCTCACCCTCACCATTAACCACATACCAGACATCTCCCCAGCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTTTCACAGACTGGACCATCTGGTAGAGATCGATTTCAGATGCAACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 CCTTTCACAGACTGGACCATCTGGTAGAGATCGATTTCAGATGCAACTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTACCTATTCCACTGGGGTCAAAAAACAACATGTGCATCAAGAGGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 GTACCTATTCCACTGGGGTCAAAAAACAACATGTGCATCAAGAGGCTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATTAAACCCAGAAGCTTTAGTGGACTCACTTATTTAAAATCCCTTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 GATTAAACCCAGAAGCTTTAGTGGACTCACTTATTTAAAATCCCTTTACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TGGATGGAAACCAGCTACTAGAGATACCGCAGGGCCTCCCGCCTAGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 TGGATGGAAACCAGCTACTAGAGATACCGCAGGGCCTCCCGCCTAGCTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CAGCTTCTCAGCCTTGAGGCCAACAACATCTTTTCCATCAGAAAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100449 CAGCTTCTCAGCCTTGAGGCCAACAACATCTTTTCCATCAGAAAAGAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TCTAACAGAACTGGCCAACATAGAAATACTCTACCTGGGCCAAAACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100499 TCTAACAGAACTGGCCAACATAGAAATACTCTACCTGGGCCAAAACTGTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ATTATCGAAATCCTTGTTATGTTTCATATTCAATAGAGAAAGATGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 ATTATCGAAATCCTTGTTATGTTTCATATTCAATAGAGAAAGATGCCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CTAAACTTGACAAAGTTAAAAGTGCTCTCCCTGAAAGATAACAATGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100599 CTAAACTTGACAAAGTTAAAAGTGCTCTCCCTGAAAGATAACAATGTCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGCCGTCCCTACTGTTTTGCCATCTACTTTAACAGAACTATATCTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100649 AGCCGTCCCTACTGTTTTGCCATCTACTTTAACAGAACTATATCTCTACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACAACATGATTGCAAAAATCCAAGAAGATGATTTTAATAACCTCAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100699 ACAACATGATTGCAAAAATCCAAGAAGATGATTTTAATAACCTCAACCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TTACAAATTCTTGACCTAAGTGGAAATTGCCCTCGTTGTTATAATGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100749 TTACAAATTCTTGACCTAAGTGGAAATTGCCCTCGTTGTTATAATGCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ATTTCCTTGTGCGCCGTGTAAAAATAATTCTCCCCTACAGATCCCTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100799 ATTTCCTTGTGCGCCGTGTAAAAATAATTCTCCCCTACAGATCCCTGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 ATGCTTTTGATGCGCTGACAGAATTAAAAGTTTTACGTCTACACAGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100849 ATGCTTTTGATGCGCTGACAGAATTAAAAGTTTTACGTCTACACAGTAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCTCTTCAGCATGTGCCCCCAAGATGGTTTAAGAACATCAACAAACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100899 TCTCTTCAGCATGTGCCCCCAAGATGGTTTAAGAACATCAACAAACTCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGAACTGGATCTGTCCCAAAACTTCTTGGCCAAAGAAATTGGGGATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100949 GGAACTGGATCTGTCCCAAAACTTCTTGGCCAAAGAAATTGGGGATGCTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 AATTTCTGCATTTTCTCCCCAGCCTCATCCAATTGGATCTGTCTTTCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100999 AATTTCTGCATTTTCTCCCCAGCCTCATCCAATTGGATCTGTCTTTCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TTTGAACTTCAGGTCTATCGTGCATCTATGAATCTATCACAAGCATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101049 TTTGAACTTCAGGTCTATCGTGCATCTATGAATCTATCACAAGCATTTTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 TTCACTGAAAAGCCTGAAAATTCTGCGGATCAGAGGATATGTCTTTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101099 TTCACTGAAAAGCCTGAAAATTCTGCGGATCAGAGGATATGTCTTTAAAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGTTGAAAAGCTTTAACCTCTCGCCATTACATAATCTTCAAAATCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101149 AGTTGAAAAGCTTTAACCTCTCGCCATTACATAATCTTCAAAATCTTGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GTTCTTGATCTTGGCACTAACTTTATAAAAATTGCTAACCTCAGCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101199 