seq1 = pF1KE4587.tfa, 2679 bp
seq2 = pF1KE4587/gi568815582f_29730550.tfa (gi568815582f:29730550_29947986), 217437 bp

>pF1KE4587 2679
>gi568815582f:29730550_29947986 (Chr16)

1-125  (100001-100125)   100% ->
126-321  (100329-100524)   100% ->
322-445  (103184-103307)   100% ->
446-577  (103386-103517)   100% ->
578-672  (105155-105249)   100% ->
673-909  (106173-106409)   100% ->
910-1191  (109629-109910)   100% ->
1192-1436  (111047-111291)   100% ->
1437-1634  (111366-111563)   100% ->
1635-2021  (113944-114330)   100% ->
2022-2138  (115314-115430)   100% ->
2139-2265  (115609-115735)   100% ->
2266-2454  (116648-116836)   100% ->
2455-2679  (117213-117437)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCAACTGAAGAGTTCATCATCCGCATCCCCCCATACCACTATATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAACTGAAGAGTTCATCATCCGCATCCCCCCATACCACTATATCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGTGCTGGACCAGAACAGCAACGTGTCCCGTGTGGAGGTCGGGCCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGTGCTGGACCAGAACAGCAACGTGTCCCGTGTGGAGGTCGGGCCAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTACATCCGGCAGGACAATGAGAG         GGTACTGTTTGCCCCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100101 CCTACATCCGGCAGGACAATGAGAGGTG...CAGGGTACTGTTTGCCCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGCGCATGGTGACCGTCCCCCCACGTCACTACTGCACAGTGGCCAACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100345 ATGCGCATGGTGACCGTCCCCCCACGTCACTACTGCACAGTGGCCAACCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTGTCTCGGGATGCCCAGGGCTTGGTGCTGTTTGATGTCACAGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100395 TGTGTCTCGGGATGCCCAGGGCTTGGTGCTGTTTGATGTCACAGGGCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTCGGCTTCGCCACGCTGACCTCGAGATCCGGCTGGCCCAGGACCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100445 TTCGGCTTCGCCACGCTGACCTCGAGATCCGGCTGGCCCAGGACCCCTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CCCCTGTACCCAGGGGAGGTGCTGGAAAAG         GACATCACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100495 CCCCTGTACCCAGGGGAGGTGCTGGAAAAGGTA...TAGGACATCACACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGCAGGTGGTTCTGCCCAACACTGCCCTCCATCTAAAGGCGCTGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103195 CCTGCAGGTGGTTCTGCCCAACACTGCCCTCCATCTAAAGGCGCTGCTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTTTGAGGATAAAGATGGAGACAAGGTGGTGGCAGGAGATGAGTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103245 ATTTTGAGGATAAAGATGGAGACAAGGTGGTGGCAGGAGATGAGTGGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTCGAGGGACCTG         GCACGTACATCCCCCGGAAGGAAGTGGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 103295 TTCGAGGGACCTGGTA...CAGGCACGTACATCCCCCGGAAGGAAGTGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGTCGTGGAGATCATTCAGGCCACCATCATCAGGCAGAACCAGGCTCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103414 GGTCGTGGAGATCATTCAGGCCACCATCATCAGGCAGAACCAGGCTCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGCTCAGGGCCCGCAAGGAGTGCTGGGACCGGGACGGCAAGGAGAGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103464 GGCTCAGGGCCCGCAAGGAGTGCTGGGACCGGGACGGCAAGGAGAGGGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACAG         GGGAAGAATGGCTGGTCACCACAGTAGGGGCGTACCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103514 ACAGGTG...CAGGGGAAGAATGGCTGGTCACCACAGTAGGGGCGTACCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCAGCGGTGTTTGAGGAGGTTCTGGATTTGGTGGACGCCGTCATCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105192 CCCAGCGGTGTTTGAGGAGGTTCTGGATTTGGTGGACGCCGTCATCCTTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGGAAAAG         ACAGCCCTGCACCTCCGGGCTCGGCGGAACTTC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 105242 CGGAAAAGGTT...CAGACAGCCCTGCACCTCCGGGCTCGGCGGAACTTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CGGGACTTCAGGGGAGTGTCCCGCCGCACTGGGGAGGAGTGGCTGGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106206 CGGGACTTCAGGGGAGTGTCCCGCCGCACTGGGGAGGAGTGGCTGGTAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGTGCAGGACACAGAGGCCCACGTGCCAGATGTCCACGAGGAGGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106256 