GTTCTTGATCTTGGCACTAACTTTATAAAAATTGCTAACCTCAGCATGTT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 CAAACAATTTAAAAGACTGAAAGTCATAGATCTTTCAGTGAATAAAATAT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101249 TAAACAATTTAAAAGACTGAAAGTCATAGATCTTTCAGTGAATAAAATAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 CACCTTCAGGAGATTCAAGTGAAGTTGGCTTCTGCTCAAATGCCAGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101299 CACCTTCAGGAGATTCAAGTGAAGTTGGCTTCTGCTCAAATGCCAGAACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 TCTGTAGAAAGTTATGAACCCCAGGTCCTGGAACAATTACATTATTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101349 TCTGTAGAAAGTTATGAACCCCAGGTCCTGGAACAATTACATTATTTCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 ATATGATAAGTATGCAAGGAGTTGCAGATTCAAAAACAAAGAGGCTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101399 ATATGATAAGTATGCAAGGAGTTGCAGATTCAAAAACAAAGAGGCTTCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 TCATGTCTGTTAATGAAAGCTGCTACAAGTATGGGCAGACCTTGGATCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101449 TCATGTCTGTTAATGAAAGCTGCTACAAGTATGGGCAGACCTTGGATCTA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 AGTAAAAATAGTATATTTTTTGTCAAGTCCTCTGATTTTCAGCATCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101499 AGTAAAAATAGTATATTTTTTGTCAAGTCCTCTGATTTTCAGCATCTTTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 TTTCCTCAAATGCCTGAATCTGTCAGGAAATCTCATTAGCCAAACTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101549 TTTCCTCAAATGCCTGAATCTGTCAGGAAATCTCATTAGCCAAACTCTTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 ATGGCAGTGAATTCCAACCTTTAGCAGAGCTGAGATATTTGGACTTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101599 ATGGCAGTGAATTCCAACCTTTAGCAGAGCTGAGATATTTGGACTTCTCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 AACAACCGGCTTGATTTACTCCATTCAACAGCATTTGAAGAGCTTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101649 AACAACCGGCTTGATTTACTCCATTCAACAGCATTTGAAGAGCTTCACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 ACTGGAAGTTCTGGATATAAGCAGTAATAGCCATTATTTTCAATCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101699 ACTGGAAGTTCTGGATATAAGCAGTAATAGCCATTATTTTCAATCAGAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 GAATTACTCATATGCTAAACTTTACCAAGAACCTAAAGGTTCTGCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101749 GAATTACTCATATGCTAAACTTTACCAAGAACCTAAAGGTTCTGCAGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 CTGATGATGAACGACAATGACATCTCTTCCTCCACCAGCAGGACCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101799 CTGATGATGAACGACAATGACATCTCTTCCTCCACCAGCAGGACCATGGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 GAGTGAGTCTCTTAGAACTCTGGAATTCAGAGGAAATCACTTAGATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101849 GAGTGAGTCTCTTAGAACTCTGGAATTCAGAGGAAATCACTTAGATGTTT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 TATGGAGAGAAGGTGATAACAGATACTTACAATTATTCAAGAATCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101899 TATGGAGAGAAGGTGATAACAGATACTTACAATTATTCAAGAATCTGCTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 AAATTAGAGGAATTAGACATCTCTAAAAATTCCCTAAGTTTCTTGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101949 AAATTAGAGGAATTAGACATCTCTAAAAATTCCCTAAGTTTCTTGCCTTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 TGGAGTTTTTGATGGTATGCCTCCAAATCTAAAGAATCTCTCTTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101999 TGGAGTTTTTGATGGTATGCCTCCAAATCTAAAGAATCTCTCTTTGGCCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 AAAATGGGCTCAAATCTTTCAGTTGGAAGAAACTCCAGTGTCTAAAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102049 AAAATGGGCTCAAATCTTTCAGTTGGAAGAAACTCCAGTGTCTAAAGAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 CTGGAAACTTTGGACCTCAGCCACAACCAACTGACCACTGTCCCTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102099 CTGGAAACTTTGGACCTCAGCCACAACCAACTGACCACTGTCCCTGAGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 ATTATCCAACTGTTCCAGAAGCCTCAAGAATCTGATTCTTAAGAATAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102149 ATTATCCAACTGTTCCAGAAGCCTCAAGAATCTGATTCTTAAGAATAATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 AAATCAGGAGTCTGACGAAGTATTTTCTACAAGATGCCTTCCAGTTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102199 AAATCAGGAGTCTGACGAAGTATTTTCTACAAGATGCCTTCCAGTTGCGA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2251 TATCTGGATCTCAGCTCAAATAAAATCCAGATGATCCAAAAGACCAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102249 TATCTGGATCTCAGCTCAAATAAAATCCAGATGATCCAAAAGACCAGCTT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2301 CCCAGAAAATGTCCTCAACAATCTGAAGATGTTGCTTTTGCATCATAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102299 CCCAGAAAATGTCCTCAACAATCTGAAGATGTTGCTTTTGCATCATAATC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2351 GGTTTCTGTGCACCTGTGATGCTGTGTGGTTTGTCTGGTGGGTTAACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102349 GGTTTCTGTGCACCTGTGATGCTGTGTGGTTTGTCTGGTGGGTTAACCAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 ACAGAGGTGACTATTCCTTACCTGGCCACAGATGTGACTTGTGTGGGGCC
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102399 ACGGAGGTGACTATTCCTTACCTGGCCACAGATGTGACTTGTGTGGGGCC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 AGGAGCACACAAGGGCCAAAGTGTGATCTCCCTGGATCTGTACACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102449 AGGAGCACACAAGGGCCAAAGTGTGATCTCCCTGGATCTGTACACCTGTG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2501 AGTTAGATCTGACTAACCTGATTCTGTTCTCACTTTCCATATCTGTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102499 AGTTAGATCTGACTAACCTGATTCTGTTCTCACTTTCCATATCTGTATCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2551 CTCTTTCTCATGGTGATGATGACAGCAAGTCACCTCTATTTCTGGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102549 CTCTTTCTCATGGTGATGATGACAGCAAGTCACCTCTATTTCTGGGATGT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2601 GTGGTATATTTACCATTTCTGTAAGGCCAAGATAAAGGGGTATCAGCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102599 GTGGTATATTTACCATTTCTGTAAGGCCAAGATAAAGGGGTATCAGCGTC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2651 TAATATCACCAGACTGTTGCTATGATGCTTTTATTGTGTATGACACTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102649 TAATATCACCAGACTGTTGCTATGATGCTTTTATTGTGTATGACACTAAA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2701 GACCCAGCTGTGACCGAGTGGGTTTTGGCTGAGCTGGTGGCCAAACTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102699 GACCCAGCTGTGACCGAGTGGGTTTTGGCTGAGCTGGTGGCCAAACTGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2751 AGACCCAAGAGAGAAACATTTTAATTTATGTCTCGAGGAAAGGGACTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102749 AGACCCAAGAGAGAAACATTTTAATTTATGTCTCGAGGAAAGGGACTGGT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2801 TACCAGGGCAGCCAGTTCTGGAAAACCTTTCCCAGAGCATACAGCTTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102799 TACCAGGGCAGCCAGTTCTGGAAAACCTTTCCCAGAGCATACAGCTTAGC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2851 AAAAAGACAGTGTTTGTGATGACAGACAAGTATGCAAAGACTGAAAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102849 AAAAAGACAGTGTTTGTGATGACAGACAAGTATGCAAAGACTGAAAATTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2901 TAAGATAGCATTTTACTTGTCCCATCAGAGGCTCATGGATGAAAAAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102899 TAAGATAGCATTTTACTTGTCCCATCAGAGGCTCATGGATGAAAAAGTTG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2951 ATGTGATTATCTTGATATTTCTTGAGAAGCCCTTTCAGAAGTCCAAGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102949 ATGTGATTATCTTGATATTTCTTGAGAAGCCCTTTCAGAAGTCCAAGTTC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3001 CTCCAGCTCCGGAAAAGGCTCTGTGGGAGTTCTGTCCTTGAGTGGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102999 CTCCAGCTCCGGAAAAGGCTCTGTGGGAGTTCTGTCCTTGAGTGGCCAAC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3051 AAACCCGCAAGCTCACCCATACTTCTGGCAGTGTCTAAAGAACGCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103049 AAACCCGCAAGCTCACCCATACTTCTGGCAGTGTCTAAAGAACGCCCTGG

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   3101 CCACAGACAATCATGTGGCCTATAGTCAGGTGTTCAAGGAAACGGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103099 CCACAGACAATCATGTGGCCTATAGTCAGGTGTTCAAGGAAACGGTC