AGTGCAGGACACAGAGGCCCACGTGCCAGATGTCCACGAGGAGGTGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GGGTTGTGCCCATCACCACCCTGGGCCCCCACAACTACTGCGTGATTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106306 GGGTTGTGCCCATCACCACCCTGGGCCCCCACAACTACTGCGTGATTCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GACCCTGTCGGACCGGATGGCAAGAATCAGCTGGGGCAGAAGCGCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106356 GACCCTGTCGGACCGGATGGCAAGAATCAGCTGGGGCAGAAGCGCGTGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAAG         GGAGAGAAGTCTTTTTTCCTCCAGCCAGGAGAGCAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106406 CAAGGTG...TAGGGAGAGAAGTCTTTTTTCCTCCAGCCAGGAGAGCAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGAACAAGGCATCCAGGATGTGTATGTGCTGTCGGAGCAGCAGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109666 TGGAACAAGGCATCCAGGATGTGTATGTGCTGTCGGAGCAGCAGGGGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTGCTGAGGGCCCTGCAGCCCCTGGAGGAGGGGGAGGATGAGGAGAAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109716 CTGCTGAGGGCCCTGCAGCCCCTGGAGGAGGGGGAGGATGAGGAGAAGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTCACACCAGGCTGGGGACCACTGGCTCATCCGCGGACCCCTGGAGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109766 CTCACACCAGGCTGGGGACCACTGGCTCATCCGCGGACCCCTGGAGTATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TGCCATCTGCCAAAGTGGAGGTGGTGGAGGAGCGCCAGGCCATCCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109816 TGCCATCTGCCAAAGTGGAGGTGGTGGAGGAGCGCCAGGCCATCCCTCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 GACGAGAACGAGGGCATCTATGTGCAGGATGTCAAGACCGGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 109866 GACGAGAACGAGGGCATCTATGTGCAGGATGTCAAGACCGGAAAGGTA..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192     GTGCGCGCTGTGATTGGAAGCACCTACATGCTGACCCAGGACGAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109916 .AAGGTGCGCGCTGTGATTGGAAGCACCTACATGCTGACCCAGGACGAAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 TCCTGTGGGAGAAAGAGCTGCCTCCCGGGGTGGAGGAGCTGCTGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111093 TCCTGTGGGAGAAAGAGCTGCCTCCCGGGGTGGAGGAGCTGCTGAACAAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGGCAGGACCCTCTGGCAGACAGGGGTGAGAAGGACACAGCTAAGAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111143 GGGCAGGACCCTCTGGCAGACAGGGGTGAGAAGGACACAGCTAAGAGCCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CCAGCCCTTGGCGCCCCGGAACAAGACCCGTGTGGTCAGCTACCGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111193 CCAGCCCTTGGCGCCCCGGAACAAGACCCGTGTGGTCAGCTACCGCGTGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 CCCACAACGCTGCGGTGCAGGTGTACGACTACCGAGAGAAGCGAGCCCG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 111243 CCCACAACGCTGCGGTGCAGGTGTACGACTACCGAGAGAAGCGAGCCCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1437         CGTGGTCTTCGGGCCTGAGCTGGTGTCGCTGGGTCCTGAGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111293 TG...CAGCGTGGTCTTCGGGCCTGAGCTGGTGTCGCTGGGTCCTGAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GCAGTTCACAGTGTTGTCCCTCTCAGCTGGGCGGCCCAAGCGTCCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111408 GCAGTTCACAGTGTTGTCCCTCTCAGCTGGGCGGCCCAAGCGTCCCCATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CCCGCCGTGCGCTCTGCCTGCTGCTGGGGCCTGACTTCTTCACAGACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111458 CCCGCCGTGCGCTCTGCCTGCTGCTGGGGCCTGACTTCTTCACAGACGTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ATCACCATCGAAACGGCGGATCATGCCAGGCTGCAACTGCAGCTGGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111508 ATCACCATCGAAACGGCGGATCATGCCAGGCTGCAACTGCAGCTGGCCTA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CAACTG         GCACTTTGAGGTGAATGACCGGAAGGACCCCCAAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111558 CAACTGGTA...CAGGCACTTTGAGGTGAATGACCGGAAGGACCCCCAAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 AGACGGCCAAGCTCTTTTCAGTGCCAGACTTTGTAGGTGATGCCTGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113979 AGACGGCCAAGCTCTTTTCAGTGCCAGACTTTGTAGGTGATGCCTGCAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GCCATCGCATCCCGGGTGCGGGGGGCCGTGGCCTCTGTCACTTTCGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114029 GCCATCGCATCCCGGGTGCGGGGGGCCGTGGCCTCTGTCACTTTCGATGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CTTCCATAAGAACTCAGCCCGCATCATTCGCACTGCTGTCTTTGGCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114079 CTTCCATAAGAACTCAGCCCGCATCATTCGCACTGCTGTCTTTGGCTTTG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGACCTCGGAAGCGAAGGGCCCCGATGGCATGGCCCTGCCCAGGCCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114129 AGACCTCGGAAGCGAAGGGCCCCGATGGCATGGCCCTGCCCAGGCCCCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GACCAGGCTGTCTTCCCCCAAAACGGGCTGGTGGTCAGCAGTGTGGACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114179 GACCAGGCTGTCTTCCCCCAAAACGGGCTGGTGGTCAGCAGTGTGGACGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GCAGTCAGTGGAGCCTGTGGATCAGAGGACCCGGGACGCCCTGCAACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114229 GCAGTCAGTGGAGCCTGTGGATCAGAGGACCCGGGACGCCCTGCAACGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 GCGTCCAGCTGGCCATCGAGATCACCACCAACTCCCAGGAAGCGGCGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114279 GCGTCCAGCTGGCCATCGAGATCACCACCAACTCCCAGGAAGCGGCGGCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 AA         GCATGAGGCTCAGAGACTGGAGCAGGAAGCCCGCGGCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114329 AAGTA...CAGGCATGAGGCTCAGAGACTGGAGCAGGAAGCCCGCGGCCG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 GCTTGAGCGGCAGAAGATCCTGGACCAGTCAGAAGCCGAGAAAGCTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115353 GCTTGAGCGGCAGAAGATCCTGGACCAGTCAGAAGCCGAGAAAGCTCGCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 AGGAACTTTTGGAGCTGGAGGCTCTGAG         CATGGCCGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 115403 AGGAACTTTTGGAGCTGGAGGCTCTGAGGTG...CAGCATGGCCGTGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2152 AGCACCGGGACTGCCAAGGCGGAGGCCGAGTCCCGTGCGGAGGCAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115622 AGCACCGGGACTGCCAAGGCGGAGGCCGAGTCCCGTGCGGAGGCAGCCCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2202 GATTGAGGGAGAAGGGTCCGTGCTGCAGGCCAAGCTAAAAGCACAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115672 GATTGAGGGAGAAGGGTCCGTGCTGCAGGCCAAGCTAAAAGCACAGGCCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 TGGCCATTGAAACG         GAGGCTGAGCTCCAGAGGGTCCAGAAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 115722 TGGCCATTGAAACGGTG...CAGGAGGCTGAGCTCCAGAGGGTCCAGAAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2293 GTCCGAGAGCTGGAACTGGTCTATGCCCGGGCCCAGCTGGAGCTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116675 GTCCGAGAGCTGGAACTGGTCTATGCCCGGGCCCAGCTGGAGCTGGAGGT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 GAGCAAGGCTCAGCAGCTGGCTGAGGTGGAGGTGAAGAAGTTCAAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116725 GAGCAAGGCTCAGCAGCTGGCTGAGGTGGAGGTGAAGAAGTTCAAGCAGA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2393 TGACAGAGGCCATAGGCCCCAGCACCATCAGGGACCTTGCTGTGGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116775 TGACAGAGGCCATAGGCCCCAGCACCATCAGGGACCTTGCTGTGGCTGGG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 CCTGAGATGCAG         GTAAAACTGCTCCAGTCCCTGGGCCTGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 116825 CCTGAGATGCAGGTG...CAGGTAAAACTGCTCCAGTCCCTGGGCCTGAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 ATCAACCCTCATCACCGATGGCTCCACTCCCATCAACCTCTTCAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117242 ATCAACCCTCATCACCGATGGCTCCACTCCCATCAACCTCTTCAACACAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 CCTTTGGGCTGCTGGGGATGGGGCCCGAGGGTCAGCCCCTGGGCAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117292 CCTTTGGGCTGCTGGGGATGGGGCCCGAGGGTCAGCCCCTGGGCAGAAGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 GTGGCCAGTGGGCCCAGCCCTGGGGAGGGGATATCCCCCCAGTCTGCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117342 GTGGCCAGTGGGCCCAGCCCTGGGGAGGGGATATCCCCCCAGTCTGCTCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2634 GGCCCCTCAAGCTCCTGGAGACAACCACGTGGTGCCTGTACTGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117392 GGCCCCTCAAGCTCCTGGAGACAACCACGTGGTGCCTGTACTGCGC